TkA08G020770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G020770

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 5198282-5206161 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5786 bp · TkA08G020770|TK1151|cDNA

GAAAAAGATCATCTTTTCTAACGCTTTTGACCATTCCAACTTCTTTTGAAAGAAATCAACGCCTTTCTCAGTCGACGCTGATCCTCCTCCATCTACCTCTGCTGTCGACGCCATTACTCCTCCATCTCCCTCTACTATCGACACAGTTACTCTCGCATCTGCCCTCTGATAAAATCGACACAGTTAATCAATTTTTTACATCGGCCCTCTGTGAAATCGATTCCCTCTTAACTCCATCTCCTGAAATCGGCATCTGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

5328 bp · TkA08G020770|TK1151|CDS

ATGACTAGAAAGCACAGCCGACCTCCTATGGAGCTCGATCTAGACGCCTTCCTGCAATCACACGACACCACAGGCAGTGACGACGATGATCAGCAGCACCGCAGCACCGTCGATGAACTTCTCCTCATCGACTCTGATGACTCTTCCCCTTCATCATCTCCCCGATCGTACCTTGTCTCGAATGTAAGTAGCACCCAAAGCAACACTAATCCAGTTGATGTCGGTATCTCTGATCCCGCGCGATTAACACCTTCCCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1775 aa · TkA08G020770|TK1151|PROTEIN

MTRKHSRPPMELDLDAFLQSHDTTGSDDDDQQHRSTVDELLLIDSDDSSPSSSPRSYLVSNVSSTQSNTNPVDVGISDPARLTPSQLVTDRDRQSKFRSISQIHSGDNFSLSRQLPPLFGAVRSNAKPGAALAAAAAASRSIPTPHAAAIKLRREKSSTESLDPKASVGSELSCESGTGSEISHSDAKLVEEDLKLHTLETAPVESTESFEVSGEVNAEHGSRNGWRITHEYFLREETTTDVTKASEVDSFALEFGDDTC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G020770`
TK1151 ID	TkA08G020770
OH-1004 ID	LXL04_022537
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 53.183 / OH-1004 95.639 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G020770`
位置	Chr08:5198282-5206161 (+)
描述	Similar to Vps8: Vacuolar protein sorting-associated protein 8 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022537` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0007032 endosome organization 生物过程 GO:0016197 endosomal transport 生物过程 GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程 GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程 GO:0005769 early endosome 细胞组分 GO:0005770 late endosome 细胞组分 GO:0033263 CORVET complex 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0043495 protein-membrane adaptor activity 分子功能 GO:0051020 GTPase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG10144 hsa:23355 mmu:209018 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.367

排名 1 · TkA08G020770 · TK1151

细胞核0.273

排名 2 · TkA08G020770 · TK1151

细胞膜0.220

排名 3 · TkA08G020770 · TK1151

高尔基体0.207

排名 4 · TkA08G020770 · TK1151

溶酶体／液泡0.121

排名 5 · TkA08G020770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23410Beta-prop_VPS8435-806 aa

PF23756Beta-prop_HPS5463-546 aa

PF23414Beta-prop_EML_2464-556 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd465-562 aa

PF24796WDR55465-580 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N465-577 aa

PF24814WD40_Prp19495-553 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st498-558 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G020770	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	435	806	5.1e-50	171.2
TkA08G020770	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	463	546	0.01	15.8
TkA08G020770	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	464	556	8e-06	26.1
TkA08G020770	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	465	562	0.00092	19.4
TkA08G020770	`PF24796`	WDR55	465	580	0.0012	18.7
TkA08G020770	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	465	577	0.019	14.9
TkA08G020770	`PF24814`	WD40_Prp19	495	553	0.0096	15.7
TkA08G020770	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	498	558	0.00036	21.0
TkA08G020770	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	501	555	5.6e-05	23.3
TkA08G020770	`PF25391`	WD40_Gbeta	502	551	0.0015	18.3
TkA08G020770	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	503	580	0.0084	16.2
TkA08G020770	`PF25460`	Beta-prop_Aladin	503	548	0.036	13.9
TkA08G020770	`PF12894`	ANAPC4_WD40	503	552	0.037	15.0
TkA08G020770	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	504	555	0.00032	20.8
TkA08G020770	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	504	606	0.00048	20.1
TkA08G020770	`PF23409`	Beta-prop_EML	505	561	0.0029	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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