TkA08G122000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G122000

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 31738771-31743018 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3086 bp · TkA08G122000|TK1151|cDNA

CAAGGAAACATCGAACGGACAGTTATGTCCCTATCCCCCACCCCCACAAAACACATAACTCGAACCTCCATCAACTACATATGCTCCCCATCATACAATTCATCGACATTTCCAGAAAAACTAAAATCCAATAAGAACCCGAATCGCAAAATAACGGTGCCTCTTTCAGCCCCTTCTTTGCCCATTTGCATTTTCTCAAAAAACAGGGGAGGTTGGGGGTCTAAATTCCTTACGATACATTTGAATCCTTTCATAAACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1791 bp · TkA08G122000|TK1151|CDS

ATGTATTTGAATCCAAGAGGGGAAGCTTATTTTCTCAGAAAAGAGATAATTTCAGACGAATCGCGTTCAGGTGAAGCAGATAAAGATCCCCGATGTCTTCGACAAGTAAAGTCAAAAAGTCTCGATTACAATTACGATCAGTGTACTTCACTTACTGATGTCAACAACACCCAGGCCTTTTCCAGAAATCTAGGGTTTGTTCTCGAAAGAAAAAACATGAAAAACGAGAACGGCGTCGGTAGGAAATCCGCCGACAGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

596 aa · TkA08G122000|TK1151|PROTEIN

MYLNPRGEAYFLRKEIISDESRSGEADKDPRCLRQVKSKSLDYNYDQCTSLTDVNNTQAFSRNLGFVLERKNMKNENGVGRKSADSAEIAADLLEMKWSTSLSTKNNKNAEEHNNKDDGEIIGGKLEASLVLHEEHFVNKSEQDNEKNPKLVEVDDVLVTKVDKDGIVEIYEGQGGNLENGILKEESNGSEVPLKLGAESCLTEVACIQQQNLSQDSQPCSVVAVSLSQVKDEVKSPFDSNSQMSISPNLGSDLSPGTFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G122000`
TK1151 ID	TkA08G122000
OH-1004 ID	LXL04_008162
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	46.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.993 / OH-1004 83.562 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G122000

位置 Chr08:31738771-31743018 (+)

描述 Similar to PAH2: Phosphatidate phosphatase PAH2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42870`	镁依赖性磷脂酸磷酸酶，催化磷脂酸去磷酸化产生二酰基甘油。	Arabidopsis lipins mediate eukaryotic pathway of lipid metabolism and cope critically with phosphate starvation.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0907173106 Phosphatidic acid phosphohydrolase 1 and 2 regulate phospholipid synthesis at the endoplasmic reticulum in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071423
`At3g09560`	镁依赖性磷脂酸磷酸酶，催化磷脂酸去磷酸化产生二酰基甘油。	Arabidopsis lipins mediate eukaryotic pathway of lipid metabolism and cope critically with phosphate starvation.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0907173106 Phosphatidic acid phosphohydrolase 1 and 2 regulate phospholipid synthesis at the endoplasmic reticulum in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071423 Lipins from plants are phosphatidate phosphatases that restore lipid synthesis in a pah1Δ mutant strain of Saccharomyces cerevisiae.2011 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2010.07995.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008162 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009062 fatty acid catabolic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0019375 galactolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G09560

ath:AT5G42870

hsa:9663

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.344

排名 1 · TkA08G122000 · TK1151

细胞核0.276

排名 2 · TkA08G122000 · TK1151

内质网0.152

排名 3 · TkA08G122000 · TK1151

高尔基体0.148

排名 4 · TkA08G122000 · TK1151

细胞膜0.141

排名 5 · TkA08G122000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08235LNS2400-590 aa

PF25109HAD_PNKP446-506 aa

PF24694LNS2_PITM1-3448-588 aa

PF09949APP1_cat448-561 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G122000	`PF08235`	LNS2	400	590	3.5e-82	275.9
TkA08G122000	`PF25109`	HAD_PNKP	446	506	0.0034	18.2
TkA08G122000	`PF24694`	LNS2_PITM1-3	448	588	0.0036	18.0
TkA08G122000	`PF09949`	APP1_cat	448	561	0.021	15.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FMN2`	拟南芥	sp\|Q9FMN2\|PAH2_ARATH Phosphatidate phosphatase PAH2	67.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SF47`	拟南芥	sp\|Q9SF47\|PAH1_ARATH Phosphatidate phosphatase PAH1	45.500%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情