TkA08G089640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G089640

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 23214852-23216154 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1008 bp · TkA08G089640|TK1151|cDNA

TCATCCTCATAATATCGGAAAAGCAATTTAAAATTTCCGAAGATCTTAAACCATGTCGATCACAGCGTGTTTGGCTTCTCAGTTGAATTTGCATGAAACCCCAATTCATAAATCTCATGTTAGTCTGTCATTCAATCCTATTTCTGGTTTTCCGATCAACAAACACACCGTAACGCTAGCTCCTCTCAAAACCACCACTAGATGGGACTCCATGGTCATATACGCCAACGCAGAACCCGCTGGAAAACCACCTCCGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · TkA08G089640|TK1151|CDS

ATGTCGATCACAGCGTGTTTGGCTTCTCAGTTGAATTTGCATGAAACCCCAATTCATAAATCTCATGTTAGTCTGTCATTCAATCCTATTTCTGGTTTTCCGATCAACAAACACACCGTAACGCTAGCTCCTCTCAAAACCACCACTAGATGGGACTCCATGGTCATATACGCCAACGCAGAACCCGCTGGAAAACCACCTCCGTCATCTGGAGCTTGGAAAAATTGGGTTATTGGGGGTTTGATGACATTTATCGCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · TkA08G089640|TK1151|PROTEIN

MSITACLASQLNLHETPIHKSHVSLSFNPISGFPINKHTVTLAPLKTTTRWDSMVIYANAEPAGKPPPSSGAWKNWVIGGLMTFIAPSITTKGGPIKLLLQKVDHIVETAENITDMVESVADKVDKVVEELEDDLPENSQIKKTLDYIEQVAEKLEKDAHTAGDFIDKVQEMQDKIEDIMEPVLEEAKEVANEKEREKAQKQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G089640`
TK1151 ID	TkA08G089640
OH-1004 ID	LXL04_031143
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G089640`
位置	Chr08:23214852-23216154 (+)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031143` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.980

排名 1 · TkA08G089640 · TK1151

线粒体0.027

排名 2 · TkA08G089640 · TK1151

细胞核0.016

排名 3 · TkA08G089640 · TK1151

细胞质0.015

排名 4 · TkA08G089640 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA08G089640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05852DUF84881-138 aa

PF08066PMC2NT86-131 aa

PF13729TraF_287-135 aa

PF11932DUF345093-189 aa

PF05659RPW893-173 aa

PF26039Dcst295-133 aa

PF04108ATG17_like96-190 aa

PF20663COG4_N96-153 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G089640	`PF05852`	DUF848	81	138	1.1	10.1
TkA08G089640	`PF08066`	PMC2NT	86	131	0.018	16.3
TkA08G089640	`PF13729`	TraF_2	87	135	0.92	9.4
TkA08G089640	`PF11932`	DUF3450	93	189	0.0011	19.1
TkA08G089640	`PF05659`	RPW8	93	173	0.032	14.6
TkA08G089640	`PF26039`	Dcst2	95	133	0.052	13.4
TkA08G089640	`PF04108`	ATG17_like	96	190	0.0052	17.0
TkA08G089640	`PF20663`	COG4_N	96	153	0.0056	17.4
TkA08G089640	`PF04136`	COG3_N	96	150	0.3	11.7
TkA08G089640	`PF25034`	Spectrin_SYNE1	97	199	0.11	12.9
TkA08G089640	`PF21938`	CAP_N	98	175	0.54	11.0
TkA08G089640	`PF01544`	CorA	98	192	0.74	9.7
TkA08G089640	`PF10168`	Nup88	99	189	0.13	10.8
TkA08G089640	`PF29057`	SYN8_N	99	134	0.27	12.4
TkA08G089640	`PF06156`	YabA	99	159	4.2	8.7
TkA08G089640	`PF29562`	DUF8567	100	194	0.51	10.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情