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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G058390
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 14934589-14936658 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1180 bp · TkA08G058390|TK1151|cDNA

ATCCAAACCGGATTATAACAAATAGAATTCATAATTTACGTCCGAGATATAATTCCCTCTTTTGGCTGCGAGATTCCCTTTACCACGCCGTTCTTCATTGTCGCCCTAGGGTTTTTGGAATCGATCGATTTGAAGTCTTTTTAGGTTTCATTTAACAAATCGGTTGATTCTATCTGTTAACTGAGCCATGGATAGTCGGAAGAGAGGGTGGCCTGAAGCTAAAGCCAATGGCGGTTTAAAGAAATTCAAGCCAGAATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA08G058390|TK1151|CDS

ATGGATAGTCGGAAGAGAGGGTGGCCTGAAGCTAAAGCCAATGGCGGTTTAAAGAAATTCAAGCCAGAATCGAAGTTGGTCGGAAGCAAATCAAAGCCTTGCATGAAGTTTTTCAGCATGGATGGGTGTCCATTTGGCGAAAAGTGTCACTTCCTCCATTTCTTCCCGGGAGGCTACAACGCGGTGGCACAAATGATGAACCTCCCATCCACCACCACCGCCACCACCAACACCGCCACCGCCCCACCACCAACCGCCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

290 aa · TkA08G058390|TK1151|PROTEIN

MDSRKRGWPEAKANGGLKKFKPESKLVGSKSKPCMKFFSMDGCPFGEKCHFLHFFPGGYNAVAQMMNLPSTTTATTNTATAPPPTATKSKLCNKFNTAEGCKFGDKCHFAHGQWEIGKPITAPPPHDDHHHHPRTTLPPTATTRFTAPQQPQPPPVAASFGASATAKISIDASLAGTIIGKGGVNSKQICWKTGAKLSIRDHESDLNLKNIELEGTFDQIKEASAMVRELILSASLDSGGQLVKPLQSGGPMGMGNKKTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G058390
TK1151 IDTkA08G058390
OH-1004 IDLXL04_018391
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G058390
位置Chr08:14934589-14936658 (-)
描述Similar to Os02g0194200: Zinc finger CCCH domain-containing protein 14
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g06770 含锌指CCCH结构域的蛋白52。 暂无已核实直接文献
At3g12130 含锌指CCCH结构域的蛋白质36。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0194200 含锌指CCCH结构域的蛋白质14。 暂无已核实直接文献
Os04g0665700 含锌指CCCH结构域蛋白31。 暂无已核实直接文献
Os06g0618100 含锌指CCCH结构域蛋白44。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0051252 regulation of RNA metabolic process 生物过程
GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G12130
ath:AT5G06770
dosa:Os02g0194200
dosa:Os04g0665700
dosa:Os06g0618100
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.818
排名 1 · TkA08G058390 · TK1151
细胞质0.273
排名 2 · TkA08G058390 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkA08G058390 · TK1151
内质网0.028
排名 4 · TkA08G058390 · TK1151
线粒体0.022
排名 5 · TkA08G058390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642zf-CCCH30-53 aa
PF25542zf-CCCH_1230-53 aa
PF16131Torus31-60 aa
PF15663zf-CCCH_331-53 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L32-53 aa
PF20992CBP66_2nd32-53 aa
PF14625Lustrin_cystein32-51 aa
PF18044zf-CCCH_433-53 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G058390PF00642zf-CCCH30538.8e-1967.7
TkA08G058390PF25542zf-CCCH_1230530.08113.3
TkA08G058390PF16131Torus31601.3e-0629.7
TkA08G058390PF15663zf-CCCH_331531.110.2
TkA08G058390PF25585zf-CCCH_DUS3L32538.5e-1245.5
TkA08G058390PF20992CBP66_2nd32530.06813.9
TkA08G058390PF14625Lustrin_cystein32518.27.5
TkA08G058390PF18044zf-CCCH_433531e-1454.6
TkA08G058390PF14608zf-CCCH_233537.5e-0833.3
TkA08G058390PF29102Su_sable_N35590.8410.7
TkA08G058390PF18345zf_CCCH_436534.5e-1349.5
TkA08G058390PF25261zf-CCCH_PARP1236550.4711.4
TkA08G058390PF08352oligo_HPY37510.0003921.5
TkA08G058390PF19242Zn_finger_prot40500.06113.8
TkA08G058390PF23261zf-CCCH_1142530.006816.7
TkA08G058390PF16131Torus861111.3e-0629.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FG30拟南芥sp|Q9FG30|C3H52_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5246.000%Swiss-Prot中等置信
Q9C7C3拟南芥sp|Q9C7C3|C3H36_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3644.600%Swiss-Prot中等置信
Q7F8R0水稻sp|Q7F8R0|C3H14_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 1454.100%Swiss-Prot高置信
Q7XPK1水稻sp|Q7XPK1|C3H31_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3151.800%Swiss-Prot高置信
Q69XQ3水稻sp|Q69XQ3|C3H44_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4451.400%Swiss-Prot高置信

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