TkA08G088430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G088430

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22893704-22897401 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1576 bp · TkA08G088430|TK1151|cDNA

AATTGGCTGGTTTGAGCGTTGCTACAGCAATTGCCGAGGTGAGTTGTGTTGTTACATTTGGCTCAATTTGTTAAATCATGAACGTCTTGTTATTCAGTTCTTCCATGAAAAATATCTCATTTCGAGGCTTCAAACCCAAATCTGCGCTGATAATATTTATGTTTGATAACTTTCTGACAGGTATACAATGTAAAGGATTACAATCGTGTATTGGCCATATGTGGCCCAGGCAACAATGGTGGTGATGGTCTTGTAGTTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · TkA08G088430|TK1151|CDS

ATGAACAAAGAAAGAGGCCACGCCACAGTTGTTTTTGCAAGAAGCTGGAAGAAGTTTCCACCGTTAAAACATGTTGCCATTGTTTGGCAAACCAAGGCCAAGATATTGACGTACTCTTCTTCTTTCATCACTCATTTACTCGCACTCCCTCCAGCGTCCACTTCTACTTCTACTGGAGCCGTATCTTCTTCCCTACTTCATCGATCCCCTCAGGGTTCTTTTGGTTCGATTTTGAGGTACAAGTTGCGGAGTTATTGCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

566 aa · TkA08G088430|TK1151|PROTEIN

MNKERGHATVVFARSWKKFPPLKHVAIVWQTKAKILTYSSSFITHLLALPPASTSTSTGAVSSSLLHRSPQGSFGSILRYKLRSYCSAPVNRGEFMASNIKVVQNPDSISYLNQREAAEVDEILMGPLGFSVDQLMELAGLSVATAIAEVYNVKDYNRVLAICGPGNNGGDGLVVARHLYHFGYKPFVCYPKRTAKPLYTGLVTQLESLGIPFLSVDDLPMNLSEDFNILVDAMFGFSFHGTPRPPFDDLIKRLVNLQSC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G088430`
TK1151 ID	TkA08G088430
OH-1004 ID	LXL04_031126
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.778 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G088430

位置 Chr08:22893704-22897401 (-)

描述 Similar to PPOX1: Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49970`	催化吡哆醇 5'-磷酸或吡哆胺 5'-磷酸氧化为吡哆醛 5'-磷酸。	Identification of a pyridoxine (pyridoxamine) 5'-phosphate oxidase from Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.12.028 Vitamer levels, stress response, enzyme activity, and gene regulation of Arabidopsis lines mutant in the pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (PDX3) and the pyridoxal kinase (SOS4) genes involved in the vitamin B6 salvage pathway.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.105189

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031126 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006739 NADP+ metabolic process 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0008615 pyridoxine biosynthetic process 生物过程

GO:0010874 regulation of cholesterol efflux 生物过程

GO:0019674 NAD+ metabolic process 生物过程

GO:0031580 membrane raft distribution 生物过程

GO:0046496 nicotinamide nucleotide metabolic process 生物过程

GO:0110051 metabolite repair 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

amr:AM1_4597

ath:AT5G49970

mmu:246703

rno:295229

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.719

排名 1 · TkA08G088430 · TK1151

线粒体0.198

排名 2 · TkA08G088430 · TK1151

细胞质0.184

排名 3 · TkA08G088430 · TK1151

细胞核0.083

排名 4 · TkA08G088430 · TK1151

过氧化物酶体0.072

排名 5 · TkA08G088430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03853YjeF_N133-305 aa

PF12766Pyridox_oxase_2380-461 aa

PF01243PNPOx_N382-506 aa

PF16242Pyrid_ox_like390-469 aa

PF10590PNP_phzG_C522-566 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G088430	`PF03853`	YjeF_N	133	305	3.5e-36	125.4
TkA08G088430	`PF12766`	Pyridox_oxase_2	380	461	1e-05	26.7
TkA08G088430	`PF01243`	PNPOx_N	382	506	2e-28	99.9
TkA08G088430	`PF16242`	Pyrid_ox_like	390	469	0.021	15.0
TkA08G088430	`PF10590`	PNP_phzG_C	522	566	4e-19	69.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LTX3`	拟南芥	sp\|Q9LTX3\|PPOX1_ARATH Pyridoxine/pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 1, chloroplastic	71.200%	Swiss-Prot	高置信

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