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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G048770
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 12411814-12412752 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

672 bp · TkA08G048770|TK1151|cDNA

ATGTTGACGATGAGATGCAAGTTGATAGATGATCAAAAGATAGAGATAGAAAAGCTTGAGACCCAAAATTTGGAGCTTCAAAAGAAGCTTGATGATAAGCAGAAGTGGGAACAGGAGATTCACCAAATGAAGGAAGACATTGGAGCAATGAAAAACCTCACAGATGAAAATGTCGAATCAAAGAAGAAAATCGAGTCCATTCTACAACAACTCGAGGAAAAAACCGTGGACCTTGAACACTCGGAATTACTTAACCAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

672 bp · TkA08G048770|TK1151|CDS

ATGTTGACGATGAGATGCAAGTTGATAGATGATCAAAAGATAGAGATAGAAAAGCTTGAGACCCAAAATTTGGAGCTTCAAAAGAAGCTTGATGATAAGCAGAAGTGGGAACAGGAGATTCACCAAATGAAGGAAGACATTGGAGCAATGAAAAACCTCACAGATGAAAATGTCGAATCAAAGAAGAAAATCGAGTCCATTCTACAACAACTCGAGGAAAAAACCGTGGACCTTGAACACTCGGAATTACTTAACCAAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

223 aa · TkA08G048770|TK1151|PROTEIN

MLTMRCKLIDDQKIEIEKLETQNLELQKKLDDKQKWEQEIHQMKEDIGAMKNLTDENVESKKKIESILQQLEEKTVDLEHSELLNQVLTVKERQTNDDGLQDARKELIAGWKESPHARRSIIGVKRLGELDEKPFVEAAKRYRSSKTGQYGICLVSLWEDSLRDPSWHPFKVVTIEGEIKEVLDEEDEKLSTLKAEHDDAVYNAVVTPLKELNFYNPSGRCPC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G048770
TK1151 IDTkA08G048770
OH-1004 IDLXL04_017810
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)81.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.861 / OH-1004 50.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G048770
位置Chr08:12411814-12412752 (-)
描述Similar to FDM3: Factor of DNA methylation 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g12550 与 FDM4 和 FDM5 关联，参与 RNA 导向的 DNA 甲基化 (RdDM)。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
At1g15910 与 IDN2 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At3g48670 与 FDM1/IDNL1 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，该复合物对 RNA 定向 DNA 甲基化（RdDM）是必需的，并在 RdDM 通路的下游步骤以及小干扰 RNA（siRNA）形成的下游发挥功能。
IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690
An SGS3-like protein functions in RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04130.x
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
IDN2 has a role downstream of siRNA formation in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.4161/epi.21237
A SWI/SNF chromatin-remodeling complex acts in noncoding RNA-mediated transcriptional silencing.2013 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.11.011
RNA-directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long non-coding RNA.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12563
Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
At4g00380 与 IDN2 和 FDM1/IDNL1 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At1g80790 与 FDM3 和 FDM4 联合作用，实现 RNA 指导的 DNA 甲基化。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017810 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能
GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13790
ath:AT1G15910
ath:AT3G12550
ath:AT4G00380
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.599
排名 1 · TkA08G048770 · TK1151
细胞核0.474
排名 2 · TkA08G048770 · TK1151
细胞膜0.041
排名 3 · TkA08G048770 · TK1151
内质网0.032
排名 4 · TkA08G048770 · TK1151
线粒体0.025
排名 5 · TkA08G048770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30966At4g38062_C2-106 aa
PF27558MTUS1_CCDC69_CC23-37 aa
PF05622HOOK10-93 aa
PF03726PNPase15-76 aa
PF10186ATG1417-117 aa
PF08602Mgr117-84 aa
PF23323Spectrin_618-54 aa
PF09340NuA425-47 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G048770PF30966At4g38062_C21060.01615.0
TkA08G048770PF27558MTUS1_CCDC69_CC23370.06314.2
TkA08G048770PF05622HOOK10931.97.9
TkA08G048770PF03726PNPase15764.08.7
TkA08G048770PF10186ATG14171170.01115.5
TkA08G048770PF08602Mgr117846.36.2
TkA08G048770PF23323Spectrin_618540.411.6
TkA08G048770PF09340NuA425477.07.3
TkA08G048770PF03469XH33461.3e-31110.0
TkA08G048770PF27558MTUS1_CCDC69_CC238880.06314.2
TkA08G048770PF23323Spectrin_638800.411.6
TkA08G048770PF14206Cys_rich_CPCC42530.1812.3
TkA08G048770PF09340NuA456817.07.3
TkA08G048770PF03726PNPase801104.08.7
TkA08G048770PF08602Mgr11191446.36.2
TkA08G048770PF03469XH1252221.3e-31110.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LHB1拟南芥sp|Q9LHB1|FDM3_ARATH Factor of DNA methylation 341.700%Swiss-Prot中等置信
Q9S9P3拟南芥sp|Q9S9P3|FDM1_ARATH Factor of DNA methylation 142.600%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ79拟南芥sp|Q8VZ79|IDN2_ARATH Protein INVOLVED IN DE NOVO 241.700%Swiss-Prot中等置信
F4JH53拟南芥sp|F4JH53|FDM2_ARATH Factor of DNA methylation 241.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SAI1拟南芥sp|Q9SAI1|FDM5_ARATH Factor of DNA methylation 539.600%Swiss-Prot中等置信

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