TkA08G134510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G134510

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 34989757-34998776 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1070 bp · TkA08G134510|TK1151|cDNA

CAACTAACAGGTATTCCCTGTGTGCATGGCGTTGCAGCAATTTCATACCTGAACAGAAATCATGAAGAATATGTTGCACATTGGTATACAACAACTAAGTTTTCAAGTTGTTATATGTACACCATTAAGCCACTTAATGGAAGTGAATTGTGGCCTCAAGTTGATTATACCAAGCCATTACCTCCTAAAAAAAGAAGATTACCTGGAAGACCAAAAATGAAAAGAAGATTGGATGAGTCTGAGAGGCAGGATAGGGGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2730 bp · TkA08G134510|TK1151|CDS

ATGGCAGAAGGATCGTCGTCTATGGAGATGGATGTGGAGGATGTTCGTCAGTGCATGATAGTTGATCTTCATTACAATGGAATGTTCGCTCCAAAACCCTTTGCGTACTTAAACGATGAGGTAATGTCAATTCGAGGGGTCGATTTCGGTTCGCTCAGTGTTAGGGAATTTCGCAATGTTCTTGCAAATATCTGTAAACGAAGTTGTGAGGATGTCTACTATTGTGGTAAAAAGCAAACTTTGGCAGAAGGTATTAGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

909 aa · TkA08G134510|TK1151|PROTEIN

MAEGSSSMEMDVEDVRQCMIVDLHYNGMFAPKPFAYLNDEVMSIRGVDFGSLSVREFRNVLANICKRSCEDVYYCGKKQTLAEGIRRIDNEADYSDFHVTGYENPPEYRVDLYIDHHREPVLDWAESDAPADEDSDLEWAEDDDDDDTDSQKSYEAPLEHEVDEEVPTFYKTTGDVFLSKLCAKVPDYDNNDDEENYEPDQPIVYPVHDENQEWYKMKPELGMKFSNPVELKNCVTNYAVKNGYDLWYERNDHKKILVRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G134510`
TK1151 ID	TkA08G134510
OH-1004 ID	LXL04_014403
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.229 / OH-1004 75.071 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G134510

位置 Chr08:34989757-34998776 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54380`	可能是TREX-2复合物（转录与输出复合物2）的组成部分，该多蛋白复合物功能是将可输出的核糖核蛋白颗粒（mRNPs）停靠到核孔复合物（核篮）核入口处。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014403 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.958

排名 1 · TkA08G134510 · TK1151

细胞质0.096

排名 2 · TkA08G134510 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA08G134510 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA08G134510 · TK1151

线粒体0.011

排名 5 · TkA08G134510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26130PB1-like21-116 aa

PF03108DBD_Tnp_Mut220-289 aa

PF08731AFT226-273 aa

PF26130PB1-like227-250 aa

PF10551MULE423-518 aa

PF00872Transposase_mut439-529 aa

PF26130PB1-like517-538 aa

PF04434SWIM671-702 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G134510	`PF26130`	PB1-like	21	116	3.6e-05	24.7
TkA08G134510	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	220	289	9.3e-08	32.3
TkA08G134510	`PF08731`	AFT	226	273	0.031	15.3
TkA08G134510	`PF26130`	PB1-like	227	250	3.6e-05	24.7
TkA08G134510	`PF10551`	MULE	423	518	5.9e-17	62.6
TkA08G134510	`PF00872`	Transposase_mut	439	529	1.4e-07	31.5
TkA08G134510	`PF26130`	PB1-like	517	538	3.6e-05	24.7
TkA08G134510	`PF04434`	SWIM	671	702	1.9e-08	34.4
TkA08G134510	`PF12353`	eIF3g	763	800	0.059	14.3
TkA08G134510	`PF13696`	zf-CCHC_2	782	798	0.01	16.3
TkA08G134510	`PF16588`	zf-C2H2_10	782	799	0.025	15.0
TkA08G134510	`PF00872`	Transposase_mut	869	897	1.4e-07	31.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q67XV2`	拟南芥	sp\|Q67XV2\|SAC3C_ARATH SAC3 family protein C	51.100%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情