TkA08G104000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G104000

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26974925-26981425 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4980 bp · TkA08G104000|TK1151|cDNA

GCGAATCCGTCTCTTCATACACAAGACGCCGAACGGCGAGCTGCAACACCACCAACCACCACCGTCGCTAGAAACCTCGAGATTCAAACTCAAACTCGTGCCGTTTTTTTTCTAGCTCTTTTGAAGTAAGTCCATCTTTCTCTCTCCATATCTATATCCTATCCCTATATCTCTATGCATATGAAACTAGGGGTGGAATTTTTATTGAATTGAACTGCAATATACGTATATACACGTATATACATGGGGCATAAGAAGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3063 bp · TkA08G104000|TK1151|CDS

ATGGGGCATAAGAAGCGGAACGTCGCCACTCGCTCCAAAGCGGCGATACCTGCTGTTAATACTCCTCCAGCCCCGCCATCGTTTCCAATCGGTAACGACAGCAGCGATGGTGTTGAGGTTAGTTCACTCTCTACGGAACAGAATTTAGGTGTGCATTCGTTGAATGTTCAAATAGTACAACGAAAAACCGATGTTCCTTTAGCGATTGAATCGGATAGTTACTCTACTGTGAAAGTTGAGTGTGAGAAAGCCTTAACTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1020 aa · TkA08G104000|TK1151|PROTEIN

MGHKKRNVATRSKAAIPAVNTPPAPPSFPIGNDSSDGVEVSSLSTEQNLGVHSLNVQIVQRKTDVPLAIESDSYSTVKVECEKALTALRRGNHKKALRLMKEMCGKHENSNQLALIHRVQGTICVKVASIIDDPNAKQRHLKNAIDSAKKAVMLSPSSIEFAHFYANLLYESANEGKDYEEVVQECERALAVENPVDPGKESLQDESQQKISSADARIGHVQNELRSLVQKSNIASISSWMKNLGNGEEKFRLIPLRRVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G104000`
TK1151 ID	TkA08G104000
OH-1004 ID	LXL04_031375
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.333 / OH-1004 70.287 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G104000`
位置	Chr08:26974925-26981425 (+)
描述	Similar to Usp54: Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031375` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001508 action potential 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0010996 response to auditory stimulus 生物过程 GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程 GO:0005911 cell-cell junction 细胞组分 GO:0005923 bicellular tight junction 细胞组分 GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能 GO:0061578 K63-linked deubiquitinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:159195 hsa:54532 mmu:78787 mmu:99526 rno:408223 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.745

排名 1 · TkA08G104000 · TK1151

细胞质0.250

排名 2 · TkA08G104000 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA08G104000 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA08G104000 · TK1151

高尔基体0.023

排名 5 · TkA08G104000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04781DUF62784-194 aa

PF13428TPR_1484-113 aa

PF12895ANAPC384-110 aa

PF13428TPR_14138-168 aa

PF12895ANAPC3138-173 aa

PF13428TPR_14177-192 aa

PF17276DUF5341328-413 aa

PF04780DUF629350-613 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G104000	`PF04781`	DUF627	84	194	1.4e-31	109.4
TkA08G104000	`PF13428`	TPR_14	84	113	0.19	13.2
TkA08G104000	`PF12895`	ANAPC3	84	110	3.8	8.6
TkA08G104000	`PF13428`	TPR_14	138	168	0.19	13.2
TkA08G104000	`PF12895`	ANAPC3	138	173	3.8	8.6
TkA08G104000	`PF13428`	TPR_14	177	192	0.19	13.2
TkA08G104000	`PF17276`	DUF5341	328	413	0.93	10.4
TkA08G104000	`PF04780`	DUF629	350	613	7e-117	391.6
TkA08G104000	`PF04780`	DUF629	617	779	7e-117	391.6
TkA08G104000	`PF12895`	ANAPC3	670	683	3.8	8.6
TkA08G104000	`PF04781`	DUF627	672	696	1.4e-31	109.4
TkA08G104000	`PF12895`	ANAPC3	855	871	3.8	8.6
TkA08G104000	`PF04780`	DUF629	916	970	7e-117	391.6
TkA08G104000	`PF17276`	DUF5341	933	962	0.93	10.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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