TkA08G037840 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G037840

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 9653441-9655847 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1843 bp · TkA08G037840|TK1151|cDNA

AAAAAAAAAAAACAAGTACACATACGCATGATTTTTGATATACAGATCCCTCTTTGTCAAACCCCTCCTTCATAAAAACCCTAGGTCGCACAAACGCACACTCATGGCTTCCACCATACCCTCAGGCAATGGCACCGTCGCGGTAGCATTAAAATCGGAGACAGAATCTGCGACTACTGCCATCGCCGTCTCAGAAGCGGCTCTTGGCACCGAGATGGAGCCGCCGGGTAAAAATCCCCTGGCTACCGATTCCGCTCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · TkA08G037840|TK1151|CDS

ATGGCTTCCACCATACCCTCAGGCAATGGCACCGTCGCGGTAGCATTAAAATCGGAGACAGAATCTGCGACTACTGCCATCGCCGTCTCAGAAGCGGCTCTTGGCACCGAGATGGAGCCGCCGGGTAAAAATCCCCTGGCTACCGATTCCGCTCTATCGGAGGAGAAGAAGTGGCCTGGATGGCCTGGGGACTGCGTTTTCCGACTCATTGTGCCGGTGCTTAAAGTCGGGAGTATAATTGGCCGGAAAGGAGATATAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

478 aa · TkA08G037840|TK1151|PROTEIN

MASTIPSGNGTVAVALKSETESATTAIAVSEAALGTEMEPPGKNPLATDSALSEEKKWPGWPGDCVFRLIVPVLKVGSIIGRKGDIIRKMCEDTKARIRVLDAPVGTPDRIVLISGKEETDAPLSPAMDAVIRVFKRINGFPENEGESIASVPFCSIRLLVPSMQAISLIGKQGSTIKSVQESTGCQVRVLSGDDVAAISANSEERIVDMQGEAIKVLKALEAVVGHLRRFLVDRSVLPLFEKTNNVSTPTQEPQVETWA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G037840`
TK1151 ID	TkA08G037840
OH-1004 ID	LXL04_017958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.423 / OH-1004 91.232 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G037840

位置 Chr08:9653441-9655847 (-)

描述 Similar to PEP: RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26000`	调控营养生长和雌蕊发育。	暂无已核实直接文献
`At3g04610`	通过抑制FLC表达及其转录后修饰，正向调控开花。	暂无已核实直接文献
`At5g64390`	在第三轮花器官的身份和花的决定性中发挥作用，通过特异性促进AGAMOUS (AG) 前mRNA的剪接处理。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0009299 mRNA transcription 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0048367 shoot system development 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048577 negative regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04610

ath:AT4G18375

ath:AT4G26000

mmu:59093

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.889

排名 1 · TkA08G037840 · TK1151

细胞质0.219

排名 2 · TkA08G037840 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA08G037840 · TK1151

内质网0.015

排名 4 · TkA08G037840 · TK1151

溶酶体／液泡0.013

排名 5 · TkA08G037840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00013KH_167-119 aa

PF13083KH_KhpA-B71-88 aa

PF07650KH_275-102 aa

PF16005MOEP1975-95 aa

PF13184KH_NusA_1st75-101 aa

PF22675KH-I_KHDC4-BBP76-101 aa

PF22891KH_PNO1_2nd76-105 aa

PF24668KH_Vigilin85-119 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G037840	`PF00013`	KH_1	67	119	2.3e-39	133.7
TkA08G037840	`PF13083`	KH_KhpA-B	71	88	0.006	17.2
TkA08G037840	`PF07650`	KH_2	75	102	4.4e-06	27.1
TkA08G037840	`PF16005`	MOEP19	75	95	0.12	13.1
TkA08G037840	`PF13184`	KH_NusA_1st	75	101	0.25	12.3
TkA08G037840	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	76	101	2e-08	34.7
TkA08G037840	`PF22891`	KH_PNO1_2nd	76	105	0.02	15.5
TkA08G037840	`PF24668`	KH_Vigilin	85	119	0.27	11.8
TkA08G037840	`PF00013`	KH_1	157	224	2.3e-39	133.7
TkA08G037840	`PF16005`	MOEP19	161	181	0.12	13.1
TkA08G037840	`PF07650`	KH_2	164	196	4.4e-06	27.1
TkA08G037840	`PF22675`	KH-I_KHDC4-BBP	169	190	2e-08	34.7
TkA08G037840	`PF13083`	KH_KhpA-B	169	181	0.006	17.2
TkA08G037840	`PF21800`	KH_KRR1_2nd	169	199	0.012	16.3
TkA08G037840	`PF22891`	KH_PNO1_2nd	169	199	0.02	15.5
TkA08G037840	`PF13184`	KH_NusA_1st	169	190	0.25	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZH4`	拟南芥	sp\|Q9SZH4\|PEP_ARATH RNA-binding KH domain-containing protein PEPPER	57.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SR13`	拟南芥	sp\|Q9SR13\|FLK_ARATH Flowering locus K homology domain	45.000%	Swiss-Prot	中等置信
`F4KDN0`	拟南芥	sp\|F4KDN0\|HEN4_ARATH KH domain-containing protein HEN4	29.000%	Swiss-Prot	低置信

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