TkA08G095210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G095210

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 24598367-24599674 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

893 bp · TkA08G095210|TK1151|cDNA

CCTATTAAACTCCCATTATAATACTCTAAGAGCGTATAAAGCCCAGACTGTTGAGCCCATTGGGCCTGATACAAAGGGACAAGTCCGTTCTGTTTCAGCAACTGTGATACAGTTTAACCTTCTTTCTTTCTGCAAGTTCATCTTCCCACACGTCTTCTTCGTATTTTCTCACATACGATATGTCTCGAAGCCGCCATATTTCTCTCTGCAAGTTCCTCAGTAGATACCCTTCTCGAACGCCTTCAAAACCCACATCCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

468 bp · TkA08G095210|TK1151|CDS

ATGTCTCGAAGCCGCCATATTTCTCTCTGCAAGTTCCTCAGTAGATACCCTTCTCGAACGCCTTCAAAACCCACATCCCTAATTCCTTTTAAAACAATCACAACAAAATCATGCCACCCCTTTTCAAACACAACTACTTTCCGACCTTCAAGTTCTTGTTTTGAGAAAACTTCGTACAGCCAGTTCAAGATCTCTCGCCCATACACTGCTGAAACCGACAAAGTTGTTGATGAAATAAACATGAAGTTTGCGGAGGCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

155 aa · TkA08G095210|TK1151|PROTEIN

MSRSRHISLCKFLSRYPSRTPSKPTSLIPFKTITTKSCHPFSNTTTFRPSSSCFEKTSYSQFKISRPYTAETDKVVDEINMKFAEAREEIESAMESKETVYFNEEAECARAVVKEVLDLYEGLLSRLAEKERGVIQRSMGLKIEQLKAELQQLND

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G095210`
TK1151 ID	TkA08G095210
OH-1004 ID	LXL04_031213
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 24.960 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G095210

位置 Chr08:24598367-24599674 (+)

描述 Similar to PAB2: Polyadenylate-binding protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71730`	通过招募 HAG1/GCN5 并触发目标基因启动子后续的组蛋白 H3 乙酰化来激活基因表达。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程

GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程

GO:0060211 regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:1900151 regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49760

ath:AT4G34110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.736

排名 1 · TkA08G095210 · TK1151

质体0.191

排名 2 · TkA08G095210 · TK1151

细胞核0.050

排名 3 · TkA08G095210 · TK1151

细胞质0.033

排名 4 · TkA08G095210 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA08G095210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17109Goodbye45-59 aa

PF15819Fibin63-149 aa

PF17109Goodbye68-123 aa

PF04163Tht171-154 aa

PF27980EML_helical73-154 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G095210	`PF17109`	Goodbye	45	59	0.22	12.7
TkA08G095210	`PF15819`	Fibin	63	149	0.0027	18.2
TkA08G095210	`PF17109`	Goodbye	68	123	0.22	12.7
TkA08G095210	`PF04163`	Tht1	71	154	0.085	12.3
TkA08G095210	`PF27980`	EML_helical	73	154	3.9e-27	95.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9H3`	拟南芥	sp\|Q9M9H3\|EML_ARATH Embryogenesis-like protein	71.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情