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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G073070
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 18869434-18870531 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1059 bp · TkA08G073070|TK1151|cDNA

ATGGTCGGAGATGGAAACCATCATGGTATGATGGTGCATGTACCTCCGTGGACAACGCTCATGGACGATTCTCTCGCCGGAGCTTCACCCTTATCTTCAATCGAAGACTACGCGTGTTTCCTCCGCAACGACGCCGCACTCCGCCGCTACCTCGAAGAAGACTTCGACGGAGATGGCTCCGGCTCCGGTTGTACTGATTTCGACATCACGTCGGAGGCTTACGCTTGTGATAGTTTCCGGATGTACGAGTTTAAGGTACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · TkA08G073070|TK1151|CDS

ATGGTCGGAGATGGAAACCATCATGGTATGATGGTGCATGTACCTCCGTGGACAACGCTCATGGACGATTCTCTCGCCGGAGCTTCACCCTTATCTTCAATCGAAGACTACGCGTGTTTCCTCCGCAACGACGCCGCACTCCGCCGCTACCTCGAAGAAGACTTCGACGGAGATGGCTCCGGCTCCGGTTGTACTGATTTCGACATCACGTCGGAGGCTTACGCTTGTGATAGTTTCCGGATGTACGAGTTTAAGGTACG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

352 aa · TkA08G073070|TK1151|PROTEIN

MVGDGNHHGMMVHVPPWTTLMDDSLAGASPLSSIEDYACFLRNDAALRRYLEEDFDGDGSGSGCTDFDITSEAYACDSFRMYEFKVRKCARGRSHDWTDCPYAHPAEKARRRDPRKYSYSGTACPEFRKGNCKKGDGCEFAHGVFECWLHPSRYRTQPCKDGVNCRRRVCFFAHTPEQLRVLSPHTDSYDGSSLKSFPPFFSSPSETSTPPSESPPMSPMDSSLSRSLGAVTVNDMISSFRRLQLNNKTPSMPTGWNLQM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G073070
TK1151 IDTkA08G073070
OH-1004 IDLXL04_018632
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)95.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 68.224
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G073070
位置Chr08:18869434-18870531 (+)
描述Similar to At4g29190: Zinc finger CCCH domain-containing protein 49
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g19810 含锌指CCCH结构域蛋白20。 暂无已核实直接文献
At4g29190 含锌指CCCH结构域蛋白49。 暂无已核实直接文献
At2g25900 含锌指CCCH结构域蛋白23。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0195200 含锌指CCCH结构域蛋白35。 暂无已核实直接文献
Os01g0192000 参与延缓叶片衰老。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018632 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0061157 mRNA destabilization 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G19810
ath:AT2G25900
ath:AT4G29190
dosa:Os01g0192000
dosa:Os05g0195200
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541
排名 1 · TkA08G073070 · TK1151
细胞核0.511
排名 2 · TkA08G073070 · TK1151
线粒体0.055
排名 3 · TkA08G073070 · TK1151
细胞膜0.054
排名 4 · TkA08G073070 · TK1151
内质网0.031
排名 5 · TkA08G073070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25512zf-CCCH_AtC3H2379-111 aa
PF25543zf-CCCH_tandem85-104 aa
PF16131Torus89-105 aa
PF25542zf-CCCH_1297-104 aa
PF14608zf-CCCH_299-105 aa
PF00642zf-CCCH99-105 aa
PF18345zf_CCCH_499-104 aa
PF23261zf-CCCH_1199-104 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G073070PF25512zf-CCCH_AtC3H23791113.1e-2072.3
TkA08G073070PF25543zf-CCCH_tandem851040.0007420.3
TkA08G073070PF16131Torus891050.7911.0
TkA08G073070PF25542zf-CCCH_12971040.04414.2
TkA08G073070PF14608zf-CCCH_2991054.1e-0524.7
TkA08G073070PF00642zf-CCCH991058.1e-0523.2
TkA08G073070PF18345zf_CCCH_4991040.0008620.0
TkA08G073070PF23261zf-CCCH_11991040.02315.0
TkA08G073070PF25427zf-CCCH_UNK991106.97.4
TkA08G073070PF18044zf-CCCH_41001040.002818.1
TkA08G073070PF23261zf-CCCH_111141430.02315.0
TkA08G073070PF25543zf-CCCH_tandem1201420.0007420.3
TkA08G073070PF00642zf-CCCH1221438.1e-0523.2
TkA08G073070PF16131Torus1221440.7911.0
TkA08G073070PF14608zf-CCCH_21231434.1e-0524.7
TkA08G073070PF18345zf_CCCH_41241420.0008620.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82199拟南芥sp|O82199|C3H20_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2055.100%Swiss-Prot高置信
Q9M0G2拟南芥sp|Q9M0G2|C3H49_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 4954.100%Swiss-Prot高置信
O82307拟南芥sp|O82307|C3H23_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2345.800%Swiss-Prot中等置信
Q6L4N4水稻sp|Q6L4N4|C3H35_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3543.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FU27水稻sp|Q9FU27|C3H2_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 242.800%Swiss-Prot中等置信

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