TkA08G087220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G087220

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22548209-22550700 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

510 bp · TkA08G087220|TK1151|cDNA

ATGGATAGAGTGAAAGATTTGGCATCCAAGAAGGCTGCAGTTATCTTCACGAAAAGCTCGTGTTGTATGTGTCATAGTATCAAAGCGCTATTTTATGATCTTGGTGCAAGTCCTGCAATCCATGAAGTTGATCATGATCCAGATATGGAGCGGGCGTTAAGGCGGTTGGGTTGTAATCCGGCGGTCCCTGCAGTGTTTGTGGGCGGTAAATATATAGGTTCAGCTAGAGATATTATTTCTCTTCATGTTGATGGGTCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

510 bp · TkA08G087220|TK1151|CDS

ATGGATAGAGTGAAAGATTTGGCATCCAAGAAGGCTGCAGTTATCTTCACGAAAAGCTCGTGTTGTATGTGTCATAGTATCAAAGCGCTATTTTATGATCTTGGTGCAAGTCCTGCAATCCATGAAGTTGATCATGATCCAGATATGGAGCGGGCGTTAAGGCGGTTGGGTTGTAATCCGGCGGTCCCTGCAGTGTTTGTGGGCGGTAAATATATAGGTTCAGCTAGAGATATTATTTCTCTTCATGTTGATGGGTCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

169 aa · TkA08G087220|TK1151|PROTEIN

MDRVKDLASKKAAVIFTKSSCCMCHSIKALFYDLGASPAIHEVDHDPDMERALRRLGCNPAVPAVFVGGKYIGSARDIISLHVDGSLKQKLIDARAIWSLFYDLGASPAIHEVDHDADMEWALRRLGCNPAIPAVFVGGEYIGSAKDVISLHVDGSLKQKLIKARAIWF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G087220`
TK1151 ID	TkA08G087220
OH-1004 ID	LXL04_018867
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 57.988 / OH-1004 98.990 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G087220

位置 Chr08:22548209-22550700 (-)

描述 Similar to GRXC11: Glutaredoxin-C11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g62950`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献
`At2g47870`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g21460`	可能仅还原 GSH-硫醇二硫键，但不还原蛋白二硫键。	暂无已核实直接文献
`At2g47880`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g62960`	在 NADPH 和谷胱甘肽还原酶存在的情况下具有谷胱甘肽二硫化物氧化还原酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018867 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051537 2 iron, 2 sulfur cluster binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47870

ath:AT2G47880

ath:AT3G21460

ath:AT3G62950

ath:AT3G62960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.645

排名 1 · TkA08G087220 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA08G087220 · TK1151

细胞膜0.134

排名 3 · TkA08G087220 · TK1151

线粒体0.077

排名 4 · TkA08G087220 · TK1151

溶酶体／液泡0.066

排名 5 · TkA08G087220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00462Glutaredoxin14-72 aa

PF05768Glrx-like14-33 aa

PF09538FYDLN_acid23-40 aa

PF09301DUF197047-74 aa

PF00283Cytochrom_B55960-69 aa

PF09176Mpt_N63-80 aa

PF00462Glutaredoxin99-142 aa

PF09538FYDLN_acid101-110 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G087220	`PF00462`	Glutaredoxin	14	72	6e-23	81.6
TkA08G087220	`PF05768`	Glrx-like	14	33	0.15	13.1
TkA08G087220	`PF09538`	FYDLN_acid	23	40	0.26	12.7
TkA08G087220	`PF09301`	DUF1970	47	74	0.087	13.8
TkA08G087220	`PF00283`	Cytochrom_B559	60	69	1.1	9.4
TkA08G087220	`PF09176`	Mpt_N	63	80	0.065	14.1
TkA08G087220	`PF00462`	Glutaredoxin	99	142	6e-23	81.6
TkA08G087220	`PF09538`	FYDLN_acid	101	110	0.26	12.7
TkA08G087220	`PF09301`	DUF1970	124	144	0.087	13.8
TkA08G087220	`PF00283`	Cytochrom_B559	130	139	1.1	9.4
TkA08G087220	`PF09176`	Mpt_N	134	150	0.065	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYC6`	拟南芥	sp\|Q9LYC6\|GRC11_ARATH Glutaredoxin-C11	79.400%	Swiss-Prot	中等置信
`O82254`	拟南芥	sp\|O82254\|GRC12_ARATH Putative glutaredoxin-C12	76.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LIF1`	拟南芥	sp\|Q9LIF1\|GRS10_ARATH Monothiol glutaredoxin-S10	58.400%	Swiss-Prot	中等置信
`O82255`	拟南芥	sp\|O82255\|GRC13_ARATH Glutaredoxin-C13	57.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LYC5`	拟南芥	sp\|Q9LYC5\|GRC14_ARATH Glutaredoxin-C14	57.800%	Swiss-Prot	中等置信

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