TkA08G112120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G112120

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 29154178-29157152 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1480 bp · TkA08G112120|TK1151|cDNA

CTCGAAAATTCAAATTATTTGGTTGTTGGTGGACTGATTTGATTGATAATCACCAACGAAATTGGTCACGCAGAATTGTAATCAAGATGAACAAGAGACCGCCACCTGACCCTGTGGCAGTGTTAAGAGGCCATCGTGCTTCTGTCATGGATGTTTGTTTCCATCCTTCTCAAAACTTAGTATTCTCAGGATCTTCAGATGGTGAATTACGAATTTGGGACAATGTCCAACATCGGACTATCTCATCTGCATGGGTACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · TkA08G112120|TK1151|CDS

AATAGATTAAACCAAAACGAAAAAAGGTCTTCGCTAATCCAAGCAAAACACCCCCTGCCCATTCTGAAGTTCGCATCAAAAGCAAACAAAGCCACCACCGGGGACACCTACGCTACTCAGGCGACCTTCCCTGCTACGACGGCTAGCAAAATTGTAATCAAGATGAACAAGAGACCGCCACCTGACCCTGTGGCAGTGTTAAGAGGCCATCGTGCTTCTGTCATGGATGTTTGTTTCCATCCTTCTCAAAACTTAGTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

401 aa · TkA08G112120|TK1151|PROTEIN

NRLNQNEKRSSLIQAKHPLPILKFASKANKATTGDTYATQATFPATTASKIVIKMNKRPPPDPVAVLRGHRASVMDVCFHPSQNLVFSGSSDGELRIWDNVQHRTISSAWVHSAAHGIISISTSPSIGNNKVISQGKDGTVKCWDIEHGELSRTPSMSIDANTYHFCKLSLLKKPSDDHVESHPYMAMASSELSQVEVWDLNAAEKFARLPHNSSSPSTNQFTKGKGMCMAIQMFLPPQQQGFLHILTGYEDGTMAWWDL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G112120`
TK1151 ID	TkA08G112120
OH-1004 ID	LXL04_026442
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	23.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.546 / OH-1004 66.814 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G112120

位置 Chr08:29154178-29157152 (-)

描述 Similar to DCAF13: DDB1- and CUL4-associated factor 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29860`	参与 X 形、Y 形和孪生胞间连丝的形成，从而模拟 PD 尺寸排阻极限并调节细胞间的转运。	TANMEI/EMB2757 encodes a WD repeat protein required for embryo development in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.060467 Plasmodesmata formation and cell-to-cell transport are reduced in decreased size exclusion limit 1 during embryogenesis in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1202919109

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007056 spindle assembly involved in female meiosis 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0044725 epigenetic programming in the zygotic pronuclei 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0051898 negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

gga:420263

hsa:25879

mmu:223499

xtr:407967

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.582

排名 1 · TkA08G112120 · TK1151

细胞质0.438

排名 2 · TkA08G112120 · TK1151

溶酶体／液泡0.056

排名 3 · TkA08G112120 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA08G112120 · TK1151

高尔基体0.042

排名 5 · TkA08G112120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24780WD40_MABP1-WDR62_1st39-105 aa

PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd42-98 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st45-152 aa

PF08801Nucleoporin_N47-99 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st49-109 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz49-210 aa

PF23756Beta-prop_HPS552-100 aa

PF23609Beta-prop_EIPR153-98 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G112120	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	39	105	0.0001	22.4
TkA08G112120	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	42	98	3.6e-10	40.1
TkA08G112120	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	45	152	2.1e-32	113.1
TkA08G112120	`PF08801`	Nucleoporin_N	47	99	0.00024	20.7
TkA08G112120	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	49	109	1.7e-22	80.6
TkA08G112120	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	49	210	3.3e-20	73.3
TkA08G112120	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	52	100	8.3e-05	22.7
TkA08G112120	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	53	98	9.6e-10	39.1
TkA08G112120	`PF24814`	WD40_Prp19	60	153	1.7e-33	116.6
TkA08G112120	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	62	299	8.4e-33	114.6
TkA08G112120	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	62	338	3.7e-11	43.6
TkA08G112120	`PF23760`	Beta-prop_DCAF12	62	110	3.5e-06	26.9
TkA08G112120	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	62	140	1.1e-05	25.6
TkA08G112120	`PF00400`	WD40	63	99	5.6e-28	96.9
TkA08G112120	`PF23215`	WD_LRWD1	63	146	0.0059	16.3
TkA08G112120	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	64	125	2.3e-15	57.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3MV14`	拟南芥	sp\|Q3MV14\|DSE1_ARATH Protein DECREASED SIZE EXCLUSION LIMIT 1	55.600%	Swiss-Prot	高置信

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