TkA08G029490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G029490

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 7543172-7543735 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

534 bp · TkA08G029490|TK1151|cDNA

ATGCCAAACCCCAATCGCCACCACAATCTTGACACCCAACACCGCCATGACCACGCCAACAGCAACACCCCGTCACCACCCAAACCCAGCCCCAAACTCCTCTCCATCTTCCTTAAAATTATTGTCATGTTCCTTATTCTATCCCTATTCCTCCTCTTCCTTGGTCTTGCCGCCATCCTCCTACTCCTCGCCGGCTCCTTTCTCCACCGCCGCCAACGCCTCCTCCTCCGCTCAACCCCAGACATACAGAACCACCTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

534 bp · TkA08G029490|TK1151|CDS

ATGCCAAACCCCAATCGCCACCACAATCTTGACACCCAACACCGCCATGACCACGCCAACAGCAACACCCCGTCACCACCCAAACCCAGCCCCAAACTCCTCTCCATCTTCCTTAAAATTATTGTCATGTTCCTTATTCTATCCCTATTCCTCCTCTTCCTTGGTCTTGCCGCCATCCTCCTACTCCTCGCCGGCTCCTTTCTCCACCGCCGCCAACGCCTCCTCCTCCGCTCAACCCCAGACATACAGAACCACCTACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

177 aa · TkA08G029490|TK1151|PROTEIN

MPNPNRHHNLDTQHRHDHANSNTPSPPKPSPKLLSIFLKIIVMFLILSLFLLFLGLAAILLLLAGSFLHRRQRLLLRSTPDIQNHLPPFQYPPPEKSPAAAASSSDDCSICLEYFNVGEICRVLPVCDHVFHARCVDKWLTKVPNCPICRTRVRLDDAAPFDSMISDDETKFFWHSA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G029490`
TK1151 ID	TkA08G029490
OH-1004 ID	LXL04_028287
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	45.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.305 / OH-1004 93.583 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G029490

位置 Chr08:7543172-7543735 (+)

描述 Similar to ATL56: RING-H2 finger protein ATL56

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18773`	RING-H2 指蛋白 ATL77。	暂无已核实直接文献
`At4g09100`	RING-H2 指蛋白 ATL39。	暂无已核实直接文献
`At2g35000`	E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。	暂无已核实直接文献
`At4g11360`	当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0535400`	在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028287 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031982 vesicle 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18670

ath:AT2G42360

ath:AT3G18930

ath:AT4G28890

ath:AT4G30370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.335

排名 1 · TkA08G029490 · TK1151

内质网0.281

排名 2 · TkA08G029490 · TK1151

溶酶体／液泡0.200

排名 3 · TkA08G029490 · TK1151

细胞核0.164

排名 4 · TkA08G029490 · TK1151

细胞质0.157

排名 5 · TkA08G029490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29452FAR1_N105-166 aa

PF13639zf-RING_2106-150 aa

PF13920zf-C3HC4_3106-153 aa

PF17123zf-RING_11107-136 aa

PF14634zf-RING_5107-151 aa

PF17120zf-RING_16107-147 aa

PF11793FANCL_C107-144 aa

PF13923zf-C3HC4_2108-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G029490	`PF29452`	FAR1_N	105	166	0.083	13.6
TkA08G029490	`PF13639`	zf-RING_2	106	150	8.3e-14	52.3
TkA08G029490	`PF13920`	zf-C3HC4_3	106	153	0.00069	20.1
TkA08G029490	`PF17123`	zf-RING_11	107	136	3.1e-09	37.1
TkA08G029490	`PF14634`	zf-RING_5	107	151	0.00023	21.8
TkA08G029490	`PF17120`	zf-RING_16	107	147	0.0017	18.6
TkA08G029490	`PF11793`	FANCL_C	107	144	0.13	13.2
TkA08G029490	`PF13923`	zf-C3HC4_2	108	149	8.4e-07	29.4
TkA08G029490	`PF13445`	zf-RING_UBOX	108	147	3.5e-06	27.6
TkA08G029490	`PF00097`	zf-C3HC4	108	149	0.00022	21.7
TkA08G029490	`PF14447`	Prok-RING_4	108	159	0.013	16.1
TkA08G029490	`PF08746`	zf-RING-like	108	149	0.016	16.0
TkA08G029490	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	108	153	1.6	9.5
TkA08G029490	`PF23555`	zf-RING_Vps41	108	143	3.4	8.1
TkA08G029490	`PF12678`	zf-rbx1	116	150	1.8e-07	32.0
TkA08G029490	`PF12861`	zf-ANAPC11	118	155	0.00014	22.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS99`	拟南芥	sp\|Q9LS99\|ATL77_ARATH RING-H2 finger protein ATL77	57.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M0R7`	拟南芥	sp\|Q9M0R7\|ATL39_ARATH RING-H2 finger protein ATL39	51.100%	Swiss-Prot	低置信
`O64763`	拟南芥	sp\|O64763\|ATL9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL9	42.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SUS5`	拟南芥	sp\|Q9SUS5\|RHA1B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B	43.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q5Z5F2`	水稻	sp\|Q5Z5F2\|ATL61_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase Os06g0535400	50.000%	Swiss-Prot	低置信

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