TkA08G073090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G073090

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 18876927-18877556 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

630 bp · TkA08G073090|TK1151|cDNA

AATCTCACTCAACCCATCCTCCCTCGCCCCTTCCTCAAACTTCTTGAAATCTCAGTCGACGGCCGCCTCTTCTTCCCTATCCTCCTTTCCCTCATTCTCTCCCCTCTCCGATCCGCTTCTCCGCTACTCCTGACCTTACTTGTTAACCTTCTCATCGGATCTCTGCTCGATCTCTTTTTTATCGGGCTCATCAAACATCTCGTCCGTCGCCCCTGCCCTGTCTACAACAAACACATGTTCCTCACCTTTGCCATTGACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA08G073090|TK1151|CDS

AATCTCACTCAACCCATCCTCCCTCGCCCCTTCCTCAAACTTCTTGAAATCTCAGTCGACGGCCGCCTCTTCTTCCCTATCCTCCTTTCCCTCATTCTCTCCCCTCTCCGATCCGCTTCTCCGCTACTCCTGACCTTACTTGTTAACCTTCTCATCGGATCTCTGCTCGATCTCTTTTTTATCGGGCTCATCAAACATCTCGTCCGTCGCCCCTGCCCTGTCTACAACAAACACATGTTCCTCACCTTTGCCATTGACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

209 aa · TkA08G073090|TK1151|PROTEIN

NLTQPILPRPFLKLLEISVDGRLFFPILLSLILSPLRSASPLLLTLLVNLLIGSLLDLFFIGLIKHLVRRPCPVYNKHMFLTFAIDHWSFPSGHASRVCFTASMLYLSSDLIPSIFLQLKSGISGLDEFETVKRLNMMVIAWATATSVSRVLLGRHFVFDVAAGAGLGVLNASIVFHFLNCEFVLDRFFQGNYRGNYQCCSDSYNVQFI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G073090`
TK1151 ID	TkA08G073090
OH-1004 ID	LXL04_005481
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.560 / OH-1004 80.617 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G073090

位置 Chr08:18876927-18877556 (+)

描述 Similar to LPPB: Probable lipid phosphate phosphatase beta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22550`	可能的脂质磷酸酶β。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006695 cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0006720 isoprenoid metabolic process 生物过程

GO:0018342 protein prenylation 生物过程

GO:0033383 geranyl diphosphate metabolic process 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045339 farnesyl diphosphate catabolic process 生物过程

GO:0046839 phospholipid dephosphorylation 生物过程

GO:1902247 geranylgeranyl diphosphate catabolic process 生物过程

GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G22550

dre:553687

hsa:403313

mmu:74411

rno:619549

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.726

排名 1 · TkA08G073090 · TK1151

细胞核0.121

排名 2 · TkA08G073090 · TK1151

高尔基体0.116

排名 3 · TkA08G073090 · TK1151

细胞质0.072

排名 4 · TkA08G073090 · TK1151

细胞膜0.049

排名 5 · TkA08G073090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14378PAP2_332-55 aa

PF01001HCV_NS4b38-53 aa

PF01569PAP247-179 aa

PF22778VCPO_2nd85-178 aa

PF14378PAP2_388-104 aa

PF00375SDF97-157 aa

PF14378PAP2_3133-170 aa

PF01001HCV_NS4b137-182 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G073090	`PF14378`	PAP2_3	32	55	0.025	15.0
TkA08G073090	`PF01001`	HCV_NS4b	38	53	0.04	14.3
TkA08G073090	`PF01569`	PAP2	47	179	1.9e-16	60.7
TkA08G073090	`PF22778`	VCPO_2nd	85	178	0.0018	18.8
TkA08G073090	`PF14378`	PAP2_3	88	104	0.025	15.0
TkA08G073090	`PF00375`	SDF	97	157	0.06	13.1
TkA08G073090	`PF14378`	PAP2_3	133	170	0.025	15.0
TkA08G073090	`PF01001`	HCV_NS4b	137	182	0.04	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUW4`	拟南芥	sp\|Q9SUW4\|LPPB_ARATH Probable lipid phosphate phosphatase beta	41.200%	Swiss-Prot	中等置信

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