TkA08G020270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G020270

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 5066024-5070629 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1276 bp · TkA08G020270|TK1151|cDNA

TTTGGAGGGAGGGTTGCAAAATATCTTCAATTTGATACTTTGATTCCCCATTTTTGGAGCTCGCAAATCACACTATACATGTGAAAGTGAAGAGGGGCGAAAAGTGGAGAAATGGATGAAACCGAGTTTCTGAACTCAAGCCAGTCGGAGAAGAAGGGGAGGAACAAGTTTCAATTGTTTAGGTATGAACAACTGCCGGATTATATGAAGGATAATGAGTATATCTTGAATTACTACAGAGCGGAATGGTCTCTCAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · TkA08G020270|TK1151|CDS

ATGGATGAAACCGAGTTTCTGAACTCAAGCCAGTCGGAGAAGAAGGGGAGGAACAAGTTTCAATTGTTTAGGTATGAACAACTGCCGGATTATATGAAGGATAATGAGTATATCTTGAATTACTACAGAGCGGAATGGTCTCTCAAACACGCCTTCTTCTCGTTGTTTTTATGCCACAACGAATCTCTTAATGTCTGGACTCACGTGATTGGATTTGTTGCATTTTTTGTGCTCACAATTGCAAACTTGACAAAATTGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

343 aa · TkA08G020270|TK1151|PROTEIN

MDETEFLNSSQSEKKGRNKFQLFRYEQLPDYMKDNEYILNYYRAEWSLKHAFFSLFLCHNESLNVWTHVIGFVAFFVLTIANLTKLYQVADFLNLSRCHVIGFVAFLVLTIANLTELYQLPDFLNLSKWVFPSNPDTPLPLIKTTRWPLFVFLCGSMFCFVSSSLCHLFSCHSQILNCLLTQLDYVGIAVMIITSFFPPIYYIFECDIVWQYVYLTIISILGVLAISILLSPKRKHGKYRFIRTVIFVAMGLFGIIPTIH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G020270`
TK1151 ID	TkA08G020270
OH-1004 ID	LXL04_018094
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	41.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.461 / OH-1004 88.859 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G020270

位置 Chr08:5066024-5070629 (-)

描述 Similar to HHP2: Heptahelical transmembrane protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20270`	可能作为脱落酸介导的渗透应激信号传导的负调节剂，并在冷和渗透信号传导之间的串扰中发挥作用。	HHP1 is involved in osmotic stress sensitivity in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp039 HHP1, a novel signalling component in the cross-talk between the cold and osmotic signalling pathways in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq162
`At4g30850`	可能在非生物胁迫响应中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g37680`	可能在非生物胁迫响应中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g24150`	可能在非生物胁迫响应中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0643700`	可能在非生物胁迫响应中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009725 response to hormone 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0038023 signaling receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24150

ath:AT4G30850

ath:AT4G37680

ath:AT5G20270

dosa:Os06g0643700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.718

排名 1 · TkA08G020270 · TK1151

细胞质0.132

排名 2 · TkA08G020270 · TK1151

内质网0.115

排名 3 · TkA08G020270 · TK1151

溶酶体／液泡0.071

排名 4 · TkA08G020270 · TK1151

线粒体0.054

排名 5 · TkA08G020270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20556DUF676839-114 aa

PF03006HlyIII56-327 aa

PF14084DUF426480-94 aa

PF14084DUF4264110-125 aa

PF20556DUF6768153-169 aa

PF20556DUF6768198-198 aa

PF20556DUF6768237-290 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G020270	`PF20556`	DUF6768	39	114	0.099	13.1
TkA08G020270	`PF03006`	HlyIII	56	327	1.4e-61	208.8
TkA08G020270	`PF14084`	DUF4264	80	94	0.015	15.6
TkA08G020270	`PF14084`	DUF4264	110	125	0.015	15.6
TkA08G020270	`PF20556`	DUF6768	153	169	0.099	13.1
TkA08G020270	`PF20556`	DUF6768	198	198	0.099	13.1
TkA08G020270	`PF20556`	DUF6768	237	290	0.099	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZH9`	拟南芥	sp\|Q93ZH9\|HHP1_ARATH Heptahelical transmembrane protein 1	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84N34`	拟南芥	sp\|Q84N34\|HHP2_ARATH Heptahelical transmembrane protein 2	40.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SZG0`	拟南芥	sp\|Q9SZG0\|HHP4_ARATH Heptahelical transmembrane protein 4	35.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUH8`	拟南芥	sp\|Q9ZUH8\|HHP3_ARATH Heptahelical transmembrane protein 3	39.800%	Swiss-Prot	中等置信
`B7F9G7`	水稻	sp\|B7F9G7\|ADPO1_ORYSJ Heptahelical transmembrane protein ADIPOR1	44.900%	Swiss-Prot	中等置信

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