TkA08G072070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G072070

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 18567242-18574651 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3921 bp · TkA08G072070|TK1151|cDNA

CGTGGGTTGTTGAAACTTGTAACGAAGATGGTCTTCAGACTCATTTCCCATTTCCCTTGATCCTCGCTTAGGTATTTCTTACAGACGCTTTTTCTCTTCCATTCACCTAAATTCCCTCGCCAGTGATCCGATCAGTGATATCCAACTACAGTGTGAAATTGTGGAGGGATTTCGAGCATCCATATAGAAACCGGGATTTGGAAAATTGGGATCGTGTAAATGGCAACTCCCGGTGGACCTCGACCAGGCAATCCACCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

3237 bp · TkA08G072070|TK1151|CDS

ATGGCAACTCCCGGTGGACCTCGACCAGGCAATCCACCGCCTAATTATAACCCTAATTCGATTGCTGATAATATGCAAAACCTTCAAATCAATCGCCCTAACCAGCCTCCAAATTCAGCTGGCGGACCTAGAGGTCCACCTCCGTCGTTTGGTCAACAACCATTCCCTACATCAGCTCCGTTTTCATCTTCTTCATTTTCAGGACCTTCACGTCCAGGACCTCCTCCGCCAGGTGCTGTTCCCAGGGGTGGTGCAATGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1078 aa · TkA08G072070|TK1151|PROTEIN

MATPGGPRPGNPPPNYNPNSIADNMQNLQINRPNQPPNSAGGPRGPPPSFGQQPFPTSAPFSSSSFSGPSRPGPPPPGAVPRGGAMPPPTGPPQGALPPFMASNRGPPGSSNPPPPFGSRPMTSGPVPSSTMSSAPGPGPRPGPFSSSPLTTGMPVPSFGGGGPVSNGPPPFGGGMQGGGGPLYPPAGVRPRPFTGPPPSPPTMGGPFSGQTTPTPGSPPENFQRLLPGSHPPPFSAPQRGPPMFSAQGQPQASPFGAQP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G072070`
TK1151 ID	TkA08G072070
OH-1004 ID	LXL04_018608
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G072070

位置 Chr08:18567242-18574651 (-)

描述 Similar to At4g32640: Protein transport protein Sec24-like At4g32640

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32640`	被囊膜蛋白复合体II（COPII）覆盖的成分，该复合体覆盖从内质网衍生的囊泡，参与从内质网到高尔基体的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g44340`	被囊膜蛋白复合体II（COPII）覆盖的成分，该复合体覆盖从内质网衍生的囊泡，参与从内质网到高尔基体的运输。	暂无已核实直接文献
`At3g07100`	必需蛋白质。	A missense mutation in the Arabidopsis COPII coat protein Sec24A induces the formation of clusters of the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068262 Evidence for the involvement of the Arabidopsis SEC24A in male transmission.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err174 Endomembrane trafficking protein SEC24A regulates cell size patterning in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.246033 The Vesicle-Forming 6K2 Protein of Turnip Mosaic Virus Interacts with the COPII Coatomer Sec24a for Viral Systemic Infection.2015 · DOI: 10.1128/jvi.00503-15

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018608 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0032876 negative regulation of DNA endoreduplication 生物过程

GO:0046740 transport of virus in host, cell to cell 生物过程

GO:0048232 male gamete generation 生物过程

GO:0070863 positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0080119 ER body organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07100

ath:AT3G44340

ath:AT4G32640

hsa:9632

hsa:9871

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.740

排名 1 · TkA08G072070 · TK1151

细胞核0.195

排名 2 · TkA08G072070 · TK1151

高尔基体0.147

排名 3 · TkA08G072070 · TK1151

溶酶体／液泡0.103

排名 4 · TkA08G072070 · TK1151

细胞膜0.090

排名 5 · TkA08G072070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810zf-Sec23_Sec24413-451 aa

PF04811Sec23_trunk488-728 aa

PF08033Sec23_BS733-817 aa

PF04815Sec23_helical828-924 aa

PF00626Gelsolin949-1019 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G072070	`PF04810`	zf-Sec23_Sec24	413	451	2.7e-16	60.0
TkA08G072070	`PF04811`	Sec23_trunk	488	728	5.1e-77	259.4
TkA08G072070	`PF08033`	Sec23_BS	733	817	1.4e-25	90.4
TkA08G072070	`PF04815`	Sec23_helical	828	924	8.9e-25	87.2
TkA08G072070	`PF00626`	Gelsolin	949	1019	6.2e-07	29.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M081`	拟南芥	sp\|Q9M081\|SC24C_ARATH Protein transport protein SEC24 C	77.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M291`	拟南芥	sp\|Q9M291\|SC24B_ARATH Protein transport protein SEC24 B	74.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SFU0`	拟南芥	sp\|Q9SFU0\|SC24A_ARATH Protein transport protein SEC24 A	36.600%	Swiss-Prot	中等置信

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