TkA08G066660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G066660

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 17164506-17166853 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1436 bp · TkA08G066660|TK1151|cDNA

CTCTCTCTTAAATTTTACAAACTTCGGTAGAATTTCTTCAATCCACTATACGGACTTCCTCATCCCACAATCCAATTTCCTCTTCCGCGAAATGGCGGAAATCCATCGGCCGGAGATCCAGCTCAAGGTCCATTCCAGGCGTGGTCTCAGCGGTGGAAATGTAATCCATCCTGTTTCAGTTGAGTCATCACCGATACCTCTTCTGGGGGGAGTACCCGGTGGATATCAAAGTCAAACCCAAACCCCTTCTCCTTTCCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1197 bp · TkA08G066660|TK1151|CDS

ATGGCGGAAATCCATCGGCCGGAGATCCAGCTCAAGGTCCATTCCAGGCGTGGTCTCAGCGGTGGAAATGTAATCCATCCTGTTTCAGTTGAGTCATCACCGATACCTCTTCTGGGGGGAGTACCCGGTGGATATCAAAGTCAAACCCAAACCCCTTCTCCTTTCCGAGAGGTTAAGCATTTCAAGAAGTGGTTCCCATGGTTGATTCCTAGTTTTGTTATAGCAGATATCATCCTGTTCATAATCACTATGTATGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

398 aa · TkA08G066660|TK1151|PROTEIN

MAEIHRPEIQLKVHSRRGLSGGNVIHPVSVESSPIPLLGGVPGGYQSQTQTPSPFREVKHFKKWFPWLIPSFVIADIILFIITMYVNDCPKNSVSCIATFLGRLSFQPFKENPLLGPSSSALEKMGALDVSKVVDHHQGWRLITCIWLHGGLFHLLANMLSLLVIGIRLEQEFGFIRIGMLYLIAGLGGSLLSALFLQSNISVGASGAVFGLLGAMLSELITNWTIYANKLAALVTLVIIIVINLAVGILPQVDNFAHLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G066660`
TK1151 ID	TkA08G066660
OH-1004 ID	LXL04_018534
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G066660

位置 Chr08:17164506-17166853 (+)

描述 Similar to RBL1: RHOMBOID-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29050`	可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	暂无已核实直接文献
`At3g53780`	可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	暂无已核实直接文献
`At1g63120`	菱形蛋白酶型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	An Arabidopsis Rhomboid homolog is an intramembrane protease in plants.2005 · DOI: 10.1016/j.febslet.2005.09.049
`At5g07250`	可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	暂无已核实直接文献
`At1g12750`	可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018534 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12750

ath:AT1G63120

ath:AT2G29050

ath:AT3G53780

ath:AT5G07250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.398

排名 1 · TkA08G066660 · TK1151

高尔基体0.297

排名 2 · TkA08G066660 · TK1151

细胞质0.282

排名 3 · TkA08G066660 · TK1151

细胞膜0.163

排名 4 · TkA08G066660 · TK1151

内质网0.137

排名 5 · TkA08G066660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19094EMC6_arch61-61 aa

PF01694Rhomboid76-102 aa

PF08551DUF1751135-198 aa

PF01694Rhomboid137-274 aa

PF19094EMC6_arch157-183 aa

PF19701DUF6199176-188 aa

PF19094EMC6_arch200-256 aa

PF19701DUF6199207-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G066660	`PF19094`	EMC6_arch	61	61	2.8	9.1
TkA08G066660	`PF01694`	Rhomboid	76	102	1.4e-42	146.0
TkA08G066660	`PF08551`	DUF1751	135	198	0.017	15.2
TkA08G066660	`PF01694`	Rhomboid	137	274	1.4e-42	146.0
TkA08G066660	`PF19094`	EMC6_arch	157	183	2.8	9.1
TkA08G066660	`PF19701`	DUF6199	176	188	0.019	15.9
TkA08G066660	`PF19094`	EMC6_arch	200	256	2.8	9.1
TkA08G066660	`PF19701`	DUF6199	207	215	0.019	15.9
TkA08G066660	`PF19701`	DUF6199	224	243	0.019	15.9
TkA08G066660	`PF19701`	DUF6199	266	319	0.019	15.9
TkA08G066660	`PF19094`	EMC6_arch	308	324	2.8	9.1
TkA08G066660	`PF01694`	Rhomboid	313	322	1.4e-42	146.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WQX7`	拟南芥	sp\|Q0WQX7\|RBL1_ARATH RHOMBOID-like protein 1	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`F4JBM4`	拟南芥	sp\|F4JBM4\|RBL4_ARATH RHOMBOID-like protein 4	58.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9CAN1`	拟南芥	sp\|Q9CAN1\|RBL2_ARATH RHOMBOID-like protein 2	61.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LYP1`	拟南芥	sp\|Q9LYP1\|RBL3_ARATH RHOMBOID-like protein 3	55.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZ48`	拟南芥	sp\|Q8VZ48\|RBL6_ARATH RHOMBOID-like protein 6, mitochondrial	56.800%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情