TkA08G024430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G024430

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 6210098-6212947 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1462 bp · TkA08G024430|TK1151|cDNA

GAAAGAGAAAGGCAAGTGAAAGAACAAAATACACACATCTATTTATGTTGTTCAAAGCTTCTTCTCAAATTCTGCCATACATCAACATTCTCAATTTCTTCACGGTTTCCCAGAAAAATGCAGGAATCACAAATGTCTCTTCAAGATCTTCAAAACGACACCAACGGCTTTGATCAGACGGTTACTCATGATGATTTTCTCGACCAAATGCTCTCTGGTCTCCAAACGACCGTTTCCTGGCCGGACATATCCGCCGCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · TkA08G024430|TK1151|CDS

GAAAGAGAAAGGCAAGTGAAAGAACAAAATACACACATCTATTTATGTTGTTCAAAGCTTCTTCTCAAATTCTGCCATACATCAACATTCTCAATTTCTTCACGGTTTCCCAGAAAAATGCAGGAATCACAAATGTCTCTTCAAGATCTTCAAAACGACACCAACGGCTTTGATCAGACGGTTACTCATGATGATTTTCTCGACCAAATGCTCTCTGGTCTCCAAACGACCGTTTCCTGGCCGGACATATCCGCCGCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · TkA08G024430|TK1151|PROTEIN

ERERQVKEQNTHIYLCCSKLLLKFCHTSTFSISSRFPRKMQESQMSLQDLQNDTNGFDQTVTHDDFLDQMLSGLQTTVSWPDISAANGGAGQNKSTLPWDVDHFDDQSAFLSSKLRQHQITAAGGVRTPSSAVKSLQLSRGLAPAGEAGLFQNDNIDDSSFKSPIGDNNSIQNLFHGFTGSLTSNQTQPFRNLPVQNFGSPGAAAAAVMNQVQTASATPGGGAPSQPRQRVRARRGQATDPHSIAERLRRERIAERMKAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G024430`
TK1151 ID	TkA08G024430
OH-1004 ID	LXL04_003442
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 22.156 / OH-1004 25.170 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G024430

位置 Chr08:6210098-6212947 (+)

描述 Similar to UNE12: Transcription factor UNE12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g24260`	调控根毛发育的转录因子。	Conservation of lotus and Arabidopsis basic helix-loop-helix proteins reveals new players in root hair development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143867
`At4g30980`	调控根毛发育的转录因子。	Conservation of lotus and Arabidopsis basic helix-loop-helix proteins reveals new players in root hair development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143867
`At5g58010`	调控根毛发育的转录因子。	Conservation of lotus and Arabidopsis basic helix-loop-helix proteins reveals new players in root hair development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143867
`At4g02590`	受精所需的胚珠。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009567 double fertilization forming a zygote and endosperm 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03040

ath:AT2G24260

ath:AT4G02590

ath:AT4G30980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · TkA08G024430 · TK1151

细胞质0.077

排名 2 · TkA08G024430 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA08G024430 · TK1151

内质网0.020

排名 4 · TkA08G024430 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA08G024430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09806CDK2AP230-308 aa

PF00010HLH242-287 aa

PF23177bHLH_IRO3244-293 aa

PF23173bHLH_SAC51246-289 aa

PF04281Tom22247-284 aa

PF23176bHLH_LHW250-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G024430	`PF09806`	CDK2AP	230	308	0.11	13.4
TkA08G024430	`PF00010`	HLH	242	287	3.3e-10	40.3
TkA08G024430	`PF23177`	bHLH_IRO3	244	293	0.00079	20.5
TkA08G024430	`PF23173`	bHLH_SAC51	246	289	1.1e-06	29.1
TkA08G024430	`PF04281`	Tom22	247	284	0.24	12.0
TkA08G024430	`PF23176`	bHLH_LHW	250	287	6.1e-05	23.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUG9`	拟南芥	sp\|Q9ZUG9\|LRL1_ARATH Transcription factor LRL1	53.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q8S3D5`	拟南芥	sp\|Q8S3D5\|LRL2_ARATH Transcription factor LRL2	95.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LSQ3`	拟南芥	sp\|Q9LSQ3\|LRL3_ARATH Transcription factor LRL3	94.400%	Swiss-Prot	低置信
`O22768`	拟南芥	sp\|O22768\|UNE12_ARATH Transcription factor UNE12	82.900%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情