TkA08G131380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G131380

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 34102555-34105287 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

785 bp · TkA08G131380|TK1151|cDNA

CAACCACGTACCCGTGTGACGACTCGCATTTTGTTGAGGCATTTCGGAAACGACTTTTGTGCAATCTGCCATGGCAACTTCCATATCCCTCATCAAGCCAATTGCTCTCATTGGTATTGCGGCAATTGCATTTTACAAGTTTGGAATCATGGATCTGCATTACAGCCATGTAAATGCCCTCTTTGTCGTCGCCAGATTACTCTGTTAGTTCCCAGCCAAGCTTCCTCTCAGCAAGTTGATAATCTAGAAGCTTCTGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

591 bp · TkA08G131380|TK1151|CDS

CAACCACGTACCCGTGTGACGACTCGCATTTTGTTGAGGCATTTCGGAAACGACTTTTGTGCAATCTGCCATGGCAACTTCCATATCCCTCATCAAGCCAATTGCTCTCATTGGTATTGCGGCAATTGCATTTTACAAGTTTGGAATCATGGATCTGCATTACAGCCATGTAAATGCCCTCTTTGTCGTCGCCAGATTACTCTGTTAGTTCCCAGCCAAGCTTCCTCTCAGCAAGTTGATAATCTAGAAGCTTCTGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

196 aa · TkA08G131380|TK1151|PROTEIN

QPRTRVTTRILLRHFGNDFCAICHGNFHIPHQANCSHWYCGNCILQVWNHGSALQPCKCPLCRRQITLLVPSQASSQQVDNLEASEIIKKIETYNRLFGSESSGLTQKLQDLPFLIKRLFRELMDPQRSIPFVIKARVYLALISTVLYVLSPVDIIPEALFGILGLLDDVIIALIFFLHVGTLYRALLVRRYGGSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G131380`
TK1151 ID	TkA08G131380
OH-1004 ID	LXL04_031821
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.347 / OH-1004 97.312 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G131380`
位置	Chr08:34102555-34105287 (-)
描述	Similar to RNF170: E3 ubiquitin-protein ligase RNF170
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031821` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程 GO:0010467 gene expression 生物过程 GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程 GO:0014823 response to activity 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030163 protein catabolic process 生物过程 GO:0034138 toll-like receptor 3 signaling pathway 生物过程 GO:0034140 negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0045087 innate immune response 生物过程 GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dre:406612 hsa:81790 mmu:77733 xtr:549626 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.541

排名 1 · TkA08G131380 · TK1151

高尔基体0.279

排名 2 · TkA08G131380 · TK1151

细胞质0.162

排名 3 · TkA08G131380 · TK1151

细胞核0.122

排名 4 · TkA08G131380 · TK1151

细胞膜0.093

排名 5 · TkA08G131380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920zf-C3HC4_318-67 aa

PF24921RING_XB3-XBAT3120-67 aa

PF00097zf-C3HC420-62 aa

PF13445zf-RING_UBOX20-60 aa

PF13639zf-RING_220-63 aa

PF14634zf-RING_520-64 aa

PF13923zf-C3HC4_220-62 aa

PF15227zf-C3HC4_420-62 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G131380	`PF13920`	zf-C3HC4_3	18	67	0.00018	22.0
TkA08G131380	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	20	67	1.4e-05	25.8
TkA08G131380	`PF00097`	zf-C3HC4	20	62	0.00017	22.1
TkA08G131380	`PF13445`	zf-RING_UBOX	20	60	0.00041	21.0
TkA08G131380	`PF13639`	zf-RING_2	20	63	0.0036	18.2
TkA08G131380	`PF14634`	zf-RING_5	20	64	0.017	15.8
TkA08G131380	`PF13923`	zf-C3HC4_2	20	62	0.031	14.8
TkA08G131380	`PF15227`	zf-C3HC4_4	20	62	0.034	15.0
TkA08G131380	`PF21363`	TRAF3_RING	20	46	7.7	7.0
TkA08G131380	`PF17121`	zf-C3HC4_5	32	62	8.1	7.1
TkA08G131380	`PF06803`	DUF1232	139	174	2.1e-09	37.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情