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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G105870
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27588991-27589440 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

450 bp · TkA08G105870|TK1151|cDNA

ATTCCCTTCCGTTTCGGTGCTTGCGCTAAAAGTCAACAACTTGACTTTGGCAAATTAGTTCACGGGTTGGTTATCAAATACGGCGAGGGAGATGACGTATTTGTATCCACTGCTATAATCGACTTCTACTCCAAATGTGGCCACGTAGATGAGGCCGTGAAGAAATTTTCACGAATGTCTGTTCATAACGTGGTTTCTTGGACTGCTATCATCACAGGTTTTGTTCAAAAATGTGAGTTTGAATCAGCCCTCAATTTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA08G105870|TK1151|CDS

ATTCCCTTCCGTTTCGGTGCTTGCGCTAAAAGTCAACAACTTGACTTTGGCAAATTAGTTCACGGGTTGGTTATCAAATACGGCGAGGGAGATGACGTATTTGTATCCACTGCTATAATCGACTTCTACTCCAAATGTGGCCACGTAGATGAGGCCGTGAAGAAATTTTCACGAATGTCTGTTCATAACGTGGTTTCTTGGACTGCTATCATCACAGGTTTTGTTCAAAAATGTGAGTTTGAATCAGCCCTCAATTTATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

149 aa · TkA08G105870|TK1151|PROTEIN

IPFRFGACAKSQQLDFGKLVHGLVIKYGEGDDVFVSTAIIDFYSKCGHVDEAVKKFSRMSVHNVVSWTAIITGFVQKCEFESALNLFKEMIVSKVEINNYTVTSVLSACVNLYCCYKSIVGFVKPVLFRSNCQQLFDKFILKNRIYRII

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G105870
TK1151 IDTkA08G105870
OH-1004 IDLXL04_031423
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 48.322 / OH-1004 4.868
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G105870
位置Chr08:27588991-27589440 (+)
描述Similar to At1g74580: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g74600 含五复肽重复的叶绿体蛋白 At1g74600。 暂无已核实直接文献
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g13880 含五重复三肽序列的蛋白 At3g13880。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74580
ath:AT1G74600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.620
排名 1 · TkA08G105870 · TK1151
质体0.193
排名 2 · TkA08G105870 · TK1151
细胞质0.065
排名 3 · TkA08G105870 · TK1151
细胞核0.039
排名 4 · TkA08G105870 · TK1151
过氧化物酶体0.022
排名 5 · TkA08G105870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22339YgxA-like_sub_bind13-99 aa
PF13041PPR_232-63 aa
PF13812PPR_335-59 aa
PF01535PPR37-63 aa
PF12854PPR_137-60 aa
PF17177PPR_long38-94 aa
PF10602RPN738-60 aa
PF23276TPR_2438-64 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G105870PF22339YgxA-like_sub_bind13990.01516.4
TkA08G105870PF13041PPR_232632.1e-1866.9
TkA08G105870PF13812PPR_335590.03614.9
TkA08G105870PF01535PPR37632.9e-1246.7
TkA08G105870PF12854PPR_137606.7e-0832.8
TkA08G105870PF17177PPR_long38940.1312.3
TkA08G105870PF10602RPN738600.1612.3
TkA08G105870PF23276TPR_2438640.1912.4
TkA08G105870PF08361TetR_C_242550.08313.6
TkA08G105870PF08361TetR_C_2611440.08313.6
TkA08G105870PF13041PPR_2631112.1e-1866.9
TkA08G105870PF12854PPR_163906.7e-0832.8
TkA08G105870PF13812PPR_3631110.03614.9
TkA08G105870PF01535PPR65932.9e-1246.7
TkA08G105870PF23276TPR_24671080.1912.4
TkA08G105870PF10602RPN774930.1612.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9CA56拟南芥sp|Q9CA56|PP121_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74600, chloroplastic55.300%Swiss-Prot中等置信
Q5G1T1拟南芥sp|Q5G1T1|PP272_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic45.100%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333042.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360040.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LRV9拟南芥sp|Q9LRV9|PP228_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1388033.300%Swiss-Prot中等置信

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