TkA08G001800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G001800

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 453291-456284 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1550 bp · TkA08G001800|TK1151|cDNA

AAAGACCTATCTTCAAAACCCCAATCTCCCACTTCTCAACCCAATCTCGATGACGCCTCCGATAATGACGATCACTCCCTCCTCAGCCCCACCACCACCACCACTACCACCACCGATGACGACAAATCTGACTCTTCCACACCGCAATCCACCATCGAAGAGCTGAAGAAGAAATACGAAGCGTACGTCCGACACGATGTATACGGAGGAGCGAGAGCGCCATGTTTACCTCACTAGAACTGCAGAGCAAGCCGAGAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

528 bp · TkA08G001800|TK1151|CDS

ATGTATACGGAGGAGCGAGAGCGCCATGTTTACCTCACTAGAACTGCAGAGCAAGCCGAGAGATACGACGATTTTTTGGGGCTTTTTCATCAGACTAGAATTTGGAGCATCGTTGTTGCTTTACTTGATGCTACTGTTGCTGCCTTCTATGGCACCGGATCTAAAGGCGAGCTTAACAGGACAGCTGCTAATCATGTATTGCGTGACTTGCAAAACAATCCAGATATGTGGCTTCAAGTTGTTCACATTCTGTCCAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

175 aa · TkA08G001800|TK1151|PROTEIN

MYTEERERHVYLTRTAEQAERYDDFLGLFHQTRIWSIVVALLDATVAAFYGTGSKGELNRTAANHVLRDLQNNPDMWLQVVHILSNTQSLNTKFFSLQLPVEQRDGMKNYISDVIVKLSSNEISFRQERLYVNKLNIILVQILKHEWPARWRSFIPDLVAAAKTVKQFAKIAWLY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G001800`
TK1151 ID	TkA08G001800
OH-1004 ID	LXL04_026616
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.714 / OH-1004 58.383 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G001800

位置 Chr08:453291-456284 (-)

描述 Similar to XPO1: Protein EXPORTIN 1A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17020`	富含亮氨酸的核输出信号的受体。	Nuclear export of proteins in plants: AtXPO1 is the export receptor for leucine-rich nuclear export signals in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00644.x Exportin1 genes are essential for development and function of the gametophytes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1534/genetics.108.094896 Isolation and characterization of the Arabidopsis heat-intolerant 2 (hit2) mutant reveal the essential role of the nuclear export receptor EXPORTIN1A (XPO1A) in plant heat tolerance.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03225.x
`At3g03110`	富含亮氨酸的核输出信号 (NES) 的受体。	Exportin1 genes are essential for development and function of the gametophytes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1534/genetics.108.094896

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026616 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000054 ribosomal subunit export from nucleus 生物过程

GO:0000055 ribosomal large subunit export from nucleus 生物过程

GO:0000056 ribosomal small subunit export from nucleus 生物过程

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006611 protein export from nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03110

ath:AT5G17020

hsa:7514

mmu:103573

rno:85252

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.388

排名 1 · TkA08G001800 · TK1151

细胞核0.310

排名 2 · TkA08G001800 · TK1151

线粒体0.165

排名 3 · TkA08G001800 · TK1151

过氧化物酶体0.148

排名 4 · TkA08G001800 · TK1151

内质网0.072

排名 5 · TkA08G001800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03810IBN_N63-98 aa

PF08389Xpo177-92 aa

PF04661Pox_I3120-171 aa

PF08389Xpo1129-164 aa

PF03810IBN_N141-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G001800	`PF03810`	IBN_N	63	98	5.9e-07	30.1
TkA08G001800	`PF08389`	Xpo1	77	92	6.8e-09	36.7
TkA08G001800	`PF04661`	Pox_I3	120	171	0.15	12.0
TkA08G001800	`PF08389`	Xpo1	129	164	6.8e-09	36.7
TkA08G001800	`PF03810`	IBN_N	141	151	5.9e-07	30.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMV6`	拟南芥	sp\|Q9SMV6\|XPO1A_ARATH Protein EXPORTIN 1A	72.900%	Swiss-Prot	高置信
`F4IZR5`	拟南芥	sp\|F4IZR5\|XPO1B_ARATH Protein EXPORTIN 1B	70.000%	Swiss-Prot	高置信

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