TkA08G087710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G087710

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22711356-22717598 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2404 bp · TkA08G087710|TK1151|cDNA

CCCTCGGTTTCTCATATTCAAGTTAGCATTTGGACAGATGGTTGTATCCTCCAGACAGATCAACACACGATAAAATTAGTATTAGGACACTCCTAAGTGCTAAAACAAGCCTTCATATGTCTTAACTTCAGATTCAGTGTTTGGAAACCAAGTACTTATCACAACGAATTGAAACATTAACTACCCACACAACTATATATATCCCAATTGGGCTTTTAACGCTATATATCCAGCTACTACCTTCAAGCTTCCCTTAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · TkA08G087710|TK1151|CDS

ATGTTTTTATACTTTGTAAAATCCGAAATGTCGACTCCATGCGGATTACCCGCACGAACCGTCCTCACAAGTTACTACAAAAGCAAACACTTCAAAACCCGTACACGCGACCTTTACAATGATCAAACAAGCCCCGATGAAGCCATTTTATGCGACGACAGTAACCAAAGCATGTACTGTCAGCTGCTAGCGGGACTTATCCACCGCCAACATGTCATGCGGCTCGGAGCCGTGTTTGCTTCGGCTTTACTCCGTGCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · TkA08G087710|TK1151|PROTEIN

MFLYFVKSEMSTPCGLPARTVLTSYYKSKHFKTRTRDLYNDQTSPDEAILCDDSNQSMYCQLLAGLIHRQHVMRLGAVFASALLRAISFLERNWLSLCSDIRTGQLNRMITDSGCRSAMSAMLKLADPSLADEIEDICSRRSWKGIVCDLWPKAKYIEAVVTGSMSQYIPALEYYSRGKLPLVCTMYASSECYFGVNLKPLCDPENVAFTLLPNMGYYEFIPLGENETYGNEDEEISVDKLVELVDVKLGCYYELVVTTF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G087710`
TK1151 ID	TkA08G087710
OH-1004 ID	LXL04_018880
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 75.960 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G087710

位置 Chr08:22711356-22717598 (-)

描述 Similar to GH3.9: Putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47750`	催化吲哚-3-乙酸 (IAA)-氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。	暂无已核实直接文献
`At1g28130`	催化吲哚-3-乙酸 (IAA)-氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。	Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026690
`At4g27260`	催化吲哚-3-乙酸 -氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。	Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026690
`At5g54510`	催化吲哚-3-乙酸 -氨基酸缀合物的合成，为植物提供应对过量生长素存在的机制。	DFL1, an auxin-responsive GH3 gene homologue, negatively regulates shoot cell elongation and lateral root formation, and positively regulates the light response of hypocotyl length.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.00957.x Characterization of an Arabidopsis enzyme family that conjugates amino acids to indole-3-acetic acid.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.026690

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0671500`	可能催化吲哚-3-乙酸(IAA)-氨基酸结合物的合成，为植物应对过量生长素提供机制。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018880 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010120 camalexin biosynthetic process 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:1901183 positive regulation of camalexin biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010279 indole-3-acetic acid amido synthetase activity 分子功能

GO:0016881 acid-amino acid ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28130

ath:AT2G47750

ath:AT4G27260

ath:AT5G54510

osa:4344247

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.619

排名 1 · TkA08G087710 · TK1151

细胞质0.254

排名 2 · TkA08G087710 · TK1151

线粒体0.064

排名 3 · TkA08G087710 · TK1151

质体0.054

排名 4 · TkA08G087710 · TK1151

细胞膜0.032

排名 5 · TkA08G087710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03321GH31-178 aa

PF23571GH3_M209-289 aa

PF23572GH3_C304-431 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G087710	`PF03321`	GH3	1	178	7.5e-63	213.2
TkA08G087710	`PF23571`	GH3_M	209	289	5e-30	104.1
TkA08G087710	`PF23572`	GH3_C	304	431	6.2e-36	124.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82243`	拟南芥	sp\|O82243\|GH39_ARATH Putative indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.9	68.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FZ87`	拟南芥	sp\|Q9FZ87\|GH317_ARATH Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.17	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`O81829`	拟南芥	sp\|O81829\|GH35_ARATH Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.5	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSQ4`	拟南芥	sp\|Q9LSQ4\|GH36_ARATH Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.6	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`P0C0M3`	水稻	sp\|P0C0M3\|GH311_ORYSJ Probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.11	65.400%	Swiss-Prot	高置信

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