TkA08G058740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G058740

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 15014602-15018916 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2797 bp · TkA08G058740|TK1151|cDNA

CTGCAATTCACCGCCATTGCACCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTTCTCAACACCTTCTCTCACTAAATGACAGTTTTACAGAGAACAGCTCTTCGAAGATAGATCCAGAACCCTACTTATCTTTAGTGATCTCTTTGATTGGTTTCATATTCATAGGTTTATGCTTTTGATGGATAAACTGGTCGTACGCTTTTGATTATCTCGTAGAGCAGAGACTATTTTGTATCAAACAGTCCAAATCTTGCGCGAATTATGGATTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2187 bp · TkA08G058740|TK1151|CDS

ATGATTTGTCGCTGTAGATGCCTGTACTTCAGTGTATTTGCAATGTTGGTGTTTCTAGTTCCACAGAGCTCAGCGCATACTGATAATTCTGATGTTAGAGCTCTGCAAGATCTGTATAGGTCTTTCAATACTCCACCACAGCTCAAGGGATGGAAATCAAATGATGGTGATCCCTGTCAAGAATCATGGACTGGAATTACCTGTTCTGGTTCTTCAATCATCCAAATCAAACTTGACAATCTAAACATTACTGGAAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

728 aa · TkA08G058740|TK1151|PROTEIN

MICRCRCLYFSVFAMLVFLVPQSSAHTDNSDVRALQDLYRSFNTPPQLKGWKSNDGDPCQESWTGITCSGSSIIQIKLDNLNITGNLGYQLNDFHHLKQLDVSNNNIYGEIPYGLPLNLTHLNLACNNLSQYIPYSISSMKNLRHMNLSHNFLSGPVGNVFTGLSCLKEMDLSYNQFIGDLPSSFGTLRGLSRLFLQHNEFTGSVIFLADLQLSDLNIQDNHFSGIIPKQFQTIRNLWLGGNMFDRGDNSPPWDFPTENP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G058740`
TK1151 ID	TkA08G058740
OH-1004 ID	LXL04_018400
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.844 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G058740

位置 Chr08:15014602-15018916 (+)

描述 Similar to SRF2: Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06820`	STRUBBELIG-受体家族2蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g22130`	STRUBBELIG-受体家族 8 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g78980`	STRUBBELIG-受体家族 5 蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g53730`	蛋白 STRUBBELIG-受体家族 6。	暂无已核实直接文献
`At3g14350`	蛋白质 STRUBBELIG-受体家族 7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018400 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G78980

ath:AT3G14350

ath:AT4G22130

ath:AT5G06820

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.849

排名 1 · TkA08G058740 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA08G058740 · TK1151

细胞核0.074

排名 3 · TkA08G058740 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA08G058740 · TK1151

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · TkA08G058740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_228-69 aa

PF00560LRR_178-86 aa

PF12799LRR_479-107 aa

PF23598LRR_1485-168 aa

PF13855LRR_890-107 aa

PF25013LRR_Zer-191-150 aa

PF13516LRR_695-107 aa

PF13855LRR_896-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G058740	`PF08263`	LRRNT_2	28	69	8.7e-12	45.8
TkA08G058740	`PF00560`	LRR_1	78	86	2.4e-14	51.1
TkA08G058740	`PF12799`	LRR_4	79	107	1.9e-07	31.8
TkA08G058740	`PF23598`	LRR_14	85	168	0.0018	17.8
TkA08G058740	`PF13855`	LRR_8	90	107	2.2e-16	60.1
TkA08G058740	`PF25013`	LRR_Zer-1	91	150	0.00065	20.6
TkA08G058740	`PF13516`	LRR_6	95	107	0.03	15.1
TkA08G058740	`PF13855`	LRR_8	96	151	2.2e-16	60.1
TkA08G058740	`PF00560`	LRR_1	96	115	2.4e-14	51.1
TkA08G058740	`PF13855`	LRR_8	118	177	2.2e-16	60.1
TkA08G058740	`PF00560`	LRR_1	118	140	2.4e-14	51.1
TkA08G058740	`PF12799`	LRR_4	118	152	1.9e-07	31.8
TkA08G058740	`PF13516`	LRR_6	118	129	0.03	15.1
TkA08G058740	`PF23598`	LRR_14	123	200	0.0018	17.8
TkA08G058740	`PF13516`	LRR_6	141	151	0.03	15.1
TkA08G058740	`PF00560`	LRR_1	142	163	2.4e-14	51.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG24`	拟南芥	sp\|Q9FG24\|SRF2_ARATH Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6R2J8`	拟南芥	sp\|Q6R2J8\|SRF8_ARATH Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 8	42.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6R2K1`	拟南芥	sp\|Q6R2K1\|SRF5_ARATH Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 5	40.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9C8M9`	拟南芥	sp\|Q9C8M9\|SRF6_ARATH Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 6	43.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LUL4`	拟南芥	sp\|Q9LUL4\|SRF7_ARATH Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 7	34.500%	Swiss-Prot	中等置信

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