TkA08G109510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G109510

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28470073-28472923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1483 bp · TkA08G109510|TK1151|cDNA

AGAAAATCGGAAAAGGGGAAAATAGGGTTTTTAAGGGCAGCTGACCTGCGACTCCGTTTTCTCTGAACTCTAGAACCCTCTTCCCTTCCTCTCTTGATACCAGTTTGAGCTCATACATCCGTAAACAACATCAAAGCAGCTACTTTCCTTGCTTCAACAATGGCGACCGTTATGCAGAAAATCAAAGATATCGAAGATGAGATGGCAAAGACTCAAAAGAATAAAGCAACTGCACATCACTTGGGTTTATTGAAGGCTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · TkA08G109510|TK1151|CDS

ATGGCGACCGTTATGCAGAAAATCAAAGATATCGAAGATGAGATGGCAAAGACTCAAAAGAATAAAGCAACTGCACATCACTTGGGTTTATTGAAGGCTAAACTTGCAAAACTAAGAAGGGATCTTCTAACACCTACCACAAAAGGAGGTGGTGGTGCAGGTGAAGGTTTTGATGTTACAAAAAGTGGAGATGCAAGAGTTGGTCTTGTTGGTTTCCCCTCTGTTGGAAAGTCAACCCTGTTAAATAAACTAACCGGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · TkA08G109510|TK1151|PROTEIN

MATVMQKIKDIEDEMAKTQKNKATAHHLGLLKAKLAKLRRDLLTPTTKGGGGAGEGFDVTKSGDARVGLVGFPSVGKSTLLNKLTGTFSEVASYEFTTLTCIPGVITYRGAKIQLLDLPGIIEGAKDGKGRGRQVISTARTCNCILIVLDAIKPITHKRLIEKELEGFGIRLNKEPPNLTFRKKEKGGINFTSTVANTHLDLETVKAICSEYKIHNADVTLRFDATADDLIDVIEGSRIYTPCIYVVNKIDQITLEELQI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G109510`
TK1151 ID	TkA08G109510
OH-1004 ID	LXL04_031487
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G109510

位置 Chr08:28470073-28472923 (+)

描述 Similar to DRG3: Developmentally-regulated G-protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39520`	结合GDP和GTP，并在体外具有低GTP酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031487 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0031116 positive regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:1901673 regulation of mitotic spindle assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G39520

bta:540161

ddi:DDB_G0289317

hsa:4733

mmu:13494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.810

排名 1 · TkA08G109510 · TK1151

细胞核0.250

排名 2 · TkA08G109510 · TK1151

内质网0.061

排名 3 · TkA08G109510 · TK1151

线粒体0.058

排名 4 · TkA08G109510 · TK1151

细胞膜0.056

排名 5 · TkA08G109510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03308MeaB62-89 aa

PF00005ABC_tran64-90 aa

PF01926MMR_HSR166-177 aa

PF02421FeoB_N66-152 aa

PF09439SRPRB66-120 aa

PF00350Dynamin_N67-87 aa

PF00009GTP_EFTU67-89 aa

PF04548AIG167-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G109510	`PF03308`	MeaB	62	89	0.0011	18.8
TkA08G109510	`PF00005`	ABC_tran	64	90	0.2	13.0
TkA08G109510	`PF01926`	MMR_HSR1	66	177	3e-24	86.0
TkA08G109510	`PF02421`	FeoB_N	66	152	8.8e-12	45.5
TkA08G109510	`PF09439`	SRPRB	66	120	0.053	13.6
TkA08G109510	`PF00350`	Dynamin_N	67	87	7.9e-06	26.7
TkA08G109510	`PF00009`	GTP_EFTU	67	89	0.014	15.7
TkA08G109510	`PF04548`	AIG1	67	150	0.023	14.7
TkA08G109510	`PF00004`	AAA	69	162	0.03	15.5
TkA08G109510	`PF03193`	RsgA_GTPase	69	87	0.21	12.1
TkA08G109510	`PF00009`	GTP_EFTU	108	153	0.014	15.7
TkA08G109510	`PF00350`	Dynamin_N	112	158	7.9e-06	26.7
TkA08G109510	`PF16897`	MMR_HSR1_Xtn	186	291	1.2e-41	141.7
TkA08G109510	`PF03308`	MeaB	202	252	0.0011	18.8
TkA08G109510	`PF00004`	AAA	206	256	0.03	15.5
TkA08G109510	`PF01926`	MMR_HSR1	222	249	3e-24	86.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SVA6`	拟南芥	sp\|Q9SVA6\|DRG3_ARATH Developmentally-regulated G protein 3	91.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情