TkA08G080240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G080240

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20600630-20605521 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2382 bp · TkA08G080240|TK1151|cDNA

AAGTAGTCCGGGCGACGACTCAGAACTCGCACACTCCACTGTTATCGCATGCTCGAACGCTCTTGAGTACCTCTATCTCTTCGACGGCCGATCAAATTCGCAATGGAGAGAAATTTGGGATTTATTTTTGTACTACTAGCTGTAACGTCGATCTGTGAAGCAGTGGCTGTATTTCATCCGATCTCTGAATCTCACAGGTCCGCAGCATTAGAACTGTTATCCCCCGCCGCTGGATCGTTTTCGAGCTTAGAAGAAGCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2052 bp · TkA08G080240|TK1151|CDS

ATGGAGAGAAATTTGGGATTTATTTTTGTACTACTAGCTGTAACGTCGATCTGTGAAGCAGTGGCTGTATTTCATCCGATCTCTGAATCTCACAGGTCCGCAGCATTAGAACTGTTATCCCCCGCCGCTGGATCGTTTTCGAGCTTAGAAGAAGCCTATGAAGCATTAACCACATTCAAGGTCCTTGGTATAGAGAAACCTGAAATAAAGGACCACACATGTAGATCTGTGGTGGATACCTTGTCTTCACCATCTTCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

683 aa · TkA08G080240|TK1151|PROTEIN

MERNLGFIFVLLAVTSICEAVAVFHPISESHRSAALELLSPAAGSFSSLEEAYEALTTFKVLGIEKPEIKDHTCRSVVDTLSSPSSNSKDLHNALRVNGILKCKTSQEALTGIVSRLKDAVKDATTLLDYHHSIGGLVLIKDQNHGVDVLLENADGILRSIKALSQSDGRWRHSSNNPESSTYAAGVALETLSGVISLSASPIDENLIATLKKDTVKLFDSISKYDDGAYYFDDKLIDASSPLSATSAVVRGVTAFASAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G080240`
TK1151 ID	TkA08G080240
OH-1004 ID	LXL04_038652
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 9.810 / OH-1004 8.492 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G080240

位置 Chr08:20600630-20605521 (+)

描述 Similar to LIMYB: L10-interacting MYB domain-containing protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21150`	寡糖基转移酶（OST）复合物的亚基，将特定糖链（真核生物中为Glc(3)Man(9)GlcNAc(2)）从脂质载体多萜醇焦磷酸转移至新生多肽Asn-X-Ser/Thr共有基序中的天冬酰胺残基，催化蛋白质N-糖基化的第一步。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0911200`	寡糖基转移酶（OST）复合物的亚基，将特定糖链（真核生物中为Glc(3)Man(9)GlcNAc(2)）从脂质载体多萜醇焦磷酸转移至新生多肽Asn-X-Ser/Thr共有基序中的天冬酰胺残基，催化蛋白质N-糖基化的第一步。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038652 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0001227 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0004518 nuclease activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G05800

bta:514442

rno:690164

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.875

排名 1 · TkA08G080240 · TK1151

细胞质0.106

排名 2 · TkA08G080240 · TK1151

细胞核0.080

排名 3 · TkA08G080240 · TK1151

高尔基体0.060

排名 4 · TkA08G080240 · TK1151

细胞膜0.037

排名 5 · TkA08G080240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05817Ribophorin_II27-300 aa

PF23861Ribophorin_II_2nd308-413 aa

PF23860Ribophorin_II_3rd421-542 aa

PF23861Ribophorin_II_2nd515-524 aa

PF25147Ribophorin_II_C575-675 aa

PF06170DUF983610-663 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G080240	`PF05817`	Ribophorin_II	27	300	2.8e-49	168.7
TkA08G080240	`PF23861`	Ribophorin_II_2nd	308	413	7.3e-20	71.8
TkA08G080240	`PF23860`	Ribophorin_II_3rd	421	542	2.8e-34	118.6
TkA08G080240	`PF23861`	Ribophorin_II_2nd	515	524	7.3e-20	71.8
TkA08G080240	`PF25147`	Ribophorin_II_C	575	675	2.3e-25	89.8
TkA08G080240	`PF06170`	DUF983	610	663	0.34	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z16`	拟南芥	sp\|Q93Z16\|RPN2_ARATH Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N7W3`	水稻	sp\|Q5N7W3\|RPN2_ORYSJ Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2	54.600%	Swiss-Prot	高置信

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