TkA08G076950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G076950

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19754165-19754968 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

465 bp · TkA08G076950|TK1151|cDNA

GTACTCCCAGCTTTATACTACAGGCAAGACTTTATAAACGGACCAGTCCCCAATTTTTCCTACTCTTCAATATATTACAAAGGGATACCCCACAATGGCTCTCCTCCATGGAGACCAGATGATAAAGAAGGCCACTATATTTTTGCAGTAGGAGAAAACATAACTCCTCGATATCAGATCTTAAGCAAAATGGGTACATTTGGGCAAGTTTTGGAGTGTTTGGACAATGAGAAGAAAGAGCCTGTAGCCATTAAAATAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

465 bp · TkA08G076950|TK1151|CDS

GTACTCCCAGCTTTATACTACAGGCAAGACTTTATAAACGGACCAGTCCCCAATTTTTCCTACTCTTCAATATATTACAAAGGGATACCCCACAATGGCTCTCCTCCATGGAGACCAGATGATAAAGAAGGCCACTATATTTTTGCAGTAGGAGAAAACATAACTCCTCGATATCAGATCTTAAGCAAAATGGGTACATTTGGGCAAGTTTTGGAGTGTTTGGACAATGAGAAGAAAGAGCCTGTAGCCATTAAAATAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

155 aa · TkA08G076950|TK1151|PROTEIN

VLPALYYRQDFINGPVPNFSYSSIYYKGIPHNGSPPWRPDDKEGHYIFAVGENITPRYQILSKMGTFGQVLECLDNEKKEPVAIKIVRSISKYREAAMIEIDVLQKLARHDVGGSRCIQIRNWFDYRNHICVVFEKLGPSLYDFLRKNNYRSFPI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G076950`
TK1151 ID	TkA08G076950
OH-1004 ID	LXL04_032736
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 36.175 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G076950

位置 Chr08:19754165-19754968 (-)

描述 Similar to AFC1: Serine/threonine-protein kinase AFC1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53570`	酵母转录因子激活蛋白 STE12。	暂无已核实直接文献
`At4g24740`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 AFC2。	暂无已核实直接文献
`At4g32660`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 AFC3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032736 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0018108 peptidyl-tyrosine phosphorylation 生物过程

GO:0032526 response to retinoic acid 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045721 negative regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53570

ath:AT4G24740

ath:AT4G32660

hsa:1196

mmu:12748

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · TkA08G076950 · TK1151

细胞核0.398

排名 2 · TkA08G076950 · TK1151

细胞膜0.108

排名 3 · TkA08G076950 · TK1151

线粒体0.104

排名 4 · TkA08G076950 · TK1151

内质网0.057

排名 5 · TkA08G076950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase65-148 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr65-149 aa

PF30957HAC6_N69-112 aa

PF31022PARP6_N72-111 aa

PF30957HAC6_N133-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G076950	`PF00069`	Pkinase	65	148	4.2e-07	30.4
TkA08G076950	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	65	149	0.0011	19.0
TkA08G076950	`PF30957`	HAC6_N	69	112	0.096	13.2
TkA08G076950	`PF31022`	PARP6_N	72	111	0.11	13.2
TkA08G076950	`PF30957`	HAC6_N	133	151	0.096	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P51566`	拟南芥	sp\|P51566\|AFC1_ARATH Serine/threonine-protein kinase AFC1	76.800%	Swiss-Prot	高置信
`P51567`	拟南芥	sp\|P51567\|AFC2_ARATH Serine/threonine-protein kinase AFC2	69.600%	Swiss-Prot	高置信
`P51568`	拟南芥	sp\|P51568\|AFC3_ARATH Serine/threonine-protein kinase AFC3	68.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情