TkA08G083150 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G083150

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21395985-21402627 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2188 bp · TkA08G083150|TK1151|cDNA

GTTGCCTGCTGGGGGCGCCATTAAGGGAACGGGTTACGCCCTAGTACCCAAACCAGTACTTAACTCCGCCGTTTCCAAAAAAAAGAGAAGCATGTTATAGTGGTTGTTAACAAGGATTGAAATTCCTCCAAATAAAGAAAGATTGGAAGATTAAGAAATACTGTTGGGGTTCATCAAATGGAGAATTATGAAATATTAGAGCAGATTGGAAAGGGCTCCTTTGCTTCTGCTTTACTTGTTAAGCATAAACGTGAAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1707 bp · TkA08G083150|TK1151|CDS

ATGGAGAATTATGAAATATTAGAGCAGATTGGAAAGGGCTCCTTTGCTTCTGCTTTACTTGTTAAGCATAAACGTGAAAAGAAAAAGTATGTATTGAAGAAAATTCGACTTGCAAGACAGTCTGATAGGACCCGTAAATCTGCACTCTTGGAGATGGACCTTATTTCCAAAGTGCAAAATCCTTTTATAGTCGAATACAAAGATTCATGGGTAGAAAAGGGTTGCTATGTGTGTATTATTATAGCCCATTGTGAAGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

568 aa · TkA08G083150|TK1151|PROTEIN

MENYEILEQIGKGSFASALLVKHKREKKKYVLKKIRLARQSDRTRKSALLEMDLISKVQNPFIVEYKDSWVEKGCYVCIIIAHCEGGDMTEAIKRANGTHFSEEKLCKWLVQLLVALDYLHVNHILHRDVKCSNIFLTRDQEIRLGDFGLAKMLTSDDLASSVVGTPSYMCPELLADIPYGSKSDIWSLGCCIYEMMAFKPAFKAFDMQALINKINKCIVAPLPTMYSGAFRGLVKSMLRKNPETRPNAADLLKHSHLQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G083150`
TK1151 ID	TkA08G083150
OH-1004 ID	LXL04_018790
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G083150

位置 Chr08:21395985-21402627 (-)

描述 Similar to NEK2: Serine/threonine-protein kinase Nek2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g04810`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2ZMH2`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os12g0604700`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os03g0636800`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os07g0176600`	可能参与植物发育过程（可能）。	Cytoplasmic male sterility-related protein kinase, OsNek3, is regulated downstream of mitochondrial protein phosphatase 2C, DCW11.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp026

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04810

dosa:Os03g0636800

dosa:Os07g0176600

dosa:Os12g0604700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.707

排名 1 · TkA08G083150 · TK1151

细胞核0.266

排名 2 · TkA08G083150 · TK1151

细胞膜0.092

排名 3 · TkA08G083150 · TK1151

高尔基体0.045

排名 4 · TkA08G083150 · TK1151

溶酶体／液泡0.042

排名 5 · TkA08G083150 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase4-257 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr6-254 aa

PF14531Kinase-like89-246 aa

PF03109ABC193-157 aa

PF17667Pkinase_fungal102-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G083150	`PF00069`	Pkinase	4	257	5.6e-62	210.2
TkA08G083150	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	6	254	3.9e-36	125.4
TkA08G083150	`PF14531`	Kinase-like	89	246	6e-06	26.4
TkA08G083150	`PF03109`	ABC1	93	157	0.00098	19.1
TkA08G083150	`PF17667`	Pkinase_fungal	102	179	0.00053	19.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAU7`	拟南芥	sp\|Q9CAU7\|NEK2_ARATH Serine/threonine-protein kinase Nek2	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`A2ZMH2`	水稻	sp\|A2ZMH2\|NEK2_ORYSI Serine/threonine-protein kinase Nek2	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QMH1`	水稻	sp\|Q2QMH1\|NEK2_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek2	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q10GB1`	水稻	sp\|Q10GB1\|NEK1_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek1	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZEZ5`	水稻	sp\|Q6ZEZ5\|NEK3_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek3	53.900%	Swiss-Prot	高置信

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