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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G050820
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 12965701-12969353 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2691 bp · TkA08G050820|TK1151|cDNA

AAATATTATGTAAAAAATTAACAAACGGGAGTACCATTATGAAATTGAAACGAACCAGAAAGAATGACAACATAGTAGAAAACGATGAAAGTTACTGGAGCTAACTCACTCTATAACAACAGCCGAGCCGCGCCGATCCGGTATTGTTAACTCGTTTCCAGCTAACACTTTGCCAAAAACAGAATAATCACTAAACCCTGGTTACTTGTTAGGTTAAGCTCGAACCAGCCGCGCCACTCTCCAACAAAAGGCCAAAGCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1944 bp · TkA08G050820|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGAAGGAGAAAAAGGTGGATTGATGCAAAATTTGATTGATATCGTAAACGAGATATCTGCAATCTCCGACTACCGGTATACCGTGAAGAAGCTTTTCTCTAATCTAGCTAGGAGGGTAAAGCTTTTAATTCCACTGTTTGAAGAAATCCGTGATATTAATGAGCCACTCCCTGATTGCTCTCATGAAGCCTTGGTTTCGTTAATGGAGGCTATGGAATCTGCTAAGGAATTGCTTCGCATCGGGAGTGAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

647 aa · TkA08G050820|TK1151|PROTEIN

MAEEGEKGGLMQNLIDIVNEISAISDYRYTVKKLFSNLARRVKLLIPLFEEIRDINEPLPDCSHEALVSLMEAMESAKELLRIGSEGSKIYLVLERDQIMTRYHEITAGLEQHITGISFNNLDISDEVKEQVELVLAQFKRAKGRIDTPDIQLYEDLSSLYNKDINEEEEDPAVLNRLAENLHLTEITDLTNESIALHEMVTLTGDPEETIEKMSLLLKRIKDFIQTETPVLEASTDLPSCTLVKNHKNSIIPDDFRCPI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G050820
TK1151 IDTkA08G050820
OH-1004 IDLXL04_017790
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G050820
位置Chr08:12965701-12969353 (+)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g54850 与特定的 E2 泛素结合酶一起发挥 E3 泛素连接酶的作用。
Structure and biochemical function of a prototypical Arabidopsis U-box domain.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m405057200

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
ath:AT3G54850
dosa:Os12g0570000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.603
排名 1 · TkA08G050820 · TK1151
细胞核0.311
排名 2 · TkA08G050820 · TK1151
细胞膜0.222
排名 3 · TkA08G050820 · TK1151
高尔基体0.063
排名 4 · TkA08G050820 · TK1151
内质网0.058
排名 5 · TkA08G050820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27248MJ1674_2nd19-52 aa
PF25240PUB2_N30-105 aa
PF22215MLKL_N30-114 aa
PF25368PUB10_N32-143 aa
PF13445zf-RING_UBOX56-64 aa
PF25598ARM_PUB165-211 aa
PF27248MJ1674_2nd167-225 aa
PF04564U-box252-322 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G050820PF27248MJ1674_2nd19526.58.1
TkA08G050820PF25240PUB2_N301050.02415.3
TkA08G050820PF22215MLKL_N301140.02914.6
TkA08G050820PF25368PUB10_N321432.1e-34119.5
TkA08G050820PF13445zf-RING_UBOX56641.1e-0526.1
TkA08G050820PF25598ARM_PUB1652113.3e-29103.0
TkA08G050820PF27248MJ1674_2nd1672256.58.1
TkA08G050820PF04564U-box2523221.9e-2383.1
TkA08G050820PF11789zf-Nse2552950.0002221.7
TkA08G050820PF13923zf-C3HC4_22572950.002618.2
TkA08G050820PF13639zf-RING_22572940.0714.1
TkA08G050820PF13445zf-RING_UBOX2582941.1e-0526.1
TkA08G050820PF15227zf-C3HC4_42582940.0007220.3
TkA08G050820PF00097zf-C3HC42582950.007516.8
TkA08G050820PF12678zf-rbx12752940.0813.9
TkA08G050820PF04564U-box3393581.9e-2383.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SNC6拟南芥sp|Q9SNC6|PUB13_ARATH U-box domain-containing protein 1362.300%Swiss-Prot高置信
Q9ZV31拟南芥sp|Q9ZV31|PUB12_ARATH U-box domain-containing protein 1252.000%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ40拟南芥sp|Q8VZ40|PUB14_ARATH U-box domain-containing protein 1447.100%Swiss-Prot中等置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1157.100%Swiss-Prot中等置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1157.100%Swiss-Prot中等置信

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