TkA08G096420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G096420

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 24933443-24942948 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4604 bp · TkA08G096420|TK1151|cDNA

TCTTTTTAAAAGAATCGTAATATTGACACCAGGAGCCGAGCCGCACCCAGCCATTCATTGCAACCCTAATAAACACACACATAAGTACATAACGCACCCTCGCAAATAATTCCTTCTTTCATTTCATCGTCACTCCCATCCCTCTCCTCTTCTTTATTCATATTTTGCTTCCACCATTCTCAACTGATCTGTGTATAAATTACAGTTTTTCTAATACACATCTATCATATACACACTTATCAAGAATTCGCATCGACAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2412 bp · TkA08G096420|TK1151|CDS

ATGTTGAAAAAGAAACAAGAAGGAAAACTCTTGACAGCAAAACAGAAGGAAGAAGCCAGAAGATTGGAAGCAATGAGGAACCAAATACTTGCAAATGCTGGTGGTTTGCCTGTATCCGCACCTACAAAACGACCCAAGTACCGGTCAAAGAAGTCAAAGCCACATGCAAATGGCAAAACCCTTTCCACCAATCCTACTGAAGTCACAGAAGAAAAAACCGATGATGTGGAAGTTGAAAAGACTGATGACATGGACATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

803 aa · TkA08G096420|TK1151|PROTEIN

MLKKKQEGKLLTAKQKEEARRLEAMRNQILANAGGLPVSAPTKRPKYRSKKSKPHANGKTLSTNPTEVTEEKTDDVEVEKTDDMDMEKTEESQSIEENGNKEEEEEEDDDDDEWDAKSWDDADLKLPGISAFADEEESPAPQPHHKPEPKKETKNGNDSQTTQVHETKQKESQPATTVITNNKTKGKKEEKKKEEDEGEKTLRSPICCIMGHVDTGKTKLLDCIRRTNVQEGEAGGITQQIGATYIPAENIRERTKELKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G096420`
TK1151 ID	TkA08G096420
OH-1004 ID	LXL04_031239
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.879 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G096420`
位置	Chr08:24933443-24942948 (+)
描述	Similar to SPAC56F8.03: Eukaryotic translation initiation factor 5B (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031239` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002183 cytoplasmic translational initiation 生物过程 GO:0006413 translational initiation 生物过程 GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程 GO:0042255 ribosome assembly 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0033290 eukaryotic 48S preinitiation complex 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能 GO:0003924 GTPase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cthr:CTHT_0029840 hsa:9669 mmu:226982 rno:308306 spo:2543241 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.636

排名 1 · TkA08G096420 · TK1151

细胞核0.292

排名 2 · TkA08G096420 · TK1151

细胞膜0.115

排名 3 · TkA08G096420 · TK1151

线粒体0.061

排名 4 · TkA08G096420 · TK1151

内质网0.060

排名 5 · TkA08G096420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009GTP_EFTU80-91 aa

PF08477Roc170-179 aa

PF00009GTP_EFTU205-414 aa

PF13401AAA_22206-316 aa

PF01926MMR_HSR1208-328 aa

PF08477Roc208-330 aa

PF14578GTP_EFTU_D4341-370 aa

PF03144GTP_EFTU_D2441-516 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G096420	`PF00009`	GTP_EFTU	80	91	2.4e-34	119.3
TkA08G096420	`PF08477`	Roc	170	179	0.069	14.1
TkA08G096420	`PF00009`	GTP_EFTU	205	414	2.4e-34	119.3
TkA08G096420	`PF13401`	AAA_22	206	316	0.25	12.4
TkA08G096420	`PF01926`	MMR_HSR1	208	328	3.1e-06	28.0
TkA08G096420	`PF08477`	Roc	208	330	0.069	14.1
TkA08G096420	`PF14578`	GTP_EFTU_D4	341	370	1.8e-17	63.7
TkA08G096420	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	441	516	7.4e-12	46.2
TkA08G096420	`PF01926`	MMR_HSR1	497	534	3.1e-06	28.0
TkA08G096420	`PF11987`	IF-2	530	643	8.3e-23	81.3
TkA08G096420	`PF01926`	MMR_HSR1	632	649	3.1e-06	28.0
TkA08G096420	`PF14578`	GTP_EFTU_D4	664	755	1.8e-17	63.7
TkA08G096420	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	684	740	7.4e-12	46.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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