RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G105350
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27328378-27331003 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2167 bp · TkA08G105350|TK1151|cDNA

CAGTTAAAGATGGCTAAAGATTTAATTCTTGTTATCTGATGGGGTTGAGAAAGCCAAACAGCTTGTTTATTAGAGAGTTGACCGTTGACCAATAAAAAACAAGAAGAAAGATCAACGGCCCCAATTCATCGCTATATTTACGATGCAGACGAACTACTTGGACACACTTTTACATCAAAAGTCAGATTCCGGATTAACTTCCTCGTCCCTTTCCCCCCTTTCATTCAATCCTTCAAACCCACCTCCTCATCCTCATCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1488 bp · TkA08G105350|TK1151|CDS

ATGGATGTCAGAAAGAAGAAGCTAATTTCAGACCCCTGGACGAAGGCTTCTTCCTCTCATGAATTACTTGATGAAATCTGTCAAGATCGTCAAAACCTTTTCTCAAACTATGATGATTCATTACAACAGCAACACATAGAAAATCCTTCCGTTTTAGATTATGATTTAATGATCAGGAAGAAATTGGAAACAGTCCCTTCTTCTTTGACCCAAATTAAGCTGATTCAAGAAGATCTCGATGCTAAAATCAAACCTCAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

495 aa · TkA08G105350|TK1151|PROTEIN

MDVRKKKLISDPWTKASSSHELLDEICQDRQNLFSNYDDSLQQQHIENPSVLDYDLMIRKKLETVPSSLTQIKLIQEDLDAKIKPQLWDPKTMLSNLSIMEEKVHQLQELVQLIVSKSSINQSNEFLIQQQQLVTADLTSIIIQLISTAGSLLPNVKHPHFSPNPNPNPNTSDDNNSSDGNTHTTHKNKVSKIEDHSNETDHMDVHEEHDDDVDEGENLPPGSYEILQLEKDEILAPHTHFCVICGKGFKRDANLRMHMR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G105350
TK1151 IDTkA08G105350
OH-1004 IDLXL04_031412
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 88.687 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G105350
位置Chr08:27328378-27331003 (+)
描述Similar to STOP1: Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34370 可能的转录因子。
Zinc finger protein STOP1 is critical for proton tolerance in Arabidopsis and coregulates a key gene in aluminum tolerance.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0700117104
Aluminum-activated citrate and malate transporters from the MATE and ALMT families function independently to confer Arabidopsis aluminum tolerance.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03696.x
STOP1 regulates multiple genes that protect arabidopsis from proton and aluminum toxicities.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134700
STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116
At5g22890 可能的转录因子。
STOP2 activates transcription of several genes for Al- and low pH-tolerance that are regulated by STOP1 in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/sst116

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0871200 可能参与铝耐受的概率转录因子。 暂无已核实直接文献
Os12g0170400 转录激活因子，调控参与铝（Al）耐受性的基因表达。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031412 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程
GO:0010447 response to acidic pH 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0071453 cellular response to oxygen levels 生物过程
GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程
GO:0080022 primary root development 生物过程
GO:1900037 regulation of cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34370
ath:AT1G51220
ath:AT5G22890
dosa:Os01g0871200
dosa:Os12g0170400
osa:4324940
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976
排名 1 · TkA08G105350 · TK1151
细胞质0.090
排名 2 · TkA08G105350 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA08G105350 · TK1151
内质网0.016
排名 4 · TkA08G105350 · TK1151
质体0.010
排名 5 · TkA08G105350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13894zf-C2H2_434-47 aa
PF23115zf-C2H2_STOP2_3rd155-163 aa
PF00096zf-C2H2240-262 aa
PF12171zf-C2H2_jaz240-261 aa
PF13912zf-C2H2_6240-262 aa
PF12874zf-met241-262 aa
PF13894zf-C2H2_4241-262 aa
PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD242-260 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G105350PF13894zf-C2H2_434470.03815.4
TkA08G105350PF23115zf-C2H2_STOP2_3rd1551635.3e-1968.7
TkA08G105350PF00096zf-C2H22402620.0001123.2
TkA08G105350PF12171zf-C2H2_jaz2402610.0001922.2
TkA08G105350PF13912zf-C2H2_62402620.2212.3
TkA08G105350PF12874zf-met2412620.002518.8
TkA08G105350PF13894zf-C2H2_42412620.03815.4
TkA08G105350PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD2422600.0001422.2
TkA08G105350PF23118zf-C2H2_STOP2_C2452595.1e-2071.5
TkA08G105350PF23115zf-C2H2_STOP2_3rd2893235.3e-1968.7
TkA08G105350PF00096zf-C2H22892980.0001123.2
TkA08G105350PF13894zf-C2H2_42892970.03815.4
TkA08G105350PF12171zf-C2H2_jaz3223270.0001922.2
TkA08G105350PF00096zf-C2H23273480.0001123.2
TkA08G105350PF22995C2CH-3rd_BIRD-IDD3273510.0001422.2
TkA08G105350PF12171zf-C2H2_jaz3273480.0001922.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C8N5拟南芥sp|Q9C8N5|STOP1_ARATH Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 153.000%Swiss-Prot高置信
Q0WT24拟南芥sp|Q0WT24|STOP2_ARATH Protein SENSITIVE TO PROTON RHIZOTOXICITY 241.400%Swiss-Prot中等置信
Q943I6水稻sp|Q943I6|STOP1_ORYSJ Zinc finger protein STOP1 homolog49.800%Swiss-Prot中等置信
Q2QX40水稻sp|Q2QX40|ART1_ORYSJ Zinc finger protein STAR346.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看