TkA08G108520 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G108520

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28192236-28193843 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · TkA08G108520|TK1151|cDNA

ATGGCATATGATATCTTTGATCCAACCGCAAACATAACCATTACATGGGATATTGTTTCATGGACTCCAGATGGCTACGTGGCGGTGGTGAAAATCAACAACTATCAAATGTATCGTCCAATAACGAGTCCCGGATGGACATTCGGATGGACATGGGTCAAGAGTGAAGTAATCTGGTCAATGGTAGGGGCTCAAGCGACCGATCAAGGAAACTGCAAGGACTTCCCGAGTAACATTCCTCATTCATGCGAAAAGCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · TkA08G108520|TK1151|CDS

ATGGCATATGATATCTTTGATCCAACCGCAAACATAACCATTACATGGGATATTGTTTCATGGACTCCAGATGGCTACGTGGCGGTGGTGAAAATCAACAACTATCAAATGTATCGTCCAATAACGAGTCCCGGATGGACATTCGGATGGACATGGGTCAAGAGTGAAGTAATCTGGTCAATGGTAGGGGCTCAAGCGACCGATCAAGGAAACTGCAAGGACTTCCCGAGTAACATTCCTCATTCATGCGAAAAGCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · TkA08G108520|TK1151|PROTEIN

MAYDIFDPTANITITWDIVSWTPDGYVAVVKINNYQMYRPITSPGWTFGWTWVKSEVIWSMVGAQATDQGNCKDFPSNIPHSCEKHPRIIDMQPGVPYNQQFPNCCKGGIISSMGQDSGNSLSSFQISVGNSGNTYETVSLPKNFTLLGPSRGYTCSPISIVPSSVSLSSGGRRKNRALMSLQLVCGYSQFLASKIPTCCVSMSSFYNSDITPCPSCACGCTDDDNCVNDDSSVSRVLGKSTQREGVIGHVKQCTHHRCP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G108520`
TK1151 ID	TkA08G108520
OH-1004 ID	LXL04_031467
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.596 / OH-1004 43.648 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G108520

位置 Chr08:28192236-28193843 (-)

描述 Similar to COBL4: COBRA-like protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15630`	类 COBRA 蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At5g60920`	参与决定细胞扩张方向，可能通过在纤维素沉积中起重要作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XHZ9`	参与决定细胞扩张方向，可能通过在纤维素沉积中起重要作用。	暂无已核实直接文献
`Os03g0416200`	参与决定细胞扩张方向，可能通过在纤维素沉积中起重要作用。	暂无已核实直接文献
`Os07g0604400`	参与决定细胞扩张方向，可能通过在纤维素沉积中起重要作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010215 cellulose microfibril organization 生物过程

GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:2001006 regulation of cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15630

dosa:Os03g0416200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.660

排名 1 · TkA08G108520 · TK1151

内质网0.115

排名 2 · TkA08G108520 · TK1151

细胞外0.103

排名 3 · TkA08G108520 · TK1151

细胞质0.096

排名 4 · TkA08G108520 · TK1151

溶酶体／液泡0.072

排名 5 · TkA08G108520 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25079COB_C11-37 aa

PF10008DUF225119-35 aa

PF04833COBRA_N26-189 aa

PF25079COB_C198-380 aa

PF10008DUF2251317-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G108520	`PF25079`	COB_C	11	37	3.2e-41	142.4
TkA08G108520	`PF10008`	DUF2251	19	35	0.033	14.6
TkA08G108520	`PF04833`	COBRA_N	26	189	4.4e-55	186.8
TkA08G108520	`PF25079`	COB_C	198	380	3.2e-41	142.4
TkA08G108520	`PF10008`	DUF2251	317	364	0.033	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFW3`	拟南芥	sp\|Q9LFW3\|COBL4_ARATH COBRA-like protein 4	59.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q94KT8`	拟南芥	sp\|Q94KT8\|COBRA_ARATH Protein COBRA	54.200%	Swiss-Prot	高置信
`A2XHZ9`	水稻	sp\|A2XHZ9\|COBL5_ORYSI COBRA-like protein 5	54.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q10JL1`	水稻	sp\|Q10JL1\|COBL5_ORYSJ COBRA-like protein 5	54.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z4G7`	水稻	sp\|Q6Z4G7\|COBL6_ORYSJ COBRA-like protein 6	54.600%	Swiss-Prot	高置信

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