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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G101120
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26206475-26208064 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1590 bp · TkA08G101120|TK1151|cDNA

ATGGCCGCAAGCACCAGTATACTGTCTCTAAAAATCTTGGAGAACATGTTCACGCCCGTATTGCAGAACTGTAAAAACATTAGGAAATTGAAGAAAATACATGCCCAAGTTGTGAAATTTTCATTATCCGAGAGCAGCTATTTGATCACGAAAATGGTGAATGTGTGTGAACAACATGAAGAACTAGAATACGCAAGATTGTTATTTAAAGAGGTATCTGAACCAAATATTTACTTATACAATGCTATGATTAAGGCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1590 bp · TkA08G101120|TK1151|CDS

ATGGCCGCAAGCACCAGTATACTGTCTCTAAAAATCTTGGAGAACATGTTCACGCCCGTATTGCAGAACTGTAAAAACATTAGGAAATTGAAGAAAATACATGCCCAAGTTGTGAAATTTTCATTATCCGAGAGCAGCTATTTGATCACGAAAATGGTGAATGTGTGTGAACAACATGAAGAACTAGAATACGCAAGATTGTTATTTAAAGAGGTATCTGAACCAAATATTTACTTATACAATGCTATGATTAAGGCTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

529 aa · TkA08G101120|TK1151|PROTEIN

MAASTSILSLKILENMFTPVLQNCKNIRKLKKIHAQVVKFSLSESSYLITKMVNVCEQHEELEYARLLFKEVSEPNIYLYNAMIKAHTHSHLYVFTIDLYKQMLKDPIFPDNFTYPFVLRSCGALSSLNLAKQVHGHVLKSGVQSNIVIENSILDMYMKCDAITNGHKVFNEMTDRDVISWNSLIYGHIKLGQMKRARELFEVMPEKSISSWTAMISGYTRNGSNEDALHIFRMMQLTGVKPDWISLLSVLPACTQLGAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G101120
TK1151 IDTkA08G101120
OH-1004 IDLXL04_031310
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G101120
位置Chr08:26206475-26208064 (-)
描述Similar to PCMP-E78: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20540
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At5g59200 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031310 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20540
ath:AT5G44230
ath:AT5G48910
ath:AT5G56310
ath:AT5G59200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.614
排名 1 · TkA08G101120 · TK1151
质体0.208
排名 2 · TkA08G101120 · TK1151
细胞核0.046
排名 3 · TkA08G101120 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA08G101120 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA08G101120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13812PPR_315-33 aa
PF17177PPR_long27-76 aa
PF13812PPR_332-86 aa
PF17049AEP135-60 aa
PF00637Clathrin46-75 aa
PF01535PPR52-72 aa
PF22330Rib_mS39_PPR60-86 aa
PF29070MSC6_N69-94 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G101120PF13812PPR_315333.6e-2382.1
TkA08G101120PF17177PPR_long27762.5e-0731.0
TkA08G101120PF13812PPR_332863.6e-2382.1
TkA08G101120PF17049AEP135600.002617.6
TkA08G101120PF00637Clathrin46750.0005620.4
TkA08G101120PF01535PPR52721.1e-45151.4
TkA08G101120PF22330Rib_mS39_PPR60860.000122.8
TkA08G101120PF29070MSC6_N69944.8e-1246.4
TkA08G101120PF23276TPR_24711032.3e-1041.2
TkA08G101120PF12854PPR_174863.3e-2794.6
TkA08G101120PF13041PPR_2751221.9e-51172.6
TkA08G101120PF01535PPR791061.1e-45151.4
TkA08G101120PF13812PPR_31021573.6e-2382.1
TkA08G101120PF12854PPR_11081153.3e-2794.6
TkA08G101120PF23276TPR_241181782.3e-1041.2
TkA08G101120PF29070MSC6_N1282284.8e-1246.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054059.400%Swiss-Prot高置信
Q9FIF7拟南芥sp|Q9FIF7|PP435_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59200, chloroplastic45.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631037.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic40.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891038.200%Swiss-Prot中等置信

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