TkA08G100810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G100810

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26150266-26152696 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1856 bp · TkA08G100810|TK1151|cDNA

GCATTTTAGGCATGTGGGGGTCCATAATATTTCCCAAACTTACACAGCCATCCATCCATCAATGACACGTGGTTTCATACGTGTCACCAGTATCTTTCGTTTCGTCACGTTTCCCCCTCCCCGATAAACCTCTCGTGAACTTGGAACAGCTTTTTAGACGACGAAAAGGGGAAAAAAGCACCTTCATTTCTGCCGTACCCACATCAATAATCCAGTACCTTCTTTTTTATTCCATTGCTTCACATAACCTCCAAATTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · TkA08G100810|TK1151|CDS

ATGCAAACCGATGAATTGAACATGTATTTCAATAACATGATGGTGCTTGGGGGTGGGAGTCGGGTTATTACAGAGTGGAAGGACATTCCTATGGAACTTTTGATGAGAATCATCTCTTTGTTGGATGATCGGACGGTCATCGTTGCTTCCGGTGTCTGTAGTGGATGGAGGGATGCAATCTGTTGGGGACTTACTCAATTTTCCCTCACTTGGTGCAACAACATGAACAACATGGTACTTTCTCTTGCTCCAAAATTCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · TkA08G100810|TK1151|PROTEIN

MQTDELNMYFNNMMVLGGGSRVITEWKDIPMELLMRIISLLDDRTVIVASGVCSGWRDAICWGLTQFSLTWCNNMNNMVLSLAPKFTKLRVLTLRQSKPQLDDHAVETIAANCHELEDLDLSKSFKLTDWSLYALARGCPNLTKLNISGCSAFSDAALVYLSGFCTKLKILNLCGCVKAASDHALKAIGYKCHQLQSINLGWCEGVSDVGVMSLAYGCPDLRAIDLCGCVLIADESVIALANNCLHLRSLGLYYCQNITD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G100810`
TK1151 ID	TkA08G100810
OH-1004 ID	LXL04_031306
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G100810

位置 Chr08:26150266-26152696 (+)

描述 Similar to SKP2B: F-box protein SKP2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g21410`	SCF(SKP2A)型E3泛素连接酶复合物的组分，介导包括细胞周期抑制因子在内的靶蛋白泛素化及随后的蛋白酶体降解。	The balance between cell division and endoreplication depends on E2FC-DPB, transcription factors regulated by the ubiquitin-SCFSKP2A pathway in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039651 SKP2A protein, an F-box that regulates cell division, is degraded via the ubiquitin pathway.2008 · DOI: 10.4161/psb.3.10.5888 The Arabidopsis cell cycle F-box protein SKP2A binds to auxin.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078972
`At1g77000`	SCF(SKP2B)型E3泛素连接酶复合物的组分，介导细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子KRP1的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	Degradation of the cyclin-dependent kinase inhibitor KRP1 is regulated by two different ubiquitin E3 ligases.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03370.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031306 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:1901332 negative regulation of lateral root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21410

ath:AT1G77000

hsa:84961

mmu:72194

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.440

排名 1 · TkA08G100810 · TK1151

细胞质0.291

排名 2 · TkA08G100810 · TK1151

线粒体0.125

排名 3 · TkA08G100810 · TK1151

细胞膜0.066

排名 4 · TkA08G100810 · TK1151

质体0.046

排名 5 · TkA08G100810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like26-60 aa

PF00646F-box26-61 aa

PF29594LRR_SKP261-135 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF162-95 aa

PF13516LRR_664-73 aa

PF24758LRR_At5g5637064-124 aa

PF25013LRR_Zer-164-150 aa

PF23286LRR_1364-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G100810	`PF12937`	F-box-like	26	60	3.3e-06	27.5
TkA08G100810	`PF00646`	F-box	26	61	1.5e-05	25.4
TkA08G100810	`PF29594`	LRR_SKP2	61	135	2.2e-24	86.9
TkA08G100810	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	62	95	1.5	8.9
TkA08G100810	`PF13516`	LRR_6	64	73	1.9e-10	40.7
TkA08G100810	`PF24758`	LRR_At5g56370	64	124	3.3e-07	30.9
TkA08G100810	`PF25013`	LRR_Zer-1	64	150	0.0034	18.3
TkA08G100810	`PF23286`	LRR_13	64	95	0.22	11.9
TkA08G100810	`PF24048`	LRR_NXF1-5	69	130	0.089	13.1
TkA08G100810	`PF12799`	LRR_4	75	101	1.1e-07	32.6
TkA08G100810	`PF23598`	LRR_14	77	189	0.018	14.6
TkA08G100810	`PF29594`	LRR_SKP2	85	277	2.2e-24	86.9
TkA08G100810	`PF25372`	LRR_FBXL15	99	136	9.3e-17	61.3
TkA08G100810	`PF23286`	LRR_13	105	180	0.22	11.9
TkA08G100810	`PF13855`	LRR_8	111	150	0.016	15.6
TkA08G100810	`PF13516`	LRR_6	113	122	1.9e-10	40.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LPL4`	拟南芥	sp\|Q9LPL4\|SKP2A_ARATH F-box protein SKP2A	75.400%	Swiss-Prot	高置信
`O49286`	拟南芥	sp\|O49286\|SKP2B_ARATH F-box protein SKP2B	75.300%	Swiss-Prot	高置信

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