TkA08G109500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G109500

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28466853-28468522 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1600 bp · TkA08G109500|TK1151|cDNA

GTTTTTAGAATCTTTACATTTGGACTGGATCACATTAAAAGGTTTTACGCAAAGTGTTGTCTTAAAATCATAAAATGTTCGAATACGCATCTGAAGCCACTTAAACACCAATGACGGGCCAAACCACCTCCGTCGCAACTACCACCTCCGGTAACCCCCAACCGGTCGCCACTTCCTCCCGTCCACAACAACCCCTTCCGCTGATACCAAACCTACCGGACGACGTCGCACTACAATGCATCGCTAGAGTCCCACGGTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · TkA08G109500|TK1151|CDS

ATGACGGGCCAAACCACCTCCGTCGCAACTACCACCTCCGGTAACCCCCAACCGGTCGCCACTTCCTCCCGTCCACAACAACCCCTTCCGCTGATACCAAACCTACCGGACGACGTCGCACTACAATGCATCGCTAGAGTCCCACGGTCCTACCACCGCTCCCTCTTACCAGTCTCCAAGCTATGGCGATCCACCATACGCTCCCCACACTTCTTCGCCACCCGATCCCTCATCAACTCGACACAACAGTCCCTCTACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · TkA08G109500|TK1151|PROTEIN

MTGQTTSVATTTSGNPQPVATSSRPQQPLPLIPNLPDDVALQCIARVPRSYHRSLLPVSKLWRSTIRSPHFFATRSLINSTQQSLYLNIRHNSSFKWYYHPNPNPTDKCVLSPLPPIPIQPVGPAYAVIGHKIYLIGGSINDIPSTSVWILDCRVNKWEAGPKMRVGREFAAAATVNDKIYVMGGCLVDNRTRSVNWAEVFDPAVGVWCPLPSSSVEAKDKWMHANAVIDGKIYAMADRGGVVYDVAEMLWGRVPKRLDM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G109500`
TK1151 ID	TkA08G109500
OH-1004 ID	LXL04_031486
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.085 / OH-1004 96.419 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G109500

位置 Chr08:28466853-28468522 (+)

描述 Similar to SKIP6: F-box/kelch-repeat protein SKIP6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21950`	F-box/kelch重复蛋白 SKIP6。	暂无已核实直接文献
`At4g39590`	F-box/kelch重复蛋白 At4g39590。	暂无已核实直接文献
`At4g39240`	F-box/kelch 重复蛋白 At4g39240。	暂无已核实直接文献
`At4g29370`	F-box/kelch重复蛋白 At4g29370。	暂无已核实直接文献
`At4g23580`	F-box/kelch重复蛋白 At4g23580。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G21950

ath:AT4G39550

ath:AT4G39580

ath:AT4G39590

ath:AT5G49000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.794

排名 1 · TkA08G109500 · TK1151

细胞质0.285

排名 2 · TkA08G109500 · TK1151

内质网0.035

排名 3 · TkA08G109500 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA08G109500 · TK1151

线粒体0.013

排名 5 · TkA08G109500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box32-72 aa

PF07893DUF166891-135 aa

PF25210Kelch_FKB95106-360 aa

PF13964Beta-prop_Calicin114-240 aa

PF13854Kelch_HCF117-142 aa

PF01344Kelch_1123-164 aa

PF07646Kelch_2123-164 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7123-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G109500	`PF00646`	F-box	32	72	1.6e-06	28.5
TkA08G109500	`PF07893`	DUF1668	91	135	0.0058	16.8
TkA08G109500	`PF25210`	Kelch_FKB95	106	360	3.5e-71	240.7
TkA08G109500	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	114	240	1.3e-08	34.9
TkA08G109500	`PF13854`	Kelch_HCF	117	142	0.02	14.9
TkA08G109500	`PF01344`	Kelch_1	123	164	1.6e-25	89.0
TkA08G109500	`PF07646`	Kelch_2	123	164	4.6e-13	49.1
TkA08G109500	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	123	239	2.2e-10	41.0
TkA08G109500	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	126	191	2.2e-06	28.2
TkA08G109500	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	126	160	0.00022	21.3
TkA08G109500	`PF24996`	NANM	127	235	0.00023	20.8
TkA08G109500	`PF13854`	Kelch_HCF	148	187	0.02	14.9
TkA08G109500	`PF07893`	DUF1668	149	254	0.0058	16.8
TkA08G109500	`PF01344`	Kelch_1	168	213	1.6e-25	89.0
TkA08G109500	`PF07646`	Kelch_2	172	213	4.6e-13	49.1
TkA08G109500	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	172	236	2.2e-06	28.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJ04`	拟南芥	sp\|Q9SJ04\|SKIP6_ARATH F-box/kelch-repeat protein SKIP6	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q1PE10`	拟南芥	sp\|Q1PE10\|FK102_ARATH F-box/kelch-repeat protein At4g39590	35.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9T031`	拟南芥	sp\|Q9T031\|FBK96_ARATH F-box/kelch-repeat protein At4g39240	31.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9M0E6`	拟南芥	sp\|Q9M0E6\|FBK90_ARATH F-box/kelch-repeat protein At4g29370	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SUR8`	拟南芥	sp\|Q9SUR8\|FBK88_ARATH F-box/kelch-repeat protein At4g23580	31.800%	Swiss-Prot	中等置信

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