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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G040440
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 10276721-10282423 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2741 bp · TkA08G040440|TK1151|cDNA

CGCCCCTAGATTTTTGTGAGGTTGAGGGTGATGTGGTATGGACGTTCGTGTTCTAACGTCCAACCCACCACACCTAATAGCGTAAGCCCTCTTCTCAGATCACACGTTCACTGAAACCCAAACCCCACATTCATCCTTAAACTTTCAGGCATCTCTGCTCACTACTGCCAGACTCCCCCGACTCGAATCTCGAAGGATTTATGGATGCTTCTGTGATGGAAAAACTACTTAGATGTGCTTCCTACTCTCCTCTCCACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2391 bp · TkA08G040440|TK1151|CDS

ATGGATGCTTCTGTGATGGAAAAACTACTTAGATGTGCTTCCTACTCTCCTCTCCACACTCCTAAACTCACATCTACTCACAATTTTGAATTCCGAAATCCTAATATACATATGAAATGGCGTACTCGGAAGAACAACAATGCCGTAAATGCAAGCAAAGGAGGAGGTGGAGAAGTGGATACGGCGGTGGTGGAAAAGGACAAGCCGAAAGTACTGCCGCGGCGATTTCAGATTTTACAGGGTTCTCCGATGCCGTTTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

796 aa · TkA08G040440|TK1151|PROTEIN

MDASVMEKLLRCASYSPLHTPKLTSTHNFEFRNPNIHMKWRTRKNNNAVNASKGGGGEVDTAVVEKDKPKVLPRRFQILQGSPMPFGATAQEDGVNFAIYSRNATSATLCLMTPSDLPEKRITEQIPLDQLTNKTGDVWHVFLKGDFTDMLYGYKFSGDFSPEEGHYYDSSRILLDPYAKAVLSREEFGVLGPDDDCWSQMACKVPSNHEFDWEGDLPLSFAQRDLVIYEMHVRGFTRHESSKTESPGTYLGVVDKLDHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G040440
TK1151 IDTkA08G040440
OH-1004 IDLXL04_017919
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.372 / OH-1004 81.884
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G040440
位置Chr08:10276721-10282423 (+)
描述Similar to ISA1: Isoamylase 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g39930 参与前支链淀粉链的修剪。 暂无已核实直接文献
At4g09020 参与淀粉分解代谢。
Evidence for distinct mechanisms of starch granule breakdown in plants.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m513661200
Further evidence for the mandatory nature of polysaccharide debranching for the aggregation of semicrystalline starch and for overlapping functions of debranching enzymes in Arabidopsis leaves.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.129379
Starch granule biosynthesis in Arabidopsis is abolished by removal of all debranching enzymes but restored by the subsequent removal of an endoamylase.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063487

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0520900 淀粉脱支酶参与胚乳中支链淀粉的生物合成。
Complementation of sugary-1 phenotype in rice endosperm with the wheat isoamylase1 gene supports a direct role for isoamylase1 in amylopectin biosynthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.051359
Structural and enzymatic characterization of the isoamylase1 homo-oligomer and the isoamylase1-isoamylase2 hetero-oligomer from rice endosperm.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0331-z
Functional diversity of isoamylase oligomers: the ISA1 homo-oligomer is essential for amylopectin biosynthesis in rice endosperm.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.173435
Os09g0469400 淀粉脱支酶，在夜间降解叶片中的瞬时淀粉，促进胚乳中含有复合颗粒的球形淀粉体的形成，并影响质体的形态特征。
Rice debranching enzyme isoamylase3 facilitates starch metabolism and affects plastid morphogenesis.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr058
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005983 starch catabolic process 生物过程
GO:0009660 amyloplast organization 生物过程
GO:0010021 amylopectin biosynthetic process 生物过程
GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程
GO:0009501 amyloplast 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009569 chloroplast starch grain 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0010368 chloroplast isoamylase complex 细胞组分
GO:0043033 isoamylase complex 细胞组分
GO:0019156 isoamylase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39930
ath:AT4G09020
dosa:Os08g0520900
dosa:Os09g0469400
zma:542318
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.931
排名 1 · TkA08G040440 · TK1151
细胞质0.067
排名 2 · TkA08G040440 · TK1151
线粒体0.050
排名 3 · TkA08G040440 · TK1151
过氧化物酶体0.037
排名 4 · TkA08G040440 · TK1151
细胞膜0.037
排名 5 · TkA08G040440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02922CBM_4885-179 aa
PF02922CBM_48190-235 aa
PF00128Alpha-amylase239-352 aa
PF02638GHL10325-418 aa
PF00128Alpha-amylase387-434 aa
PF00128Alpha-amylase593-640 aa
PF21156ISOA1-3_C683-786 aa
PF02922CBM_48683-705 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G040440PF02922CBM_48851791.5e-1764.4
TkA08G040440PF02922CBM_481902351.5e-1764.4
TkA08G040440PF00128Alpha-amylase2393528.5e-2175.4
TkA08G040440PF02638GHL103254180.1112.3
TkA08G040440PF00128Alpha-amylase3874348.5e-2175.4
TkA08G040440PF00128Alpha-amylase5936408.5e-2175.4
TkA08G040440PF21156ISOA1-3_C6837862.6e-48163.3
TkA08G040440PF02922CBM_486837051.5e-1764.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O04196拟南芥sp|O04196|ISOA1_ARATH Isoamylase 1, chloroplastic72.100%Swiss-Prot高置信
Q9M0S5拟南芥sp|Q9M0S5|ISOA3_ARATH Isoamylase 3, chloroplastic46.400%Swiss-Prot中等置信
D0TZF0水稻sp|D0TZF0|ISOA1_ORYSJ Isoamylase 1, chloroplastic71.000%Swiss-Prot高置信
B9G434水稻sp|B9G434|ISOA3_ORYSJ Isoamylase 3, chloroplastic46.800%Swiss-Prot中等置信

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