TkA08G087800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G087800

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22752849-22756551 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1236 bp · TkA08G087800|TK1151|cDNA

TGTGTAGATTTGTTTTAGAATTATCCAGGACAACATCTTCAAATCACCCTGAAAACTGCCAAATTTTAAGTATTGTTTAAAGGAGCATATAAGAAGCGGACCTTTCCCGATTAATCTCGCAAAAACACGATGAAATTCTGCAAGAAATACCAGGAATACATGCAAACGCGCAAGATGAGAAGAAATTACCTGCTGTGGGTTTTAAAAATCTCAAAAAGATATTGAAGCGCTGCCGCACTGATACGATTCGTTCACAAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

429 bp · TkA08G087800|TK1151|CDS

ATGTCCGCAGTGGTTGGATGCTTTAACAAGCGTGCACAGAAGTTACTTGATATACATCTAGCTACAGGGTTTCGCAAGTACTACGTTTGGTGCAAAGATAAACTACAGGGTAAAAACGGTACGTTTTTAGTTGAAGAAGGCAAAGACCTCGTTAGTTATGCAATTATAAACGCCATTGCCATGCGCAAAATTCTCAAAAAATATGACAAGATACATTACTCAAAACATGGGCAAGCATTTAGGTCACAAGTGCAAAGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

142 aa · TkA08G087800|TK1151|PROTEIN

MSAVVGCFNKRAQKLLDIHLATGFRKYYVWCKDKLQGKNGTFLVEEGKDLVSYAIINAIAMRKILKKYDKIHYSKHGQAFRSQVQSMHMDILQSPWLCELIAFHINLRETKVDTRKTSELFEGCSLVFNEGKPSLLVSSLIP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G087800`
TK1151 ID	TkA08G087800
OH-1004 ID	LXL04_018885
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.070 / OH-1004 40.059 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G087800

位置 Chr08:22752849-22756551 (-)

描述 Similar to BAH1: E3 ubiquitin-protein ligase BAH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02860`	E3 泛素蛋白连接酶，介导 E2 依赖性蛋白泛素化。	BAH1/NLA, a RING-type ubiquitin E3 ligase, regulates the accumulation of salicylic acid and immune responses to Pseudomonas syringae DC3000.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.124529

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8B5U8`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`Os07g0673200`	可能的E3泛素蛋白连接酶BAH1样2。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XK56`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0650900`	可能的 E3 泛素-蛋白连接酶 BAH1 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018885 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009697 salicylic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0010337 regulation of salicylic acid metabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0080021 response to benzoic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02860

dosa:Os03g0650900

dosa:Os07g0673200

osa:4333590

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.417

排名 1 · TkA08G087800 · TK1151

细胞质0.355

排名 2 · TkA08G087800 · TK1151

细胞膜0.201

排名 3 · TkA08G087800 · TK1151

内质网0.116

排名 4 · TkA08G087800 · TK1151

高尔基体0.073

排名 5 · TkA08G087800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03105SPX50-71 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G087800	`PF03105`	SPX	50	71	6.1e-06	27.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SRX9`	拟南芥	sp\|Q9SRX9\|NLA_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase NLA	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`B8B5U8`	水稻	sp\|B8B5U8\|BAHL2_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	62.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XI73`	水稻	sp\|Q7XI73\|BAHL2_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 2	61.500%	Swiss-Prot	高置信
`A2XK56`	水稻	sp\|A2XK56\|BAHL1_ORYSI Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	40.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XZZ3`	水稻	sp\|Q7XZZ3\|BAHL1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase BAH1-like 1	40.700%	Swiss-Prot	中等置信

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