RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G076410
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19619288-19623019 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1859 bp · TkA08G076410|TK1151|cDNA

TTCGCTTCTTCTGCGGATTTGGCTGTTTTATATACCAACACCATTAATCCTTTTTATCTTCTCTCCTGTAATTTCAACGAATTTGTTCTTGCATTGCTGATCTGAATTCCGAATTTTATCAATCTTTATCTTCAAGATCCTGGCGTTATAGTTGATGATACGAAACGTATAAACAAACCGAAGATCATACTGATTAACATGAACGAACTTTCCAACTCTCTCAAATCACGACTCTACTTCAACTAGATCACAATCATTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

438 bp · TkA08G076410|TK1151|CDS

ATGAAGAGAAAGTATTATGTTTGGGAAGAATGTACGAATTTGCGTGAAGTAAAGTCTCTCAGGAAATTAAATCATCCTAACATCATAAAGCTGAAGGAAATTGTGAGGGAGAATAATGAGTTATTCTTCATATTTGAATACATGGAACATAATTTGTATGATATAATGAGGGAACGTGAAAGGCCATTCACAGAGGAAGAGATTAGGGGTTTGATGACTCAGCTTCTTCAAGGACTTGTACATATGCATAGAAGTGAATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

145 aa · TkA08G076410|TK1151|PROTEIN

MKRKYYVWEECTNLREVKSLRKLNHPNIIKLKEIVRENNELFFIFEYMEHNLYDIMRERERPFTEEEIRGLMTQLLQGLVHMHRSEYFHRDLKPENLLVTNNTIKIADFGLAREVSSSPPLRIMFQLAGIEHQKSCCNLYHTLLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G076410
TK1151 IDTkA08G076410
OH-1004 IDLXL04_000423
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)51.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 82.759 / OH-1004 34.091
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G076410
位置Chr08:19619288-19623019 (-)
描述Similar to CDKF-4: Cyclin-dependent kinase F-4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g13020 可能在植物生长和发育的调节中发挥作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0847600 细胞周期蛋白dependent kinase F-3。 暂无已核实直接文献
Os02g0700600 细胞周期蛋白dependent kinase F-4。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程
GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程
GO:0042073 intraciliary transport 生物过程
GO:0045494 photoreceptor cell maintenance 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:0060271 cilium assembly 生物过程
GO:1902856 negative regulation of non-motile cilium assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G13020
ddi:DDB_G0268078
dosa:Os02g0700600
dosa:Os03g0847600
mmu:17152
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.529
排名 1 · TkA08G076410 · TK1151
细胞核0.467
排名 2 · TkA08G076410 · TK1151
线粒体0.089
排名 3 · TkA08G076410 · TK1151
内质网0.067
排名 4 · TkA08G076410 · TK1151
细胞膜0.057
排名 5 · TkA08G076410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20541DUF67563-46 aa
PF06293Kdo9-103 aa
PF00069Pkinase11-120 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr13-116 aa
PF01163RIO114-112 aa
PF01636APH26-85 aa
PF29080UPF0507_helical28-54 aa
PF05445Pox_ser-thr_kin30-58 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G076410PF20541DUF67563460.1412.8
TkA08G076410PF06293Kdo91030.09212.9
TkA08G076410PF00069Pkinase111201e-33117.6
TkA08G076410PF07714PK_Tyr_Ser-Thr131161.4e-2384.3
TkA08G076410PF01163RIO1141120.005217.1
TkA08G076410PF01636APH26850.0414.4
TkA08G076410PF29080UPF0507_helical28540.09814.1
TkA08G076410PF05445Pox_ser-thr_kin30580.05513.1
TkA08G076410PF29986CadC_C30750.06513.6
TkA08G076410PF03109ABC1391175.8e-0523.1
TkA08G076410PF20541DUF675654960.1412.8
TkA08G076410PF01636APH661120.0414.4
TkA08G076410PF05445Pox_ser-thr_kin831060.05513.1
TkA08G076410PF06293Kdo1271440.09212.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P43294拟南芥sp|P43294|MHK_ARATH Serine/threonine-protein kinase MHK80.000%Swiss-Prot高置信
Q84SN3水稻sp|Q84SN3|CDKF3_ORYSJ Cyclin-dependent kinase F-373.300%Swiss-Prot高置信
Q6Z8C8水稻sp|Q6Z8C8|CDKF4_ORYSJ Cyclin-dependent kinase F-465.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看