TkA08G042900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G042900

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10959748-10960685 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

917 bp · TkA08G042900|TK1151|cDNA

AAGCTTATAGCACTCGCACTCGCCTTCTCCGCCTTTGTAGCCTTGGCTTCCGCCCAAACCACCATCTTCATCACCACAATCGAGGACGACAACCCAGTCTCCAGGCAGCAATGCAGCCGACGGATCCAGGGAGAAAGATTCAATCAGTGCCAGAGCTGGTATGAAGAAGACAACCGGAGTCAAATGCAGGGCGGCCAGCTCCAGTCTTGCTGCCAAGAGCTCCAAAACGTGGAGGAGCAGTGCCAGTGCGAGGCTGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · TkA08G042900|TK1151|CDS

AAGCTTATAGCACTCGCACTCGCCTTCTCCGCCTTTGTAGCCTTGGCTTCCGCCCAAACCACCATCTTCATCACCACAATCGAGGACGACAACCCAGTCTCCAGGCAGCAATGCAGCCGACGGATCCAGGGAGAAAGATTCAATCAGTGCCAGAGCTGGTATGAAGAAGACAACCGGAGTCAAATGCAGGGCGGCCAGCTCCAGTCTTGCTGCCAAGAGCTCCAAAACGTGGAGGAGCAGTGCCAGTGCGAGGCTGTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

271 aa · TkA08G042900|TK1151|PROTEIN

KLIALALAFSAFVALASAQTTIFITTIEDDNPVSRQQCSRRIQGERFNQCQSWYEEDNRSQMQGGQLQSCCQELQNVEEQCQCEAVKEAFRQAQRMQQQQQGQQGGSYGSQQIRQMKQKAQNLPNQCQLQTKQCQVGSITFTSTTTIPEEDTRGSQMCQHIRGRRFNQCQDYVERQLSGYSGSTLLMSVSRKQSRGVEQCCNELENVEEECQCEAMKEVYRQTQQTQQQQQGRRQQGGRQFQSQDLQQIVQNLRNQCNLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G042900`
TK1151 ID	TkA08G042900
OH-1004 ID	LXL04_017890
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.286 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G042900`
位置	Chr08:10959748-10960685 (+)
描述	Similar to HAG5: 2S seed storage protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017890` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0031640 killing of cells of another organism 生物过程 GO:0050832 defense response to fungus 生物过程 GO:0000322 storage vacuole 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0033095 aleurone grain 细胞组分 GO:0045735 nutrient reservoir activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G54740 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.510

排名 1 · TkA08G042900 · TK1151

细胞质0.287

排名 2 · TkA08G042900 · TK1151

细胞核0.134

排名 3 · TkA08G042900 · TK1151

内质网0.094

排名 4 · TkA08G042900 · TK1151

溶酶体／液泡0.084

排名 5 · TkA08G042900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15136UPF044916-82 aa

PF00234Tryp_alpha_amyl47-134 aa

PF28749YPL108W_C53-82 aa

PF09787Golgin_A559-135 aa

PF22281DUF695962-101 aa

PF19522DUF605263-93 aa

PF05617Prolamin_like68-99 aa

PF00594Gla77-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G042900	`PF15136`	UPF0449	16	82	0.0013	19.9
TkA08G042900	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	47	134	1.2e-09	39.0
TkA08G042900	`PF28749`	YPL108W_C	53	82	0.27	11.9
TkA08G042900	`PF09787`	Golgin_A5	59	135	3.6	7.8
TkA08G042900	`PF22281`	DUF6959	62	101	4.9	8.2
TkA08G042900	`PF19522`	DUF6052	63	93	4.4	8.4
TkA08G042900	`PF05617`	Prolamin_like	68	99	0.0046	17.8
TkA08G042900	`PF00594`	Gla	77	97	1.3	10.0
TkA08G042900	`PF15136`	UPF0449	87	127	0.0013	19.9
TkA08G042900	`PF15136`	UPF0449	141	174	0.0013	19.9
TkA08G042900	`PF28749`	YPL108W_C	164	212	0.27	11.9
TkA08G042900	`PF19522`	DUF6052	188	220	4.4	8.4
TkA08G042900	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	191	264	1.2e-09	39.0
TkA08G042900	`PF09787`	Golgin_A5	192	255	3.6	7.8
TkA08G042900	`PF05617`	Prolamin_like	198	223	0.0046	17.8
TkA08G042900	`PF22281`	DUF6959	199	232	4.9	8.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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