TkA08G077040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G077040

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19775825-19778999 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2648 bp · TkA08G077040|TK1151|cDNA

AAGAGACCAAAAATATGAAATACCCCACTTCCCGTTTTCACCGCCAAACGTTTTAGCAGCCTTTGAAAAACTTCAAATTTTCATCTAAAAACAATCAAAGTATTCAGTTCAAAGCAAAATCAGATTCAGAATACACACATCTTCCCTCTCTCCCATCTCGCTATTCCGAGCTCCGATTAGGTTAGCTCAACGGATCTGGTCACTCGGCGATTCATCTCAATCGCATACCAAGGTACCACAATTCCAAGCATGATTCACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1776 bp · TkA08G077040|TK1151|CDS

ATGGTCCGAGAACACAGTATCGAATCCTTTTATGGTAAATTGAGGGAGTCTACTTTAGCGTCAGCTTATAGTCCTCTGCTCATCTTCCCATCCACTTCCGATGTAGATTCTCTTTGCGCTTTGAAAATTATAGGTCGTGTTCTAGAATCAGATTCCGTTAGATACGCTTGCTACCCTGTTTCCAGTTTCAAGGAGATTCATAAGTACGCCGGTCCTAGCTTGTCATCTTCATCTGATACTCCAATCACTATACTCCTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

591 aa · TkA08G077040|TK1151|PROTEIN

MVREHSIESFYGKLRESTLASAYSPLLIFPSTSDVDSLCALKIIGRVLESDSVRYACYPVSSFKEIHKYAGPSLSSSSDTPITILLINWGCHRDLKKILEIGPAARVFVVDSHRPIHLHNLSHQNDRVVVLYTGDDENQADLSYDFDVSALAAASDLNSDDEIEEDDSDSDDENESDGDEDGGNGNRKKRRLSEDGETDPLKLFRKLKKEYYHMGTFHGKPSGCLMYELSHYLRKNTNDLLWLACVSLTDQFVHERLTNE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G077040`
TK1151 ID	TkA08G077040
OH-1004 ID	LXL04_036574
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G077040`
位置	Chr08:19775825-19778999 (-)
描述	Similar to sna41: Cell division control protein 45 homolog (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_036574` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程 GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程 GO:0031573 mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling 生物过程 GO:1902977 mitotic DNA replication preinitiation complex assembly 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0267748 hsa:8318 mmu:12544 spo:2542266 xla:398081 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.900

排名 1 · TkA08G077040 · TK1151

细胞质0.179

排名 2 · TkA08G077040 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA08G077040 · TK1151

线粒体0.021

排名 4 · TkA08G077040 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA08G077040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02724CDC4527-589 aa

PF09220LA-virus_coat87-168 aa

PF06524NOA36133-185 aa

PF31277Damicornin149-195 aa

PF04546Sigma70_ner159-220 aa

PF23048SH3-A_UBE2O163-199 aa

PF09220LA-virus_coat343-374 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G077040	`PF02724`	CDC45	27	589	2.2e-162	542.3
TkA08G077040	`PF09220`	LA-virus_coat	87	168	0.0018	17.4
TkA08G077040	`PF06524`	NOA36	133	185	6.9	6.6
TkA08G077040	`PF31277`	Damicornin	149	195	0.51	11.3
TkA08G077040	`PF04546`	Sigma70_ner	159	220	0.23	12.1
TkA08G077040	`PF23048`	SH3-A_UBE2O	163	199	1.9	10.0
TkA08G077040	`PF09220`	LA-virus_coat	343	374	0.0018	17.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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