RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G077720
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19908314-19911397 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2106 bp · TkA08G077720|TK1151|cDNA

CCGATTTCACGCTTTTGTTCGAACTCCTTCAACGGTCTGATATATAAACTCGTCCTCGAGGTGGATATAATGGAAACCGGTAAACCTAGAATTTAGGATCAATTGTTCTGTTGCCCAGCTCCCTACTCACAGTCACAGAGAAGACGACATAGTTTTTGCAATTCTGCTTGAAGAACCAGAACGAACAACATTACATACATACCAATCAGAGGACATTCATAACGTATATGTATAATCTGTGAGTGATTAGGGCAAACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1434 bp · TkA08G077720|TK1151|CDS

ATGGTTTCCCTCCCGGCGCCGGCAGCGAACCCATTCCCTCCGGATTCTAATCGGTTGCCCGAGCATAAAAAACCCGCCGGAGCCACCAATTTCAATCCGGTAAGAGAAGAATCGTTGCCAATTAACGATGAAACTATAAGAAGAGAAAGGAAAGAGCAAGTGAATAAGAAAATCGCGTCGCAGAAGGCAATATCGGTAATATTAAGAAGAGAAGCGACGAAGGCCGTGATTGAGAAGAAAAAAGGTTCCACGAGGTTGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

477 aa · TkA08G077720|TK1151|PROTEIN

MVSLPAPAANPFPPDSNRLPEHKKPAGATNFNPVREESLPINDETIRRERKEQVNKKIASQKAISVILRREATKAVIEKKKGSTRLFPGTVLEALHERIAALRWESALKVFELLREQLWYRPNSAIYVKLIVMLGKCKQPEKAHSLFLAMIDEGCDANQESYTALLSAYSRSGLFRKAFSILEEMRNTPNCHPDVYTYSILIKSCLHFHEFDKVQSLLSEMVSQGVNPNTVTYNTLIDAYGKAKRFVDMESTLVEMLRQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G077720
TK1151 IDTkA08G077720
OH-1004 IDLXL04_018675
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 62.474 / OH-1004 62.213
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G077720
位置Chr08:19908314-19911397 (+)
描述Similar to At5g48730: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g48730 含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。 暂无已核实直接文献
At3g53170 含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。 暂无已核实直接文献
At3g06430 含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At4g30825 含五重复肽的蛋白At4g30825，叶绿体。 暂无已核实直接文献
At5g36300 推测的含五肽重复的蛋白 At5g36300。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018675 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0048868 pollen tube development 生物过程
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0019843 rRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G06430
ath:AT3G53170
ath:AT4G39620
ath:AT5G48730
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.591
排名 1 · TkA08G077720 · TK1151
线粒体0.253
排名 2 · TkA08G077720 · TK1151
细胞核0.084
排名 3 · TkA08G077720 · TK1151
细胞质0.030
排名 4 · TkA08G077720 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA08G077720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13428TPR_1499-121 aa
PF13041PPR_2103-112 aa
PF01535PPR103-116 aa
PF12854PPR_1103-112 aa
PF23276TPR_24103-117 aa
PF13812PPR_3106-135 aa
PF29070MSC6_N114-251 aa
PF17177PPR_long120-214 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G077720PF13428TPR_14991210.003318.7
TkA08G077720PF13041PPR_21031123.8e-68226.1
TkA08G077720PF01535PPR1031165.7e-49161.7
TkA08G077720PF12854PPR_11031121.3e-41140.7
TkA08G077720PF23276TPR_241031172.5e-2279.9
TkA08G077720PF13812PPR_31061351.7e-42144.1
TkA08G077720PF29070MSC6_N1142514.9e-2692.4
TkA08G077720PF17177PPR_long1202146.6e-1968.8
TkA08G077720PF13041PPR_21221683.8e-68226.1
TkA08G077720PF01535PPR1271555.7e-49161.7
TkA08G077720PF13428TPR_141271500.003318.7
TkA08G077720PF00637Clathrin1311551.1e-0526.0
TkA08G077720PF23276TPR_241392432.5e-2279.9
TkA08G077720PF29834SOV1_C1411850.01614.9
TkA08G077720PF17177PPR_long1422396.6e-1968.8
TkA08G077720PF13812PPR_31502051.7e-42144.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FKC3拟南芥sp|Q9FKC3|PP424_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic72.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SCP4拟南芥sp|Q9SCP4|PP279_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g5317045.400%Swiss-Prot低置信
Q9SQU6拟南芥sp|Q9SQU6|PP216_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic44.500%Swiss-Prot低置信
O65567拟南芥sp|O65567|PP342_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30825, chloroplastic26.000%Swiss-Prot低置信
Q9FFZ2拟南芥sp|Q9FFZ2|PP402_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3630022.700%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看