TkA08G117330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G117330

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 30569608-30575162 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3661 bp · TkA08G117330|TK1151|cDNA

ATACAGGCTCGATTAGGCTCGCGAGCCTTATCGAGCTCACCAACATAGGCTCGGGCTCGGCTCGTTTAATAAACGAGCTTTTAAATGGTACTCGAGCTCGGCTCGGGCTCGATTAACTCGAACTCGAATCGAGCTTTTAACGAATCGATCCCGAGTAGCTCACGAGTAGCTCGGCTCGTTTACACCCCTAATCAAGATGAAATAAAATTCTGAAAAAGAAAAAAATCTACTCCACCCACACCCACACCCACACCCACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2523 bp · TkA08G117330|TK1151|CDS

ATGGAGCTTAAGATTCGTTGTAGGAGTAATGGTAATAGTAGTAGATGTGTTGTTTCTTCCAGACGAAAATGTTGGACTGAGCTATTACTTCTACAGATTCTATTAGTCCTGGTATTTTTGGACATCATTCAAGCAAAAAACACCGATGAACAGTTACAATGGAGAGGGCCAGAAAATGTTGCATCGCATTCTTGTATTCATGATGAAATAATCGAGCAAAGAAGAAAGCGACCTGGAAACAAGGTTTATTCTGTAACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

840 aa · TkA08G117330|TK1151|PROTEIN

MELKIRCRSNGNSSRCVVSSRRKCWTELLLLQILLVLVFLDIIQAKNTDEQLQWRGPENVASHSCIHDEIIEQRRKRPGNKVYSVTPQLYQAHDTSEPLHRKGRALLGIQKVSSFPKNAKQPIRIYLNYDAVGHSPARDCRKVGDIVKLGEPPSASNLGTPTCNPHNDPPIYGDCWYNCTSDDIAGEDKRHRLRRALGQTADWFRRALAVEPVRGNLRLSGYSACGQDGGVQLPREYVEEGVANADLVLLVTTRPTSGNT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G117330`
TK1151 ID	TkA08G117330
OH-1004 ID	LXL04_031609
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G117330`
位置	Chr08:30569608-30575162 (+)
描述	Similar to Lmln: Leishmanolysin-like peptidase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031609` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程 GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程 GO:0007100 mitotic centrosome separation 生物过程 GO:0007155 cell adhesion 生物过程 GO:0008354 germ cell migration 生物过程 GO:0019915 lipid storage 生物过程 GO:0022900 electron transport chain 生物过程 GO:0045842 positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程 GO:0051298 centrosome duplication 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG3953 dpo:4801047 mmu:239833 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.358

排名 1 · TkA08G117330 · TK1151

细胞膜0.201

排名 2 · TkA08G117330 · TK1151

细胞质0.154

排名 3 · TkA08G117330 · TK1151

溶酶体／液泡0.127

排名 4 · TkA08G117330 · TK1151

内质网0.122

排名 5 · TkA08G117330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01457Peptidase_M863-148 aa

PF01457Peptidase_M8177-601 aa

PF06262Zincin_1289-313 aa

PF23106EGF_Teneurin443-451 aa

PF25024EGF_TEN449-459 aa

PF23106EGF_Teneurin505-510 aa

PF18720EGF_Tenascin507-511 aa

PF25024EGF_TEN530-562 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G117330	`PF01457`	Peptidase_M8	63	148	5.1e-89	300.1
TkA08G117330	`PF01457`	Peptidase_M8	177	601	5.1e-89	300.1
TkA08G117330	`PF06262`	Zincin_1	289	313	0.33	11.6
TkA08G117330	`PF23106`	EGF_Teneurin	443	451	8.7e-09	36.0
TkA08G117330	`PF25024`	EGF_TEN	449	459	1e-13	52.2
TkA08G117330	`PF23106`	EGF_Teneurin	505	510	8.7e-09	36.0
TkA08G117330	`PF18720`	EGF_Tenascin	507	511	0.018	15.8
TkA08G117330	`PF25024`	EGF_TEN	530	562	1e-13	52.2
TkA08G117330	`PF25024`	EGF_TEN	610	714	1e-13	52.2
TkA08G117330	`PF23106`	EGF_Teneurin	611	639	8.7e-09	36.0
TkA08G117330	`PF07974`	EGF_2	611	637	0.00013	23.0
TkA08G117330	`PF18720`	EGF_Tenascin	611	638	0.018	15.8
TkA08G117330	`PF23106`	EGF_Teneurin	642	671	8.7e-09	36.0
TkA08G117330	`PF07974`	EGF_2	642	669	0.00013	23.0
TkA08G117330	`PF18720`	EGF_Tenascin	642	670	0.018	15.8
TkA08G117330	`PF23106`	EGF_Teneurin	674	702	8.7e-09	36.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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