基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA08G116560
当前版本: TK1151
染色体: Chr08
坐标: 30378478-30378792
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA315 bp · TkA08G116560|TK1151|cDNA
ATGTTCTGCTCGCCGGAGCATTTCCACGGCGGCAACATATCATCGACTGACGAGGATGAATGTGCAGTGTGTTTGAGAAGAATCGACGATGATGATGAGATTAGTGAGTTGAGGTGCAATCATGTCTGCCATAGAAATTGCTTGGATGTATGGCTCGAGTGTAGACATACGACATGTCCGGTATGTTATGATAACTTGCTGGCTCCGCCGAAGGTCGGCCACGGCAGCCATGGAATTGGAATTCAAGAATTGGTGTTCTT...
CDS
下载 CDS FASTA315 bp · TkA08G116560|TK1151|CDS
ATGTTCTGCTCGCCGGAGCATTTCCACGGCGGCAACATATCATCGACTGACGAGGATGAATGTGCAGTGTGTTTGAGAAGAATCGACGATGATGATGAGATTAGTGAGTTGAGGTGCAATCATGTCTGCCATAGAAATTGCTTGGATGTATGGCTCGAGTGTAGACATACGACATGTCCGGTATGTTATGATAACTTGCTGGCTCCGCCGAAGGTCGGCCACGGCAGCCATGGAATTGGAATTCAAGAATTGGTGTTCTT...
104 aa · TkA08G116560|TK1151|PROTEIN
MFCSPEHFHGGNISSTDEDECAVCLRRIDDDDEISELRCNHVCHRNCLDVWLECRHTTCPVCYDNLLAPPKVGHGSHGIGIQELVFFDFCRVDSNSDYGTWWIR
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA08G116560 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA08G116560 |
| OH-1004 ID | LXL04_031602 |
| 关系 / 置信度 | 序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核 |
| 蛋白一致性 (%) | 100.000 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 94.231 / OH-1004 24.439覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA08G116560 |
|---|---|
| 位置 | Chr08:30378478-30378792 (-) |
| 描述 | Similar to ATL6: E3 ubiquitin-protein ligase ATL6 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程 GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0009739 response to gibberellin 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 |
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G04240 ath:AT2G35420 ath:AT3G05200 dosa:Os03g0188200 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.495
细胞质0.481
细胞膜0.090
内质网0.061
溶酶体／液泡0.053
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF14447Prok-RING_415-33 aaPF15150PMAIP117-30 aaPF12678zf-rbx118-62 aaPF17120zf-RING_1618-61 aaPF13639zf-RING_219-62 aaPF29452FAR1_N19-61 aaPF17123zf-RING_1120-48 aaPF13923zf-C3HC4_220-62 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA08G116560 | PF14447 | Prok-RING_4 | 15 | 33 | 2.2 | 9.0 |
| TkA08G116560 | PF15150 | PMAIP1 | 17 | 30 | 0.26 | 11.9 |
| TkA08G116560 | PF12678 | zf-rbx1 | 18 | 62 | 0.00044 | 21.2 |
| TkA08G116560 | PF17120 | zf-RING_16 | 18 | 61 | 0.0032 | 17.7 |
| TkA08G116560 | PF13639 | zf-RING_2 | 19 | 62 | 1.2e-10 | 42.2 |
| TkA08G116560 | PF29452 | FAR1_N | 19 | 61 | 0.093 | 13.5 |
| TkA08G116560 | PF17123 | zf-RING_11 | 20 | 48 | 2.6e-05 | 24.5 |
| TkA08G116560 | PF13923 | zf-C3HC4_2 | 20 | 62 | 0.00028 | 21.3 |
| TkA08G116560 | PF14634 | zf-RING_5 | 20 | 62 | 0.00032 | 21.3 |
| TkA08G116560 | PF25998 | U-box_ZFPL1 | 20 | 65 | 0.36 | 12.0 |
| TkA08G116560 | PF11793 | FANCL_C | 20 | 56 | 2.8 | 9.0 |
| TkA08G116560 | PF00097 | zf-C3HC4 | 21 | 62 | 3.5e-06 | 27.5 |
| TkA08G116560 | PF13445 | zf-RING_UBOX | 21 | 51 | 0.0033 | 18.1 |
| TkA08G116560 | PF12861 | zf-ANAPC11 | 30 | 64 | 1.1 | 10.1 |
| TkA08G116560 | PF31263 | RING_Ste5 | 34 | 54 | 0.13 | 12.8 |
| TkA08G116560 | PF14447 | Prok-RING_4 | 39 | 64 | 2.2 | 9.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
没有找到该查询的结果。