RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G060660
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 15530524-15532951 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1775 bp · TkA08G060660|TK1151|cDNA

CGGAGATGTATTGGAACTTTTTGATGGCGTTTTATAACATTTCTCCTTTGATTCTTTTTAACCACCAAAGCTCCAAAACCCTAAAACCCCTCCTACTGAGAAATTCTGTCAATGGCTTGTAATGGGACCGGATGCCAATCGGGGGGTTGCTATAAAGACAACGCCGGGGATGAAGATGAAAAATCGTCGACGGAGAAGAAGTTAAACGGTGATAATTGTGGCGATGGTAATCCCAATCGCCACCAGACGTTGTGCTTTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA08G060660|TK1151|CDS

ATGGCTTGTAATGGGACCGGATGCCAATCGGGGGGTTGCTATAAAGACAACGCCGGGGATGAAGATGAAAAATCGTCGACGGAGAAGAAGTTAAACGGTGATAATTGTGGCGATGGTAATCCCAATCGCCACCAGACGTTGTGCTTTAAATGTAAGGCATCCGAAGCCACAATCTTCACCGGCGGCGAAGGTGGCAGCCGATTCTGTGCTGATTGCTTCCGGAGCAACCTTTATGGAAAGTTTAAGCTTGCTGTTACTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

463 aa · TkA08G060660|TK1151|PROTEIN

MACNGTGCQSGGCYKDNAGDEDEKSSTEKKLNGDNCGDGNPNRHQTLCFKCKASEATIFTGGEGGSRFCADCFRSNLYGKFKLAVTSHAMISPTDKVLVAFSGGTSSRVALQFVSEMQLKSQKNFDATAIRDRSLPVFGVGVAFIDESEIHPIITSTDFNQSIQNIKEIVSNLSPPTKNLHLVPISNIYSTKTSNGSEQSKLKNLIKTVNDATGKEDLIAHLRMLSLQKIAIENGYTKLVLGSCTSRIACHVLSATVKGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G060660
TK1151 IDTkA08G060660
OH-1004 IDLXL04_018444
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G060660
位置Chr08:15530524-15532951 (+)
描述Similar to CTU2: Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g35910 在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZM73 在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。 暂无已核实直接文献
Os12g0588900 在 tRNA 的摇摆位点（tRNA(Lys)、tRNA(Glu) 和 tRNA(Gln)）的 mcm(5)S(2)U 的 2-硫化中起核心作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018444 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002098 tRNA wobble uridine modification 生物过程
GO:0002143 tRNA wobble position uridine thiolation 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0032447 protein urmylation 生物过程
GO:0034227 tRNA thio-modification 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分
GO:0000049 tRNA binding 分子功能
GO:0016779 nucleotidyltransferase activity 分子功能
GO:0016783 sulfurtransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G35910
dosa:Os12g0588900
dre:445166
hsa:348180
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.546
排名 1 · TkA08G060660 · TK1151
细胞核0.453
排名 2 · TkA08G060660 · TK1151
线粒体0.091
排名 3 · TkA08G060660 · TK1151
细胞膜0.054
排名 4 · TkA08G060660 · TK1151
内质网0.037
排名 5 · TkA08G060660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10288CTU223-52 aa
PF20097DUF648731-52 aa
PF29994NMD3_N35-81 aa
PF24734DUF768548-73 aa
PF00092VWA127-155 aa
PF00092VWA154-213 aa
PF10288CTU2313-401 aa
PF29994NMD3_N376-376 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G060660PF10288CTU223520.0001223.1
TkA08G060660PF20097DUF648731522.19.6
TkA08G060660PF29994NMD3_N35811.310.1
TkA08G060660PF24734DUF768548730.0116.5
TkA08G060660PF00092VWA1271550.1113.4
TkA08G060660PF00092VWA1542130.1113.4
TkA08G060660PF10288CTU23134010.0001223.1
TkA08G060660PF29994NMD3_N3763761.310.1
TkA08G060660PF20097DUF64873833962.19.6
TkA08G060660PF29994NMD3_N3954141.310.1
TkA08G060660PF20097DUF64874024172.19.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O65628拟南芥sp|O65628|CTU2_ARATH Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 256.400%Swiss-Prot高置信
A2ZM73水稻sp|A2ZM73|CTU2_ORYSI Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 247.200%Swiss-Prot中等置信
Q2QMW0水稻sp|Q2QMW0|CTU2_ORYSJ Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 247.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看