TkA08G099610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G099610

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 25847485-25848697 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1056 bp · TkA08G099610|TK1151|cDNA

CGCGTGTCTTTTACAGTAAAATCGCACAACTTGATATAACCTCAGGAAATAGAAATGCGACGTCACCAGTCACCACCACCAGCCTCCGTGATCCGATTTCAGCGAGGAAAAAAAGGGCGAGAAGCGGTCAACGTCATCGGAGGTGATGAAGTGTGTCTCTTGCAAAGACGAGTACGGCACTGCTGATGCCGGCACCTGTAGGGAGTGTTACGAGGAGGCCAGCGAGACTGAGGAAGAACTGAAGCGTGAGATTGAAGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

786 bp · TkA08G099610|TK1151|CDS

ATGAAGTGTGTCTCTTGCAAAGACGAGTACGGCACTGCTGATGCCGGCACCTGTAGGGAGTGTTACGAGGAGGCCAGCGAGACTGAGGAAGAACTGAAGCGTGAGATTGAAGAACTGAAATCAAAGGTGAACTTCCTCCGCTTCTGGACCCCATTGGACTCTCGTCCCCATCACTACCACCGATCTATCACTCCATGCTTCACAGACGTACTTCTGGTCGCCTTCGACGAAGATTCCGGCAAACCTGTGACCGATTCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

261 aa · TkA08G099610|TK1151|PROTEIN

MKCVSCKDEYGTADAGTCRECYEEASETEEELKREIEELKSKVNFLRFWTPLDSRPHHYHRSITPCFTDVLLVAFDEDSGKPVTDSVPVAANKAVLASRSPVFRAMLETEMEESLSGTIKLSDVSYDALRAFVHYLYTAEACLDDEMACDLLVLADKYEVKHLKTYCEKYMISKLNWESSLISYSFAHQHNANNLLDASLSLILDNMEKVSKLGEYQELVEKDPRLLVEIYEAYLSKQVNTAAVATPAAVVHESKVTRRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G099610`
TK1151 ID	TkA08G099610
OH-1004 ID	LXL04_031284
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G099610

位置 Chr08:25847485-25848697 (+)

描述 Similar to At4g08455: BTB/POZ domain-containing protein At4g08455

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g08455`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031284 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0031463 Cul3-RING ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0140678 molecular function inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

mmu:399675

xla:379868

xla:779391

xtr:394599

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.646

排名 1 · TkA08G099610 · TK1151

细胞核0.333

排名 2 · TkA08G099610 · TK1151

细胞膜0.085

排名 3 · TkA08G099610 · TK1151

线粒体0.077

排名 4 · TkA08G099610 · TK1151

内质网0.066

排名 5 · TkA08G099610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23475zf-Tbcl_FmdE3-25 aa

PF12325TMF_TATA_bd17-41 aa

PF00651BTB86-174 aa

PF12325TMF_TATA_bd109-147 aa

PF30957HAC6_N110-140 aa

PF07707BACK149-174 aa

PF24570BACK_BPM_SPOP150-176 aa

PF30957HAC6_N176-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G099610	`PF23475`	zf-Tbcl_FmdE	3	25	0.17	12.1
TkA08G099610	`PF12325`	TMF_TATA_bd	17	41	0.07	14.0
TkA08G099610	`PF00651`	BTB	86	174	2.5e-21	76.7
TkA08G099610	`PF12325`	TMF_TATA_bd	109	147	0.07	14.0
TkA08G099610	`PF30957`	HAC6_N	110	140	6.6e-05	23.4
TkA08G099610	`PF07707`	BACK	149	174	0.0003	21.5
TkA08G099610	`PF24570`	BACK_BPM_SPOP	150	176	1.4e-07	32.3
TkA08G099610	`PF30957`	HAC6_N	176	196	6.6e-05	23.4
TkA08G099610	`PF07707`	BACK	184	222	0.0003	21.5
TkA08G099610	`PF24570`	BACK_BPM_SPOP	186	230	1.4e-07	32.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6DBN1`	拟南芥	sp\|Q6DBN1\|Y4845_ARATH BTB/POZ domain-containing protein At4g08455	64.200%	Swiss-Prot	高置信

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