TkA08G118680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G118680

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 30906218-30907534 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1317 bp · TkA08G118680|TK1151|cDNA

ATGTCGTCATTGCGGAATATACCTTCTTTACCTAAAAAAATCGTGAACAAAGCCGTGCGTAATTCCGATCCTAACCTCTCCGCTAATTTACCGGCAAGCGACGACGACTATAGCAACCGTTCCAGCAACTCCGCCGCCTATGAACCCAACTGTATGAGCTGTGAGGCTTCACCCATTATGATGTCTCCATGGAACCAGACATCTTCTGTCCAGCAATCTCCGTGGTTGAGTAGCGGCGTTGACAGCTCCGGCCATCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1317 bp · TkA08G118680|TK1151|CDS

ATGTCGTCATTGCGGAATATACCTTCTTTACCTAAAAAAATCGTGAACAAAGCCGTGCGTAATTCCGATCCTAACCTCTCCGCTAATTTACCGGCAAGCGACGACGACTATAGCAACCGTTCCAGCAACTCCGCCGCCTATGAACCCAACTGTATGAGCTGTGAGGCTTCACCCATTATGATGTCTCCATGGAACCAGACATCTTCTGTCCAGCAATCTCCGTGGTTGAGTAGCGGCGTTGACAGCTCCGGCCATCAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

438 aa · TkA08G118680|TK1151|PROTEIN

MSSLRNIPSLPKKIVNKAVRNSDPNLSANLPASDDDYSNRSSNSAAYEPNCMSCEASPIMMSPWNQTSSVQQSPWLSSGVDSSGHQKNDFVGSLVREEGHIYSLAATGNLLYTGSDSKNIRVWRNMKEFTAFKSHSGLVKAIILSGDKIFTGHQDGRVRVWKKNRKDPRNHKRVGTFPTFFDVLKTSVRPKNYVEVKRKCTTLWIKHCDAISCLSIDEDEGLLYSASWDRTFKVWQTSNSKCLESVKAHDDAVNSVIGTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G118680`
TK1151 ID	TkA08G118680
OH-1004 ID	LXL04_031625
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G118680

位置 Chr08:30906218-30907534 (+)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g49200`	含锌指 CCCH 域蛋白 62。	暂无已核实直接文献
`At5g40880`	含锌指CCCH结构域蛋白59。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031625 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0031037 myosin II filament disassembly 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:1903013 response to differentiation-inducing factor 1 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005826 actomyosin contractile ring 细胞组分

GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ath:AT3G49660

ddi:DDB_G0289115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.429

排名 1 · TkA08G118680 · TK1151

细胞核0.391

排名 2 · TkA08G118680 · TK1151

细胞膜0.174

排名 3 · TkA08G118680 · TK1151

溶酶体／液泡0.066

排名 4 · TkA08G118680 · TK1151

高尔基体0.060

排名 5 · TkA08G118680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29630ASA118-58 aa

PF10581Synapsin_N22-32 aa

PF24017Beta-prop_SCAP41-324 aa

PF23798Beta-prop_SPT854-167 aa

PF23342WDR90_beta-prop_4th61-124 aa

PF30552CFAP251_N64-165 aa

PF11715Beta-prop_Nup120_16072-247 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd83-162 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G118680	`PF29630`	ASA1	18	58	0.041	13.5
TkA08G118680	`PF10581`	Synapsin_N	22	32	0.35	11.3
TkA08G118680	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	41	324	1.6e-14	54.3
TkA08G118680	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	54	167	2.8e-05	23.9
TkA08G118680	`PF23342`	WDR90_beta-prop_4th	61	124	1.7e-05	24.8
TkA08G118680	`PF30552`	CFAP251_N	64	165	0.0021	18.0
TkA08G118680	`PF11715`	Beta-prop_Nup120_160	72	247	8.1e-05	22.2
TkA08G118680	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	83	162	3.5e-08	33.5
TkA08G118680	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	83	133	1.1e-07	31.9
TkA08G118680	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	84	181	1.4e-25	90.8
TkA08G118680	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	88	169	2.7e-24	86.7
TkA08G118680	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	97	172	6.7e-28	98.5
TkA08G118680	`PF00400`	WD40	98	123	2.9e-43	145.2
TkA08G118680	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	98	171	1.6e-12	48.1
TkA08G118680	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	99	128	3.5e-22	78.9
TkA08G118680	`PF24796`	WDR55	103	165	6.1e-21	75.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	sp\|O48716\|JGB_ARATH Protein JINGUBANG	57.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FE91`	拟南芥	sp\|Q9FE91\|C3H62_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 62	27.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FKR9`	拟南芥	sp\|Q9FKR9\|C3H59_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 59	29.400%	Swiss-Prot	低置信

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