RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G104250
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27055386-27058794 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2745 bp · TkA08G104250|TK1151|cDNA

AAGAGAGAGAGATTAATTTTTATATATAAAAATAATAATCTTTTGCATGACGCATTGAAGAGTCACATCTTGAATTCTTGAAGAAAGATTATCAAATTCTATTTGATTCACGGCGGCGGTGGCCGACCTGTTCGACCTTTCCCCACCTCCACCACCTCAGCCTTCACACCATTTTTCATGGCGTCCTTCTCCCTCTTTGCATGTTCTCTCCAATATACATAGGTCTTCGAGAAATCAACTCGATTTCCGAATTCCGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · TkA08G104250|TK1151|CDS

ATGATAGGCAGGGTGAAGAAGATGACTTACGACTGGCCCTTCCCTTTTACAGAAGGAAAGCTTTTCGTTCTCACTCTTAGTGCAGGTTTGGAAGGTTATCATGTCAATGTCGATGGCCGACACATAACTTCATTTCCTTATCGAACAGGGTTTGCATTAGAGGATGCGACTGGTTTAGCTTTAAAAGGAGACATTGATGTGAACGCCATATTCGCTGGTTCATTACCATCAACACACCCAAGTTTCGATCCACAAAAAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

352 aa · TkA08G104250|TK1151|PROTEIN

MIGRVKKMTYDWPFPFTEGKLFVLTLSAGLEGYHVNVDGRHITSFPYRTGFALEDATGLALKGDIDVNAIFAGSLPSTHPSFDPQKTLEMSDTWKTPPLPDTPIDLFIGVLSAGNHFAERMAARKSWMQYDLVKSSRVVARFFVALHARKEVNAELKKEADFFGDIVIVPYIDNYDLVVLKTVAICEYGVRAAFAKYIMKCDDDTFVRVDAVLKEANKVDNGNSLYLGNINYYHKPMRYGKWAVTYEEWPEEDYPPYANG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G104250
TK1151 IDTkA08G104250
OH-1004 IDLXL04_031382
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 52.303
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G104250
位置Chr08:27055386-27058794 (-)
描述Similar to GALT6: Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT6
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g62620 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g27120 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g74800 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
Two Hydroxyproline Galactosyltransferases, GALT5 and GALT2, Function in Arabinogalactan-Protein Glycosylation, Growth and Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0125624
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At4g21060 具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。
Functional identification of a hydroxyproline-o-galactosyltransferase specific for arabinogalactan protein biosynthesis in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.432609
Two Hydroxyproline Galactosyltransferases, GALT5 and GALT2, Function in Arabinogalactan-Protein Glycosylation, Growth and Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0125624
A small multigene hydroxyproline-O-galactosyltransferase family functions in arabinogalactan-protein glycosylation, growth and development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1186/s12870-015-0670-7
At1g26810 Beta-1,3-半乳糖基转移酶，可将半乳糖从 UDP-半乳糖转移至带有末端 β-N-乙酰葡糖胺 残基的底物。
A unique beta1,3-galactosyltransferase is indispensable for the biosynthesis of N-glycans containing Lewis a structures in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.052985

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031382 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程
GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程
GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程
GO:0010405 arabinogalactan protein metabolic process 生物过程
GO:0010493 Lewis a epitope biosynthetic process 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0080147 root hair cell development 生物过程
GO:0180062 protein O-linked glycosylation via galactose 生物过程
GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26810
ath:AT1G27120
ath:AT1G74800
ath:AT4G21060
ath:AT5G62620
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.644
排名 1 · TkA08G104250 · TK1151
细胞外0.097
排名 2 · TkA08G104250 · TK1151
内质网0.096
排名 3 · TkA08G104250 · TK1151
细胞膜0.091
排名 4 · TkA08G104250 · TK1151
细胞质0.086
排名 5 · TkA08G104250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00337Gal-bind_lectin11-70 aa
PF01762Galactosyl_T119-299 aa
PF00535Glycos_transf_2188-246 aa
PF02434Fringe195-310 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G104250PF00337Gal-bind_lectin11703.8e-1349.8
TkA08G104250PF01762Galactosyl_T1192992.6e-30106.4
TkA08G104250PF00535Glycos_transf_21882460.06114.0
TkA08G104250PF02434Fringe1953100.0001521.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LV16拟南芥sp|Q9LV16|B3GTJ_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT674.200%Swiss-Prot高置信
Q8GXG6拟南芥sp|Q8GXG6|B3GTH_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT474.500%Swiss-Prot高置信
Q8RX55拟南芥sp|Q8RX55|B3GTI_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT570.800%Swiss-Prot高置信
A7XDQ9拟南芥sp|A7XDQ9|B3GTK_ARATH Hydroxyproline O-galactosyltransferase GALT264.800%Swiss-Prot高置信
Q8L7F9拟南芥sp|Q8L7F9|B3GTF_ARATH Beta-1,3-galactosyltransferase GALT145.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看