TkA08G097500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G097500

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 25224446-25225033 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

519 bp · TkA08G097500|TK1151|cDNA

ATGACGGACACCAAGAGATACGAAGGCACCGTTAAGTGGTTCAGTGGGCAAAAGGGTTTCGGGTTTATTGCTGCAGAAGAAGACAGTGGTGAAGATCTTTTTGTACACCAGTCTGAGATCAAGGCGGAAGGGTTTCGGTTTCTTAGAGATGGACAAAGGGTAGAATTTTCAGTGGAGTCCAGTGAAGATGGGAGGAAGAAGGCGGTGGACGTGGTGACTAGACCGTATTCACCAGGGCTGAGGCGTGGGAGACGTGGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

519 bp · TkA08G097500|TK1151|CDS

ATGACGGACACCAAGAGATACGAAGGCACCGTTAAGTGGTTCAGTGGGCAAAAGGGTTTCGGGTTTATTGCTGCAGAAGAAGACAGTGGTGAAGATCTTTTTGTACACCAGTCTGAGATCAAGGCGGAAGGGTTTCGGTTTCTTAGAGATGGACAAAGGGTAGAATTTTCAGTGGAGTCCAGTGAAGATGGGAGGAAGAAGGCGGTGGACGTGGTGACTAGACCGTATTCACCAGGGCTGAGGCGTGGGAGACGTGGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

172 aa · TkA08G097500|TK1151|PROTEIN

MTDTKRYEGTVKWFSGQKGFGFIAAEEDSGEDLFVHQSEIKAEGFRFLRDGQRVEFSVESSEDGRKKAVDVVTRPYSPGLRRGRRGRRGGYGGNGGGFRGGGNSVRGGRFGRGGDSDGDGDNDQGGDNEGYDNGRGGGRGTRGGDGRGGRSRQCYHCGEEGHFARECPNDQD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G097500`
TK1151 ID	TkA08G097500
OH-1004 ID	LXL04_019668
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 40.698 / OH-1004 32.093 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G097500

位置 Chr08:25224446-25225033 (+)

描述 Similar to CSP4: Cold shock domain-containing protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g21060`	分子伴护蛋白，可与RNA以及单链DNA和双链DNA（ssDNA和dsDNA）结合并解旋（通过相似性推测）。	Arabidopsis cold shock domain proteins: relationships to floral and silique development.2009 · DOI: 10.1093/jxb/ern351 Overexpression of AtCSP4 affects late stages of embryo development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq400
`At4g38680`	分子伴侣，可与 RNA、单链和双链 DNA 结合，并解开核酸双链体。	Cold shock domain proteins and glycine-rich RNA-binding proteins from Arabidopsis thaliana can promote the cold adaptation process in Escherichia coli.2007 · DOI: 10.1093/nar/gkl1076 Arabidopsis COLD SHOCK DOMAIN PROTEIN2 is a RNA chaperone that is regulated by cold and developmental signals.2007 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2007.10.059 Cold shock domain proteins affect seed germination and growth of Arabidopsis thaliana under abiotic stress conditions.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp037 Arabidopsis cold shock domain proteins: relationships to floral and silique development.2009 · DOI: 10.1093/jxb/ern351

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019668 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009269 response to desiccation 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0043457 regulation of cellular respiration 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17870

ath:AT2G21060

ath:AT4G36020

ath:AT4G38680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.678

排名 1 · TkA08G097500 · TK1151

细胞核0.577

排名 2 · TkA08G097500 · TK1151

细胞外0.049

排名 3 · TkA08G097500 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA08G097500 · TK1151

线粒体0.031

排名 5 · TkA08G097500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00313CSD8-72 aa

PF08206OB_RNB17-41 aa

PF13917zf-CCHC_3150-169 aa

PF00098zf-CCHC152-169 aa

PF13696zf-CCHC_2154-169 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G097500	`PF00313`	CSD	8	72	5.7e-22	78.1
TkA08G097500	`PF08206`	OB_RNB	17	41	0.003	17.9
TkA08G097500	`PF13917`	zf-CCHC_3	150	169	0.19	12.3
TkA08G097500	`PF00098`	zf-CCHC	152	169	3.7e-08	33.8
TkA08G097500	`PF13696`	zf-CCHC_2	154	169	0.26	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38896`	拟南芥	sp\|Q38896\|CSP4_ARATH Cold shock domain-containing protein 4	56.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q41188`	拟南芥	sp\|Q41188\|CSP2_ARATH Cold shock protein 2	56.700%	Swiss-Prot	低置信

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