TkA08G064600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G064600

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16481182-16484120 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1618 bp · TkA08G064600|TK1151|cDNA

TTGTGGAGAGTGCACATGAAAAAGAACAAAATGATATGCAACCATCTAGTTTGGGAGAAAATGGAAATTATCACTTTGTGATTGTTAACCCCAAGGATTCTGATGTTCAATCCAAGTCTCTTCTCCAAGAAATATTAAGCTTATACATGAAAGAACTACCATCAATGAACTATGCTGCAAATACCGGAAAGAAGTCAATGTTTCTTGATAGATGTGTATCCAACGGAAAGTATAACACATTGGTTTTAAAATCCAAGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1551 bp · TkA08G064600|TK1151|CDS

ATGCAACCATCTAGTTTGGGAGAAAATGGAAATTATCACTTTGTGATTGTTAACCCCAAGGATTCTGATGTTCAATCCAAGTCTCTTCTCCAAGAAATATTAAGCTTATACATGAAAGAACTACCATCAATGAACTATGCTGCAAATACCGGAAAGAAGTCAATGTTTCTTGATAGATGTGTATCCAACGGAAAGTATAACACATTGGTTTTAAAATCCAAGTCAGAAGAAGGTCCTGGAGAGGTTATTGGTGCAATTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

516 aa · TkA08G064600|TK1151|PROTEIN

MQPSSLGENGNYHFVIVNPKDSDVQSKSLLQEILSLYMKELPSMNYAANTGKKSMFLDRCVSNGKYNTLVLKSKSEEGPGEVIGAISFQIISADTQYAEVPLAAVSSIHQHKGIGNLIYLEMMKRLQSVGVHSIYCWADVESEGFWVKQGFVTVGQVDTKGKAKKLQIKSDIRKALCFPGGSTLMITHLQNQDSDNPSLSLKVSSLLSKSQEKSTNPAISQSQSQYLGDENVIPGCQDLVCVDSLECINTEKSQSQSQHP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G064600`
TK1151 ID	TkA08G064600
OH-1004 ID	LXL04_028925
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	25.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 34.302 / OH-1004 21.480 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G064600`
位置	Chr08:16481182-16484120 (+)
描述	Similar to Paxip1: PAX-interacting protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028925` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程 GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0043542 endothelial cell migration 生物过程 GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程 GO:1902749 regulation of cell cycle G2/M phase transition 生物过程 GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:513213 hsa:22976 mmu:55982 ssc:100144453 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.891

排名 1 · TkA08G064600 · TK1151

细胞质0.152

排名 2 · TkA08G064600 · TK1151

细胞膜0.040

排名 3 · TkA08G064600 · TK1151

内质网0.023

排名 4 · TkA08G064600 · TK1151

线粒体0.015

排名 5 · TkA08G064600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16589BRCT_212-27 aa

PF00583Acetyltransf_174-151 aa

PF13508Acetyltransf_777-152 aa

PF13673Acetyltransf_1080-156 aa

PF23209IDM1_C81-166 aa

PF30297UMAG_00792242-328 aa

PF16770RTT107_BRCT_5307-397 aa

PF00533BRCT326-385 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G064600	`PF16589`	BRCT_2	12	27	1.8e-17	64.2
TkA08G064600	`PF00583`	Acetyltransf_1	74	151	5.3e-05	24.2
TkA08G064600	`PF13508`	Acetyltransf_7	77	152	0.016	16.3
TkA08G064600	`PF13673`	Acetyltransf_10	80	156	0.0019	18.9
TkA08G064600	`PF23209`	IDM1_C	81	166	5.8e-05	23.9
TkA08G064600	`PF30297`	UMAG_00792	242	328	0.29	12.4
TkA08G064600	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	307	397	2.8e-10	40.7
TkA08G064600	`PF00533`	BRCT	326	385	2.1e-09	38.2
TkA08G064600	`PF16589`	BRCT_2	328	396	1.8e-17	64.2
TkA08G064600	`PF18428`	BRCT_3	332	354	0.032	15.0
TkA08G064600	`PF00533`	BRCT	423	500	2.1e-09	38.2
TkA08G064600	`PF16589`	BRCT_2	425	510	1.8e-17	64.2
TkA08G064600	`PF18428`	BRCT_3	426	505	0.032	15.0
TkA08G064600	`PF13673`	Acetyltransf_10	484	511	0.0019	18.9
TkA08G064600	`PF16770`	RTT107_BRCT_5	489	511	2.8e-10	40.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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