TkA08G049080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G049080

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 12480814-12482404 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · TkA08G049080|TK1151|cDNA

ATGGAGTATGTGGGATCAACAACTAAAATCACTGATTTAGAGGACAATAAGGAAGAGTCGGTTGTTTGGCCTTTGATGGTAGTGGTAGCCAACATTCCATTTGAACACAAGGATGATTTTTATTTGGATGATGGTTTTTTGGGTGATAGTGCTAAGAATCTAAAGGATGAGTGGATAAAAGATGGGTACAAACCCGTAAAAGTTTATCCATTGTGGAGCTCTTTGGGACACTCAGGATTTGCTATTGTTGAATTTGGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkA08G049080|TK1151|CDS

ATGGAGTATGTGGGATCAACAACTAAAATCACTGATTTAGAGGACAATAAGGAAGAGTCGGTTGTTTGGCCTTTGATGGTAGTGGTAGCCAACATTCCATTTGAACACAAGGATGATTTTTATTTGGATGATGGTTTTTTGGGTGATAGTGCTAAGAATCTAAAGGATGAGTGGATAAAAGATGGGTACAAACCCGTAAAAGTTTATCCATTGTGGAGCTCTTTGGGACACTCAGGATTTGCTATTGTTGAATTTGGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · TkA08G049080|TK1151|PROTEIN

MEYVGSTTKITDLEDNKEESVVWPLMVVVANIPFEHKDDFYLDDGFLGDSAKNLKDEWIKDGYKPVKVYPLWSSLGHSGFAIVEFGQELDGFNNTKMFVNDFEVDKHGRKDWYNSNRCIDDNKLYAWIANDEDYYSSGIVGVFLRKNGILKAVSTIEKENEVKNINVILGLKTRLEEMSETTKEIQSQVSTTNSHVDFFMKQNVILIQNFNKDLKKLQEKGKKIITKLQHEDGDKKMRDNEKLGKQITELQKKVDDKELE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G049080`
TK1151 ID	TkA08G049080
OH-1004 ID	LXL04_017806
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	80.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.813 / OH-1004 37.363 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G049080

位置 Chr08:12480814-12482404 (-)

描述 Similar to FDM4: Factor of DNA methylation 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13790`	与 FDM3 和 FDM5 联合作用，实现 RNA 指导的 DNA 甲基化。	A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017806 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13790

ath:AT3G12550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.628

排名 1 · TkA08G049080 · TK1151

细胞核0.333

排名 2 · TkA08G049080 · TK1151

细胞膜0.076

排名 3 · TkA08G049080 · TK1151

内质网0.045

排名 4 · TkA08G049080 · TK1151

线粒体0.036

排名 5 · TkA08G049080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03468XS18-135 aa

PF20302HisK-N-like154-205 aa

PF30671CCDC170_1st157-315 aa

PF00435Spectrin158-195 aa

PF25481Nucleoprot-TPR164-197 aa

PF28006HpsJ167-304 aa

PF08941USP8_interact172-221 aa

PF26095CC_Bre1172-193 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G049080	`PF03468`	XS	18	135	3.6e-29	102.1
TkA08G049080	`PF20302`	HisK-N-like	154	205	8.6	7.3
TkA08G049080	`PF30671`	CCDC170_1st	157	315	0.00058	20.1
TkA08G049080	`PF00435`	Spectrin	158	195	0.1	13.8
TkA08G049080	`PF25481`	Nucleoprot-TPR	164	197	9.8	7.0
TkA08G049080	`PF28006`	HpsJ	167	304	5.2	7.4
TkA08G049080	`PF08941`	USP8_interact	172	221	0.38	11.2
TkA08G049080	`PF26095`	CC_Bre1	172	193	2.0	9.4
TkA08G049080	`PF16515`	HIP1_clath_bdg	173	225	5.7	8.1
TkA08G049080	`PF23323`	Spectrin_6	176	263	4.6	8.2
TkA08G049080	`PF08840`	BAAT_C	178	298	1.6	9.4
TkA08G049080	`PF03468`	XS	203	219	3.6e-29	102.1
TkA08G049080	`PF00435`	Spectrin	207	300	0.1	13.8
TkA08G049080	`PF26095`	CC_Bre1	207	265	2.0	9.4
TkA08G049080	`PF27241`	CLIP1	209	311	4.2	8.1
TkA08G049080	`PF19443`	DAHL	212	327	0.051	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMH6`	拟南芥	sp\|Q9LMH6\|FDM4_ARATH Factor of DNA methylation 4	32.100%	Swiss-Prot	中等置信

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